Biopolym. Cell. 1990; 6(6):72-79.
Пакет прикладних програм для аналізу амінокислотних послідовностей на персональній мікро-ЕОМ «ИСКРА-226»
1Костецький П. В., 1Артемьєв І. В., 1Пожильцова О. І., 1Ульяшин В. В.
  1. Інститут біоорганічної хімії ім. М. М. Шемякіна АН СРСР
    Москва, СРСР

Abstract

Наведено опис пакету програм для обробки амінокислотних послідовностей білків і пептидів. Програми, які входять до пакету, дають можливість: 1) введення і редагування амінокислотних послідовностей; 2) роздруківки вирівняних амінокислотних послідовностей родин гомологічних білків; 3) попарного порівняння гомологічних послідовностей; 4) розрахунку філогенетичних дерев гомологічних білкових послідовностей; 5) ідентифікації місця розташування варіабельних і консервативних ділянок в амінокислотних послідовностях гомологічних білків; 6) пошуку подібності двох порівнюваних білків з роздрукуванням точкової матриці порівняння; 7) передбачення локалізації В- і T-клітинних антигенних детермінант; 8) перенесення амінокислотних послідовностей банку білкових послідовностей PIR, що зберігаються на магнітних стрічках, на гнучкий магнітний диск персональної ЕОМ «Іскра-226» і назад; 9) ідентифікації фрагментів структурного гена за допомогою набору пептидів; 10) трансляції структурних генів, що містять інтрони. Пакет програм написаний на алгоритмічній мові Бейсик. Для прискорення роботи окремих найтрудомісткіших блоків програм використано автокод мікро-ЕОМ. Програми реалізовані в діалоговому режимі.

References

[1] Sidman KE, George DG, Barker WC, Hunt LT. The protein identification resource (PIR). Nucleic Acids Res. 1988;16(5):1869-71.
[2] Cannon GC. Sequence analysis on microcomputers. Science. 1987;238(4823):97-103.
[3] von Heijne G. Getting sense out of sequence data. Nature. 1988;333(6174):605-7.
[4] Del?age G, Clerc FF, Roux B, Gautheron DC. ANTHEPROT: a package for protein sequence analysis using a microcomputer. Comput Appl Biosci. 1988;4(3):351-6.
[5] Bellon B. Apple Macintosh programs for nucleic and protein sequence analyses. Nucleic Acids Res. 1988;16(5):1837-46.
[6] Kostetski? PV, Dobrova IE. Reconstruction of long polynucleotide sequences from fragments using the Iskra-226 personal computer. Bioorg Khim. 1988;14(4):515-21.
[7] Kostetski? PV, Artem'ev IV. Automatic identification of structural gene fragments using a set of peptides. Bioorg Khim. 1990;16(2):202-10. Russian.
[8] Kostetski? PV, Vladimirova RR. Graphic identification of conservative and variable segments in the amino acid sequences of homologous proteins. Bioorg Khim. 1989;15(11):1573-6.
[9] Golovanov AP., Sukhanov SV, Barsukov LI. Effect of Mn2 + and Cd2 + on the gramicidine channels conductivity. Biol. membrane. 1989; 7(2):149-53
[10] Cherepanov DA, Rapanovich II. Simulation of the kinetics of oligomeric enzymes as illustrated by phosphofructokinase. I. General analysis of experimental data and the choice of an adequate model. Mol Biol (Mosk). 1987;21(3):820-30.
[11] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics in primary structures of functional regions of Escherichia coli genome. I. Frequency characteristics. Mol Biol (Mosk). 1986;20(4):1014-23.
[12] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics in primary structures of functional regions of Escherichia coli genome. II. Non-stationary Markov chains. Mol Biol (Mosk). 1986;20(4):1024-33.
[13] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics of primary structures of the functional regions of the Escherichia coli genome. III. Computer recognition of coding regions. Mol Biol (Mosk). 1986;20(5):1390-8.
[14] Fitch WM, Margoliash E. Construction of phylogenetic trees. Science. 1967;155(3760):279-84.
[15] Madisen L, Webb NR, Rose TM, Marquardt H, Ikeda T, Twardzik D, Seyedin S, Purchio AF. Transforming growth factor-beta 2: cDNA cloning and sequence analysis. DNA. 1988;7(1):1-8.
[16] Welling GW, Weijer WJ, van der Zee R, Welling-Wester S. Prediction of sequential antigenic regions in proteins. FEBS Lett. 1985;188(2):215-8.
[17] Kyte J, Doolittle RF. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J Mol Biol. 1982;157(1):105-32.
[18] Hopp TP, Woods KR. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 1981;78(6):3824-8.
[19] Margalit H, Spouge JL, Cornette JL, Cease KB, Delisi C, Berzofsky JA. Prediction of immunodominant helper T cell antigenic sites from the primary sequence. J Immunol. 1987;138(7):2213-29.
[20] Kostetskiy PV, Artem'yev IV. Automating the identification of the structural gene fragment using a set of peptides. VII All-Union symp. by protein and peptide chemistry. Tallinn, 1987; 27 p.
[21] Ovchinnikov YuA, Monastyrskaya GS, Broude NE, Ushkaryov YuA, Melkov AM, Smirnov YuV, Malyshev IV, Allikmets RL, Kostina MB, Dulubova IE, et al. Family of human Na+, K+-ATPase genes. Structure of the gene for the catalytic subunit (alpha III-form) and its relationship with structural features of the protein. FEBS Lett. 1988;233(1):87-94.