Дезоксирибоаналог антикодонової гілки дріжджової тPHKPhe не здатен до кодон-залежного зв’язування з малими субчастинками рибосом Escherichia coli і печінки кроля

Солдаткін, К. О.; Ковальчук, О. В.; Потапов, А. П.; Єльська, Г. В.; Кринецька, Н. Ф.; Долінна, Н. Г.; Шабарова, З. А.

doi:10.7124/bc.0000D5

Biopolym. Cell. 1989; 5(4):62-66.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000D5

Структура та функції біополімерів

Дезоксирибоаналог антикодонової гілки дріжджової тPHK^Phe не здатен до кодон-залежного зв’язування з малими субчастинками рибосом Escherichia coli і печінки кроля

1Солдаткін К. О., 1Ковальчук О. В., 1Потапов А. П., 1Єльська Г. В., 1Кринецька Н. Ф., 1Долінна Н. Г., 1Шабарова З. А.

Інститут молекулярної біології і генетики АН УСРС
Київ, СРСР

Abstract

Для вивчення впливу модифікацій сахарофосфатного остова антикодонової області тРНК на її взаємодію з рибосомами використано олігонуклеотид d(CCAGACTGAAGATCTGG), який за нуклеотидною послідовністю відповідає немодифікованій антикодоновій гілці дріжджової тPHKPhe. Показано, що даний олігонуклеотид у розчині утворює внутрішньомолекулярну «шпильку», проте не здатний зв’язуватися з 30S і 40S субчастинками рибосом Е. coli і печінки кроля відповідно за присутності рибо-(полі (U)) і дезоксирибо-(полі (dT)) матриць. Додавання антибіотика неоміцину В не змінювало ситуації.

Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Potapov AP. A stereospecific mechanism for the aminoacyl-tRNA selection at the ribosome. FEBS Lett. 1982;146(1):5-8.

[2] Potapov AP. Mechanism of the stereospecific stabilization of codon-anticodon complexes in ribosomes during translation. Zh Obshch Biol. 1985;46(1):63-77.

[3] Potapov AP. Stereospecific mechanism of the aminoacyl-tRNA selection by ribosome. Doklady Akad Nauk Ukr SSR. Ser B. 1982; (5):100-2.

[4] Potapov AP. Mechanism for peptidyl-tRNA and mRNA translocation in ribosome. Doklady Akad Nauk Ukr SSR. Ser B; 1982; (6):73-5.

[5] McCarthy BJ, Holland JJ. Denatured DNA as a direct template for in vitro protein synthesis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1965;54(3):880-6.

[6] Morgan AR, Wells RD, Khorana HG. Studies on polynucleotides. LXXIV. Direct translation in vitro of single-stranded DNA-like polymers with repeating nucleotide sequences in the presence of neomycin B. J Mol Biol. 1967;26(3):477-97.

[7] Potapov AP, Soldatkin KA, Soldatkin AP, El'skaya AV. Comparative study of poly(U) and poly(dT) template activity in cell-free protein synthesizing systems from Escherichia coli and wheat germ. Biopolym Cell. 1988; 4(3):133-8.

[8] Dube SK, Rudland PS, Clark BF, Marcker KA. A structural requirement for codon-anticodon interaction on the ribosome. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1969;34:161-6.

[9] Rose SJ 3rd, Lowary PT, Uhlenbeck OC. Binding of yeast tRNAPhe anticodon arm to Escherichia coli 30 S ribosomes. J Mol Biol. 1983;167(1):103-17.

[10] Nekhay SA, Saminsky EM. Binding of yeast tRNAPhe with anticodon arm to Escherichia coli 305 Subunits and 70S ribosomes. Biopolym Cell. 1989; 5(2):62-9.

[11] Kinjo M, Hasegawa T, Nagano K, Ishikura H, Ishigami M. Enzymatic synthesis and some properties of a model primitive tRNA. J Mol Evol. 1986;23(4):320-7.

[12] Falvey AK, Staehelin T. Structure and function of mammalian ribosomes. I. Isolation and characterization of active liver ribosomal subunits. J Mol Biol. 1970;53(1):1-19.

[13] Gryaznov SM, Potapov VK, Metelev VG, Yolov AA, Purmal AA, Shabarova ZA. Fully automated synthesis of oligodeoxyribonucleotides by amidoPhosPhite approach using “Victory-4M” synthesizer. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 1986, 12 (7):988-91.

[14] Maxam AM, Gilbert W. A new method for sequencing DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(2):560-4.

[15] Zubay G. The isolation and fractionation of soluble ribonucleic acid. J Mol Biol. 1962;4(5):347–56.

[16] Gillam I. C., TcnerC. M. The use of BD-cellulose in separating transfer RNA's. Methods Enzymol. 1971; 20:55-70.

[17] Nirenberg M, Leder P. RNA codewords and protein synthesis. The effect of trinucleotides upon the binding OF sRNA to ribosomes. Science. 1964;145(3639):1399-407.

[18] Wemmer DE, Chou SH, Hare DR, Reid BR. Duplex-hairpin transitions in DNA: NMR studies on CGCGTATACGCG. Nucleic Acids Res. 1985;13(10):3755-72.

[19] Hilbers CW, Haasnoot CA, de Bruin SH, Joordens JJ, van der Marel GA, van Boom JH. Hairpin formation in synthetic oligonucleotides. Biochimie. 1985;67(7-8):685-95.

[20] Soldatkin KA, Potapov AP, Soldatkin AP, El'skaya AV. Study of poly(U) and Poly(dT)-dependent Phe-tRNAPhe binding to 30S subunits of Escherichia coli ribosomes. Biopolym Cell. 1988; 4(4):193-6.

[21] Grosjean H, Houssier C, Cedergren R. Anticodon-Anticodon Interactions and tRNA Sequence Comparison: Approaches to Codon Recognition. Structure and Dynamics of RNA. NATO ASI Series. 1986;110:161–74.