Biopolym. Cell. 2021; 37(4):315-322.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000A5D
Віруси та клітина
Повна послідовність геному Serratia phage 4S, ізольованого зі стічних вод на території України
1Духно Є. О., 1Корнієнко Н. О., 1Шибанов С. Р., 1Будзанівська І. Г., 1Харіна А. В.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Виділити і охарактеризувати фаг бактерій Serratia marcescens. Методи. У цьому дослідженні для виділення і очищення бактеріофага був використаний метод подвійних агарових шарів. Накопичення фагу проводили на твердому поживному середовищі. Морфологія виділеного фага була визначена за допомогою електронної мікроскопії, а повногеномне секвенування проведено за допомогою секвенування нового покоління Ion Torrent. Результати. Повний геном бактеріофага Serratia phage 4S містить дволанцюгову ДНК (длДНК) довжиною 173 061 п.о. з вмістом ГЦ-пар 39,9 %. Результати методу пошуку основного локального вирівнювання (BLAST) показали, що найближчим родичем бактеріофага Serratia phage 4S є фаг Serratia phage CBH8 (покриття склало 7 %, ідентичність 76 %). Згідно до електронно-мікроскопічних зображень, Serratia phage 4S належить до порядку Caudovirales та родини Myoviridae. Результати філогенетичного аналізу MCP (головного капсидного білка) фага Serratia phage 4S показали, що його послідовність MCP була найбільш подібна до послідовностей MCP фагів Acinetobacter і Enterobacter та, навпаки, найменш подібна до послідовностей MCP фагів Klebsiella. Філогенетичний аналіз послідовності ДНК-гелікази Serratia phage 4S показав, що вона найбільш подібна до послідовностей ДНК-гелікази фагів Yersinia і Enterobacter та, навпаки, найменш подібна до послідовностей ДНК-гелікази фагів Klebsiella. Висновки. Бактеріофаг Serratia phage 4S має літичний шлях розвитку, тому може розглядатися для подальшого вивчення як засіб для боротьби з бактеріальними інфекціями, викликаними Serratia marcescens.
Keywords: , , ,
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Abreo E, Altier N. 2019. Pangenome of Serratia marcescens strains from nosocomial and environmental origins reveals different populations and the links between them. Sci Rep. 2019; 9(1):46.
[2] Weber L, Jansen M, Krüttgen A, Miriam Buhl E, Horz H-P. Tackling Intrinsic Antibiotic Resistance in Serratia marcescens with a Combination of Ampicillin/Sulbactam and Phage SALSA. Antibiotics. 2020; 9(7):371.
[3] Romero-Calle D, Guimarães Benevides R, Góes-Neto A, Billington C. Bacteriophages as Alternatives to Antibiotics in Clinical Care. Antibiotics. 2019; 8(3):138.
[4] Ovcharenko LP, Voznyuk TM, Zaetz IE, Potopalsky AI, Reva ON, Kozyrovska NO. A mobile genetic element in Serratia marcescens, a causative agent of onion disease. Biopolym Cell. 2010; 26(4):279-85.
[5] Pallavali RR, Degati VL, Lomada D, Reddy MC, Durbaka VRP. Isolation and in vitro evaluation of bacterio-phages against MDR-bacterial isolates from septic wound infections. PLoS ONE. 2017; 12(7):1-16.
[6] Bolger AM, Lohse M, Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014; 30(15):2114-2120.
[7] Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prji-belski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA. 2012. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012; 19(5):455-477.
[8] Hyatt D, Chen GL, LoCascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ. Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification. BMC Bioinformatics. 2010; 11(1):119.
[9] Pope WH, Jacobs-Sera D. Annotation of bacteriophage genome sequences using DNA Master: an overview. Methods Mol Biol. 2018; 1681: 217-229.
[10] Paolozzi L, Jucker R, Calef E. Mechanism of phage Mu-1 integration: nalidixic acids treatment causes clustering of Mu-1 induced mutations near replication origin. Proc Natl Acad Sci USA. 1978; 75: 4940-4943.