Biopolym. Cell. 2019; 35(6):476-485.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000A1A
Віруси та клітина
Генетичне різноманіття вірусу шарки сливи в Україні
1Куценко О. В., 1Будзанівська І. Г., 1Шевченко О. В.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Встановлення генетичного різноманіття вірусу шарки сливи (ВШС) в Україні. Методи. Імуно-фер-мент-ний аналіз (ІФА), полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією (ЗТ-ПЛР), сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. Зразки були вибрані з різних регіонів України за візуальними симптомами та діагностовані за допомогою ІФА в модифікації «сендвіч». В подальшому за допомогою ЗТ-ПЛР були отримані та сиквеновані амплікони гена капсидного білку вірусу. Отриманні послідовності аналізували за допомогою філогенетичних методів. В результаті вивчено генетичне різноманіття ВШС у різних регіонах України, встановлено філогенетичні зв’язки між українськими ізолятами та проведено їх порівняльну характеристику із ізолятами з сусідніх країн. Висновки. На території України циркулюють штами М та D вірусу шарки сливи. Вперше ВШС діагностували в Харківській області. Ізоляти PPV, що циркулюють в Україні, найбільш подібні до ізолятів з Німеччини, Туреччини, Угорщини та Канади. Отримані результати можуть бути використані в подальшому для прогнозування поширення вірусу в різних регіонах України та сусідніх країнах, встановлення його походження та прогнозування розвитку можливих епідемій.
Keywords: вірус шарки сливи, ген капсидного білка, філогенетичний аналіз, сиквенування, генетичне різноманіття, Україна
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Atanassov D. Plum pox. A new virus disease. Ann Univ Sofia Fac Agric Silvic 1932; (11):49-69.
[2] Ratushnyak LK. Diagnostics of plums in the stone gardens. Quarantine and plant protection. 2002; (48):199-207.
[3] García JA, Glasa M, Cambra M, Candresse T. Plum pox virus and sharka: a model potyvirus and a major disease. Mol Plant Pathol. 2014;15(3):226-41.
[4] Subr Z, Glasa M. Unfolding the secrets of plum pox virus: from epidemiology to genomics. Acta Virol. 2013;57(2):217-28.
[5] Maejima K, Himeno M, Komatsu K, Takinami Y, Hashimoto M, Takahashi S, Yamaji Y, Oshima K, Namba S. Molecular epidemiology of Plum pox virus in Japan. Phytopathology. 2011;101(5):567-74.
[6] Cirilli M, Geuna F, Babini AR, Bozhkova V, Catalano L, Cavagna B, Dallot S, Decroocq V, Dondini L, Foschi S, Ilardi V, Liverani A, Mezzetti B, Minafra A, Pancaldi M, Pandolfini T, Pascal T, Savino VN, Scorza R, Verde I, Bassi D. Fighting Sharka in Peach: Current Limitations and Future Perspectives. Front Plant Sci. 2016;7:1290.
[7] Kondratenko P, Udovichenko V. Plum pox virus (PPV) in Ukraine. Bulletin OEPP EPPO Bulletin. 2006; 36(2):217.
[8] Chirkov S, Ivanov P, Sheveleva A, Kudryavtseva A, Prikhodko Y, Mitrofanova I. Occurrence and characterization of plum pox virus strain D isolates from European Russia and Crimea. Arch Virol. 2016;161(2):425-30.
[9] James D, Thompson D. Hosts and symptoms of Plum pox virus: ornamental and wild Prunus species. EPPO Bulletin. 2006; 36(2):222-224.
[10] García JA, Glasa M, Cambra M, Candresse T. Plum pox virus and sharka: a model potyvirus and a major disease. Mol Plant Pathol. 2014;15(3):226-41.
[11] Mavrodieva V, James D, Williams K, Negi S, Varga A, Mock R, Levy L. Molecular Analysis of a Plum pox virus W Isolate in Plum Germplasm Hand Carried into the USA from the Ukraine Shows a Close Relationship to a Latvian Isolate. Plant Dis. 2013;97(1):44-52.
[12] Prikhodko Yu N, Mazurin E S, Zhivaeva T S, Schneider Yu A, ,Sokolova E E. The study of plum pox virus strains. Plant protection and quarantine. 2011; (11). 29-32.
[13] Norkus T, Staniulis J, Žižyte M, Melnyk M, Yusko L, Snihur H, Budzavinska I, Polischuk V. Molecular identifica-tion of Plum pox virus isolates from Lithuania and Ukraine. Zemdirbyste-Agriculture. 2008; 95(3):277-85.
[14] Kyrychenko A, Shcherbatenko I, Antipov I, Hrynchuk K. Typing of Plum pox virus isolates in the central Ukraine. Microbiol Z. 2017; 79(3):115-24.
[15] Budzanivska I, Usko L, Gospodaryk A, Melnyk M, Polischuk V. Epidemiology of sharka disease in Ukraine. Acta Hort. 2011; 899:57-63.
[16] Cambra M, Boscia D, Myrta A, Palcovics L, Navrátil M, Barba M, Gorris MT, Capote N. Detection and characterization of Plum pox virus: serological methods. Bulletin OEPP EPPO Bulletin. 2006; 36(2). 254-261.
[17] Clark MF, Adams AN. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. J Gen Virol. 1977;34(3):475-83.
[18] Sochor J, Babula P, Adam V, Krska B, Kizek R. Sharka: the past, the present and the future. Viruses. 2012;4(11):2853-901.
[19] Wetzel T, Candresse T, Ravelonandro M, Dunez J. A polymerase chain reaction assay adapted to plum pox potyvirus detection. J Virol Methods. 1991;33(3):355-65.
[20] Olmos A, Cambra M, Dasi MA, Candresse T, Esteban O, Gorris MT, Asensio M. Simultaneous detection and typing of plum pox potyvirus (PPV) isolates by heminested-PCR and PCR-ELISA. J Virol Methods. 1997;68(2):127-37.
[21] Subr Z, Pittnerová S, Glasa M. A simplified RT-PCR-based detection of recombinant Plum pox virus isolates. Acta Virol. 2004;48(3):173-6.
[22] Nemchinov L, Hadidi A. Specific oligonucleotide primers for the direct detection of plum pox potyvirus-cherry subgroup. J Virol Methods. 1998; 70(2):231-4.