Biopolym. Cell. 2018; 34(1):32-40.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00096E
Віруси та клітина
Молекулярна характеристика та філогенетичний аналіз українських ізолятів вірусу огіркової мозаїки із використанням часткових послідовностей трьох генів
1Шевченко Т. П., 1Тимчишин О. В., 1Косенко Ю. А., 1Будзанівська І. Г., 1Шевченко О. В., 1Поліщук В. П.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Провести філогенетичний аналіз українських ізолятів Cucumber mosaic virus з використанням неповних послідовностей декількох генів вірусу. Методи. Імуноферментний аналіз, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією, секвенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. Зразки рослин із симптомами було відібрано з різних регіонів України та протестовано на наявність вірусу огіркової мозаїки ВОМ. Отримано й проаналізовано нуклеотидні часткові послідовності генів капсидного білка, білків руху та білка 2b чотирьох ізолятів ВОМ. Показано, що ці ізоляти належать до підгруп ІА та ІВ. Відсоток подібності українських ізолятів за нуклеотидними послідовностями генів капсидного білка, білка руху та білка 2b був високим у межах підгруп. Виявлено унікальні заміни у амінокислотних послідовностях білка 2b ізолятів CMV-Ukr-28 і CMV-Ukr-58, які не пов’язані з рослиною-хазяїном. Висновки. Ізоляти вірусу огіркової мозаїки, які циркулюють в Україні та описані в роботі, належать до найбільш розповсюджених філогенетичних груп, які представлені і в інших європейських країнах. Отримані дані можуть вказувати на декілька окремих джерел проникнення ВОМ на територію України, а також на поточну мікроеволюцію ВОМ в Україні.
Keywords: вірус огіркової мозаїки, ген капсидного білку, ген білка руху, ген білка 2b, філогенетичний аналіз.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Arafati N, Farzadfar S, Pourrahim R. Characterization of coat protein gene of Cucumber mosaic virus isolates in Iran. Iran J Biotech. 2013; 11(2): 109–14.
[2] Roossinck MJ. Evolutionary history of Cucumber mosaic virus deduced by phylogenetic analyses. J Virol. 2002;76(7):3382-7.
[3] LLecoq H, Desbiez C. Viruses of cucurbit crops in the Mediterranean region: an ever-changing picture. Adv Virus Res. 2012;84:67-126. doi: 10.1016/B978-0-12-394314-9.00003-8.
[4] Palukaitis P, García-Arenal F. Cucumoviruses. Adv Virus Res. 2003;62:241-323. 5.
[5] Roossinck MJ, Zhang L, Hellwald KH. Rearrangements in the 5' nontranslated region and phylogenetic analyses of cucumber mosaic virus RNA 3 indicate radial evolution of three subgroups. J Virol. 1999;73(8):6752-8.
[6] Tymchyshyn O, Shevchenko T, Budzanivska I, Polishchuk V. Viruses infecting cucurbits in Ukraine and their phylogenetic analysis. 13th International Plant Virus Epidemiology Symposium. Abstracts. 2016; 148 p.
[7] Zitikaitė I, Staniulis J, Urbanavičienė L, Žižytė M. Cucumber mosaic virus identification in pumpkin plants. Žemdirbystė=Agriculture. 2011; 98(4): 421-6.
[8] Clark MF, Adams AN. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. J Gen Virol. 1977;34(3):475-83.
[9] Barba M, Jelkman W, Martin R. Detection of virus and virus-like diseases of fruit trees and small fruit crops. Acta Hortic. 1998; 472: 759-783.
[10] Kim, M-K, Kwak H-R, Jeong S-G, Ko S-J, Lee S-H, Kim J-S, Kim K-H, Choi J-K, Choi Ho-S, Cha B-J. Characteristics of Cucumber mosaic virus Infecting Zucchini in Korea. Plant Pathol J. 2010; 26(2):139-48.
[11] Berniak H, Malinowski T, Kaminska M. Comparison of ELISA and RT-PCR assays for detection and identification of cucumber mosaic virus (CMV) isolates infecting horticultural crops in Poland. J Fruit Ornam Plant Res. 2009; 17(2): 5-20.
[12] Ali A, Li H, Schneider WL, Sherman DJ, Gray S, Smith D, Roossinck MJ. Analysis of genetic bottlenecks during horizontal transmission of Cucumber mosaic virus. J Virol. 2006;80(17):8345-50.
[13] Shevchenko TP, Tymchyshyn OV, AlDalain E, Bysov AS, Budzanivska IG, Shevchenko OV, Polishchuk VP. The first evidence of subgroup IB isolates of Cucumber mosaic virus in Ukraine. Biopolym Cell. 2015: 31(1); 57-62.
[14] Kumari R, Bhardwaj P, Singh L, Zaidi AA, Hallan V. Biological and Molecular Characterization of Cucumber mosaic virus Subgroup II Isolate Causing Severe Mosaic in Cucumber. Indian J Virol. 2013;24(1):27-34.