Biopolym. Cell. 2016; 32(5):377-380.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000931
Віруси та клітина
Філогенетичний аналіз вірусів грипу A (H1N1) ДПМ, епідемії 2014-2015 в Україні
1Радченко Л. В., 1, 2Смутько О. Ю., 1Фесенко А. Ю., 1Мироненко А. П.
  1. ДУ «Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського НАМН України»
    вул. Амосова, 5, Київ, Україна, 03038
  2. Навчально-науковий центр «Інститут біології»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Молекулярний та філогенетичний аналіз пандемічних вірусів грипу A(H1N1), що циркулювали в Україні протягом сезо-ну 2014-2015 років. Методи. Зразки були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі. Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 6. Результати. Сиквенси українських ізолятів вірусів грипу A(H1N1)pdm були подібними до вакцинного штаму A/California/07/2009. Більшість штамів належали до кладу 6В. Серед досліджуваних ізолятів виявили мутацію H275Y в гені нейрамінідази, яка зумовлює стійкість до озельтамівіру. Висновки. Базуючись на сиквенсах генів HA і NA вірусів грипу побудували філогенетичні дерева. Український вірус, виділений в сезоні 2014-2015 років мав специфічну мутацію, яку асоціюють з стійкістю до противірусних препаратів, таких як озельтамівір.
Keywords: віруси грипу A(H1N1)pdm, мутація, філогенетичний аналіз, ізолят
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Ramos AP, Herrera BA, Ramírez OV, García AA, Jiménez MM, Valdés CS, Fernández AG, González G, Fernández SI, Báez GG, Espinosa BH. Molecular and phylogenetic analysis of influenza A H1N1 pandemic viruses in Cuba, May 2009 to August 2010. Int J Infect Dis. 2013;17(7):e565-7.
[2] Barrero PR, Viegas M, Valinotto LE, Mistchenko AS. Genetic and phylogenetic analyses of influenza A H1N1pdm virus in Buenos Aires, Argentina. J Virol. 2011;85(2):1058-66.
[3] Parida M, Dash PK, Kumar JS, Joshi G, Tandel K, Sharma S, Srivastava A, Agarwal A, Saha A, Saraswat S, Karothia D, Malviya V. Emergence of influenza A (H1N1)pdm09 genogroup 6B and drug resistant virus, India, January to May 2015. Euro Surveill. 2016;21(5):6-11.
[4] World Health Organization (WHO). CDC protocol of realtime RT-PCR for infl uenza H1N1. World Health Orga ni zation, Geneva, Switzerland. 30 April 2009.
[5] Oh DY, Barr IG, Mosse JA, Laurie KL. MDCK-SIAT1 cells show improved isolation rates for recent human influenza viruses compared to conventional MDCK cells. J Clin Microbiol. 2008;46(7):2189-94.
[6] Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 1987;4(4):406-25.
[7] Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol. 1980;16(2):111-20.
[8] Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution. 1985;39(4):783-91.
[9] Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-9.
[10] Kilander A, Rykkvin R, Dudman SG, Hungnes O. Observed association between the HA1 mutation D222G in the 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus and severe clinical outcome, Norway 2009-2010. Euro Surveill. 2010;15(9). pii: 19498.
[11] Lackenby A, Hungnes O, Dudman SG, Meijer A, Paget WJ, Hay AJ, Zambon MC. Emergence of resistance to oseltamivir among influenza A(H1N1) viruses in Europe. Euro Surveill. 2008;13(5). pii: 8026.