Biopolym. Cell. 2013; 29(6):511-514.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000842
Біоорганічна хімія
Похідна Лепідинового Оранжевого як новий барвник для чутливої флуоресцентної детекції ДНК
1Дідан Ю. В., 2Криворотенко Д. В., 2Негруцька В. В., 2Дубей І. Я.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
  2. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Мета. Дослідження нового ціанінового барвника LO-7 як реагента при візуалізації дволанцюгової ДНК в електрофоретичних гелях. Методи. Гель-електрофорез, рестрикція, флуоресцентна детекція, mobility shift (зміна електрофоретичної рухливості). Результати. LO-7 зв’язується з ДНК, утворюючи стійкі високофлуоресцентні комплекси. У пофарбованих ним агарозних гелях можна визначати ~ 80 пг ДНК за допомогою лазерного сканера і 0,3 нг – за використання УФ-трансілюмінатора. Подібна чутливість у кілька разів вища, ніж у бромистого етидію, і близька до такої для SYBR Green I. Висновки. LO-7 належить до найефективіших барвників для візуалізації дволанцюгової ДНК і може застосовуватись при вирішенні біоаналітичних завдань, де необхідна висока чутливість.
Keywords: флуоресцентні барвники, ціаніни, гель-електрофорез, нуклеїнові кислоти, детекція
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Kricka L. J. Stains, labels and detection strategies for nucleic acids assays Ann. Clin. Biochem 2002 39, Pt 2:114–129.
[2] Haughland R. P. The Handbook – a guide to fluorescent probes and labeling technologies / 10th ed Eugene: Molecular Probes, 2005 1126 p.
[3] Goncalves M. S. Fluorescent labeling of biomolecules with organic probes Chem. Rev 2009 109, N 1:190–212.
[4] Su X., Xiao X., Zhang C., Zhao M. Nucleic acid fluorescent probes for biological sensing Appl. Spectroscop 2012 66, N 11:1249–1262.
[5] Deligeorgiev T. G., Kaloyanova S., Vaquero J. J. Intercalating cyanine dyes for nucleic acid detection Rec. Pat. Mater. Sci 2009 2, N 1:1–26.
[6] Yarmoluk S., Kovalska V., Losytskyy M. Symmetric cyanine dyes for detecting nucleic acids Biotech. Histochem 2008 83, N 3:131–145.
[7] Levitus M., Ranjit S. Cyanine dyes in biophysical research: the photophysics of polymethine fluorescent dyes in biomolecular environments Q. Rev. Biophys 2011 44, N 1:123–151.
[8] Tatikolov A. S. Polymethine dyes as spectral-fluorescent probes for biomacromolecules J. Photochem. Photobiol. C 2012 13, N 1:55–90.
[9] Nygren J., Svanvik N., Kubista M. The interaction between the fluorescent dye thiazole orange and DNA Biopolymers 1998 46, N 1:39–51.
[10] Zipper H., Brunner H., Bernhagen J., Vitzthum F. Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications Nucleic Acids Res 2004 32, N 12:e103.
[11] Trantakis I. A., Fakis M., Tragoulias S. S., Christopoulos Th. K., Persephonis P., Giannetas V., Ioannou P. Ultrafast fluorescent dynamics of Sybr Green I/DNA complexes Chem. Phys. Lett 2010 485, N 1–3:187–190.
[12] Kryvorotenko D. V., Kostenko O. M., Negrutska V. V., Didan Yu. V., Kolotiuk I. S., Dubey I. Ya. New benziimidazole and quinoline derivatives as topoisomerase I inhibitors: synthesis and biological activity Annual session of the program «Fundamental problems of the development of new substances and materials for chemical industry»: Abstracts book (Kyiv, December 20, 2012) Kyiv, 2012:66–67.
[13] Benson S., Singh P., Glazer A. Heterodimeric DNA-binding dyes designed for energy transfer: synthesis and spectroscopic properties Nucleic Acids Res 1993 21, N 24:5727–5735.