Biopolym. Cell. 2009; 25(4):307-314.
Біоінформатика
Біоінформатичний аналіз інвертованих повторів геному коронавірусів
1, 2Лиманська О. Ю.
  1. Інститут мікробіології та імунології ім. І. І. Мечникова НАМН
    вул. Пушкінська, 14, Харків, Україна, 61057
  2. Національний науковий центр «Інститут експериментальної і клінічної ветеринарної медицини» УААН
    Вул. Пушкінська, 83, Харків, Україна, 61023
Мета. Створення карт локалізації досконалих і недосконалих потенційних шпилькових структур у геномі коронавірусів людини і тварин. Методи. Біоінформатичний аналіз нуклеотидних послідовностей коронавірусів, атомно-силова мікроскопія. Результати. Визначено термодинамічно стабільні досконалі та недосконалі інвертовані повтори, які утворюють шпилькові структури, що можуть виникати у геномній РНК коронавірусів людини і тварин – вірусів тяжкого гострого респіраторного синдрому, гепатиту миші, епідемічної діареї свині, трансмісивного гастроентериту та бичачого коронавірусу. Створено карти локалізації шпильок (які є одним із ланцюгів сигнальних механізмів функціонування геному) на геномі коронавірусів. Висновки. Основними сайтами локалізації потенційно можливих консервативних структурних мотивів є гени реплікази та глікопротеїнів шипів коронавірусів. Шпилькові структури є консервативними елементами всередині набору ізолятів одного виду коронавірусів.
Keywords: вірус тяжкого гострого респіраторного синдрому, коронавірус, шпилькова структура, інвертований повтор