Biopolym. Cell. 2009; 25(4):307-314.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0007EA
Біоінформатика
Біоінформатичний аналіз інвертованих повторів геному коронавірусів
1, 2Лиманська О. Ю.
  1. Інститут мікробіології та імунології ім. І. І. Мечникова НАМН
    вул. Пушкінська, 14, Харків, Україна, 61057
  2. Національний науковий центр «Інститут експериментальної і клінічної ветеринарної медицини» УААН
    Вул. Пушкінська, 83, Харків, Україна, 61023

Abstract

Мета. Створення карт локалізації досконалих і недосконалих потенційних шпилькових структур у геномі коронавірусів людини і тварин. Методи. Біоінформатичний аналіз нуклеотидних послідовностей коронавірусів, атомно-силова мікроскопія. Результати. Визначено термодинамічно стабільні досконалі та недосконалі інвертовані повтори, які утворюють шпилькові структури, що можуть виникати у геномній РНК коронавірусів людини і тварин – вірусів тяжкого гострого респіраторного синдрому, гепатиту миші, епідемічної діареї свині, трансмісивного гастроентериту та бичачого коронавірусу. Створено карти локалізації шпильок (які є одним із ланцюгів сигнальних механізмів функціонування геному) на геномі коронавірусів. Висновки. Основними сайтами локалізації потенційно можливих консервативних структурних мотивів є гени реплікази та глікопротеїнів шипів коронавірусів. Шпилькові структури є консервативними елементами всередині набору ізолятів одного виду коронавірусів.
Keywords: вірус тяжкого гострого респіраторного синдрому, коронавірус, шпилькова структура, інвертований повтор
Повний текст: (PDF, українською) (PDF, англійською)

References

[1] McClellan J., Boublikova P., Palecek E., Lilley D. Superhelical torsion in cellular DNA response directly to environmental and genetic factors Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1990 87, N 21:8373–8377.
[2] Bagga R., Ramesh N., Brahmachari S. Supercoil-induced unusual DNA structures as transcriptional block Nucl. Acids Res 1990 18, N 11:. 3363–3369.
[3] Ward G., McKenzie R., Zannis-Hadjopoulos M., Price G. The dynamic distribution and quantification of DNA cruciforms in eukaryotic nuclei Exp. Cell Res 1990 188, N 2:. 235–246.
[4] Bessler J. DNA inverted repeats and human disease Frontiers in Biosci 1998 N 3:. d408–d418.
[5] Poon L., Guan Y., Nicholls J., Yuen K., Peiris J. The aetiolody, origins, and diagnosis of severe acute respiratory syndrome Lancet Infect. Dis 2004 4, N 11:663–671.
[6] Rychlik W., Spencer W., Rhoads R. Optimization of the annealing temperature for DNA amplification in vitro Nucl. Acids Res 1990 18, N 21:6409–6412.
[7] Brodsky L., Drachev A., Tatuzov R., Chumakov K. QenBee: a package of programs for biopolymers sequence analysis Biopolym. Cell 1991 7, N 1:10–14.
[8] Limanskii A. P. Study of cruciform structure in supercoiled pUC8 plasmid DNA by atomic force microscopy and computer modelling Biopolym. Cell 2002 18, N 5:401–405.
[9] pGEMEX-1 and pGEMEX-2 vectors Techn. Bull., Promega 2000 N 253:. 1–13.
[10] Limanskii A. P. Visualization of DNA–T7 RNA polymerase complex by atomic force microscopy Biopolym. Cell 2007 23, N 1:3–13.
[11] Panayotatos N., Fontaine A. A native cruciform DNA structure probed in bacteria by recombinant T7 endonuclease J. Biol. Chem 1987 262, N 23:11364–11368.
[12] Panyutin I., Klishko V., Lyamichev V. Kinetics of cruciform formation and stability of cruciform structure in superhelical DNA J. Biomol. Struct. and Dyn 1984 1, N 4:1311–1324.
[13] Zarudnaya M. I., Potyahaylo A. L., Hovorun D. M. Conservative structural motifs in the 3' untranslated region of SARS coronavirus Biopolym. Cell 2003 19, N 3:298–303.
[14] Saenger W. Principles of nucleic acid structure. New York: Springer, 1984; 556 p.
[15] Odynets K. A., Kornelyuk A. I. Molecular aspects of organization and expression of SARS-CoV coronavirus genome Biopolym. Cell 2003 19, N 5:414–431.
[16] Voineagu I., Narayanan V., Lobachev K., Mirkin S. Replication stalling at unstable inverted repeats: interplay between DNA hairpins and fork stabilizing proteins Proc. Nat. Acad. Sci. USA 2008 105, N 29:9936–9941.