Biopolym. Cell. 1998; 14(1):82-86.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0004BD
Методи
Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами. 4. Ефективне 5'-флюоресцентне мічення олігонуклеотидів монометиновим пірилієвим барвником Cyan 39
1Ярмолюк С. М., 1Костенко О. М., 1Корнюшина О. С., 2Дубей І. Я.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
  2. Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України
    вул. Мурманська, 1, Київ, Україна, 02094

Abstract

Запропоновано новий підхід для флюоресцентного мічення олігонуклеотидів монометиновими пірилієвими барвниками. Реакція пірилісвих солей з первинними амінами була використана для кон'югації ціанінових барвників з 5'-алкіламіно-олігонуклеотидами і перетворення нефлюоресцентного пірилієвого барвника у флюоресцентний піридинісвий – Cyan 40.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Englisch U, Gauss DH. Chemically Modified Oligonucleotides as Probes and Inhibitors. Angewandte Chemie International Edition in English. 1991;30(6):613–29.
[2] DNA Probes. Eds G. H. Keller, M. Manak. New York: MacMiilan press, 1993-656 p.
[3] Haughland R. P. Handbook of fluorescent probes and research chemicals. Molecular Probes. Eugene: OR, 1996. 679 p.
[4] Schwartz HE, Ulfelder KJ. Capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection of PCR fragments using thiazole orange. Anal Chem. 1992;64(15):1737–40.
[5] Lee LG, Chen CH, Chiu LA. Thiazole orange: a new dye for reticulocyte analysis. Cytometry. 1986;7(6):508-17.
[6] Rye HS, Quesada MA, Peck K, Mathies RA, Glazer AN. High-sensitivity two-color detection of double-stranded DNA with a confocal fluorescence gel scanner using ethidium homodimer and thiazole orange. Nucleic Acids Res. 1991;19(2):327-33.
[7] Pitner JB, Mize PD, Linn CP. Synthesis and fluorescence properties of covalent thiazole orange-oligonucleotide conjugates. The 3rd Int. Symp. on Functional Dyes (July 16-21, 1995). Santa Cruz, 1995: 52.
[8] Ernst LA, Gupta RK, Mujumdar RB, Waggoner AS. Cyanine dye labeling reagents for sulfhydryl groups. Cytometry. 1989;10(1):3-10.
[9] Mujumdar RB, Ernst LA, Mujumdar SR, Waggoner AS. Cyanine dye labeling reagents containing isothiocyanate groups. Cytometry. 1989;10(1):11-9.
[10] Southwick PL, Ernst LA, Tauriello EW, Parker SR, Mujumdar RB, Mujumdar SR, Clever HA, Waggoner AS. Cyanine dye labeling reagents--carboxymethylindocyanine succinimidyl esters. Cytometry. 1990;11(3):418-30.
[11] Wachter L, Jablonski JA, Ramachandran KL. A simple and efficient procedure for the synthesis of 5'-aminoalkyl oligodeoxynucleotides. Nucleic Acids Res. 1986;14(20):7985-94.
[12] Goodchild J. Conjugates of oligonucleotides and modified oligonucleotides: a review of their synthesis and properties. Bioconjug Chem. 1990;1(3):165-87.
[13] Protocols for oligonucleotide conjugates. Methods Mol. Biol. New York: Humana press, 1994. 377 p.
[14] Yarmoluk SM, Kovalska VB, Kovtun YuP. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. 5. Towards model of «half intercalation of monomethyne cyanine dyes into double-stranded nucleic acids. Biopolym Cell. 1999; 15(1):75-82.
[15] Katritzky AR. Conversions of primary amino groups into other functionality mediated by pyrylium cations. Tetrahedron. 1980;36(6):679–99.
[16] Handbook of biochemistry and molecular biology. Ed. G. Fasman. Boca Raton: CRC, 1975: 175.