Biopolym. Cell. 1993; 9(5):66-72.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000374
Структура та функції біополімерів
Пакет прикладних програм для графічного вивчення топології поверхні потенційної енергії, відповідної конформационной динаміці молекули ДНК
1Єгоренков А. І., 1Король В. В.
  1. Український державний медичний університет імені О. О. Богомольця
    бульв. Тараса Шевченка, 13, Київ, Україна, 01601

Abstract

В роботі описано пакет прикладних програм «Топологія», призначений для візуального (графічного) вивчення топології поверхні потенціальної енергії, яка відповідає конформаційнін динаміці внутрішнього руху молекули ДНК. Пакет застосовується для аналізу даних аналітичного моделювання торсіонної динаміки ДНК, яка описує локальне розкриття пар азотистих основ. Обговорюється можливість програм для вирішення задач з чисельного моделювання динаміки ДНК методами атом-атомпих потенціалів. Програма має зручний інтерфейс і використовує сучасні алгоритми роботи з трьохвимірного графікою (побудова карт поверхонь та ізосмуг). Програма реалізована для персонального комп'ютера IBM PC AT/XT, мова програмування – С.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Polozov PV, Yakushevich LV. Theoretical analysis of the internal motion of DNA. Intermolecular interactions and molecular conformation. Pushchino: ONTI NTSBI, 1987: 186-191.
[2] Iakushevich LV. Dynamics of DNA. Mol Biol (Mosk). 1989;23(3):652-62.
[3] von Hippel PH, Berg OG. On the specificity of DNA-protein interactions. Proc Natl Acad Sci U S A. 1986;83(6):1608-12.
[4] Frank-Kamenetskiĭ MD. Fluctuational mobility of DNA. Mol Biol (Mosk). 1983;17(3):639-52.
[5] Frank-Kamenetskii M. DNA chemistry. How the double helix breathes. Nature. 1987 Jul 2-8;328(6125):17-8.
[6] Zhang CT. Harmonic and subharmonic resonances of microwave absorption in DNA. Phys Rev A. 1989;40(4):2148-2153.
[7] Kao SC, Bobst AM. Local base dynamics and local structural features in RNA and DNA duplexes. Biochemistry. 1985;24(20):5465-9.
[8] Holbrook SR, Kim SH. Local mobility of nucleic acids as determined from crystallographic data. I. RNA and B form DNA. J Mol Biol. 1984;173(3):361-88.
[9] Guéron M, Kochoyan M, Leroy JL. A single mode of DNA base-pair opening drives imino proton exchange. Nature. 1987 Jul 2-8;328(6125):89-92.
[10] Von Hippel PH, Wong KY. Dynamic aspects of native DNA structure: kinetics of the formaldehyde reaction with calf thymus DNA. J Mol Biol. 1971;61(3):587-613.
[11] Frank-Kamenetskii MD. Structure and motion: membranes, nucleic acids and proteins. Eds E. Clementi, G. Corongi, M. Sarma, R. Sarma. New York : Adenine press, 1985: 417-32.
[12] Kochoyan M, Leroy JL, Guéron M. Processes of base-pair opening and proton exchange in Z-DNA. Biochemistry. 1990;29(20):4799-805.
[13] Rogers D. Algorithmic foundations of computer graphics. Mir, Moscow, 1989. 288 p.
[14] Bankovskiy YUM, Galaktionova VA, Mikhaylova TN. GRAFOR. Graphic expansion FORTRAN. Moscow: Nauka, 1986. 288 p.
[15] Segerlind L. Primenenie metoda konechnyh e'lementov M. Mir, 1979; 393 p.
[16] Donovan JJ. Systems programming. McGraw-Hill, 1972; 488 p.
[17] Zhou G, Zhang C-T. A short review on the nonlinear motion in DNA. Phys Scr. 1991;43(3):347–52.
[18] Starikov EB. Nonlinear Physics of nucleic acid or autosolitons solitons. Mol Biol (Mosk). 1990; 24(6):1504-24.
[19] Yakushevich LV. study a system of two nonlinear differential equations simulating the torsional dynamics of DNA. Pushchino (Preprint. Sci. Biol center. Studies). 1989. 13 p.
[20] Yomosa S. Solitary excitations in deoxyribonuclei acid (DNA) double helices. Phys Rev A. 1984;30(1):474–80.
[21] Fedyanin VK, Gochev I, Lisy V. Nonlinear dynamics of bases in a continual model of DNA double helices. Stud biophys. 1986; 116(1):59-64.
[22] Zhang CT. Soliton excitations in deoxyribonucleic acid (DNA) double helices. Phys Rev A. 1987;35(2):886-891.
[23] Keepers JW, Kollman PA, Weiner PK, James TL. Molecular mechanical studies of DNA flexibility: coupled backbone torsion angles and base-pair openings. Proc Natl Acad Sci U S A. 1982;79(18):5537-41.
[24] Ramstein J, Lavery R. Base pair opening pathways in B-DNA. J Biomol Struct Dyn. 1990;7(4):915-33.
[25] Briki F, Ramstein J, Lavery R, Genest D. Evidence for the stochastic nature of base pair opening in DNA: a Brownian dynamics simulation. J Am Chem Soc. 1991;113(7):2490–3.
[26] Yegorenkov AI, Polozov PV. Graphical method of learning the disclosure of base pairs of DNA. M., dep. in VINITI, 4152-V88. 1988. 27 p.