Biopolym. Cell. 1991; 7(1):30-37.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0002AE
Контекстний аналіз лінійних плазмідоподібних ДНК мітохондрій кукурудзи: гомологія з вірусними послідовностями
1Константинов Ю. М., 1Деренко М. В., 1Рогозин І. Б.
  1. Сибірський інститут фізіології та біохімії рослин, Сибірського відділення АН СРСР
    Іркутськ, СРСР
  2. Інститут цитології і генетики, Сибірського відділення АН СРСР
    Новосибірськ, СРСР

Abstract

При використанні контекстного аналізу і банку даних нуклеотидних послідовностей встановлено, що лінійні Sl и S2 плазмідоподібні ДНК мітохондрій кукурудзи містять ділянки невипадкової гомології з послідовностями п'яти різних еукаріотичних вірусів (ретровірусу птахів, флебовірусу, вірусу грипу, вірусу гепатиту, вірусу SV40). Довжина знайдених ділянок гомології змінюється від 60 до 130 нуклеотидних пар. У складі ділянок гомології знаходяться короткі олігонуклеотидні сайти, присутність яких є характерною ознакою областей ДНК з активними процесами рекомбінації. На основі одержаних результатів і даних літератури зроблено припущення про можливість переносу чужерідної генетичної інформації у мітохондріальний геном рослин за допомогою механізму зворотньої транскрипції.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Leaver CJ, Gray MW. Mitochondrial genome organization and expression in higher plants. Annu Rev Plant Physiol. 1982;33(1):373–402.
[2] Sederoff RR, Levings CS. Supernumerary DNAs in plant mitochondria. genetic flux in plants. 1985;91–109.
[3] Laughnan JR, Gabay-Laughnan S. Cytoplasmic male sterility in maize. Annu Rev Genet. 1983;17:27-48.
[4] Esser K, Kück U, Stahl U, Tudzynski P. Cloning vectors of mitochondrial origin for eukaryotes: A new concept in genetic engineering. Curr Genet. 1983;7(4):239-43.
[5] Solovyev VV, Rogozin IB Package of analysis programs for DNA, RNA and proteins sequences "Context". 1. Homology and functional sites search. Novosibirsk, 1986. 70. (Preprint. Sib. Fin-of USSR. Inst of Cytology and Genetics; N 11275).
[6] Solov'ev VV, Zharkikh AA, Kolchanov NA. RNA-polymerase matrix RNAs have a compact secondary structure formed by long double helices with partial mispairing. Dokl Akad Nauk SSSR. 1983;273(5):1256-61.
[7] Levings CS, Sederoff RR. Nucleotide sequence of the S-2 mitochondrial DNA from the S cytoplasm of maize. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(13):4055-9.
[8] Paillard M, Sederoff RR, Levings CS. Nucleotide sequence of the S-1 mitochondrial DNA from the S cytoplasm of maize. EMBO J. 1985;4(5):1125-8.
[9] Kemble RJ, Thompson RD. S1 and S2, the linear mitochondrial DNAs present in a male sterile line of maize, possess terminally attached proteins. Nucleic Acids Res. 1982;10(24):8181-90.
[10] Carusi EA. Evidence for blocked 5'-termini in human adenovirus DNA. Virology. 1977;76(1):380-94.
[11] Yoshikawa H, Ito J. Terminal proteins and short inverted terminal repeats of the small Bacillus bacteriophage genomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1981;78(4):2596-600.
[12] Needleman SB, Wunsch CD. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol. 1970;48(3):443-53.
[13] Joyce PB, Spencer DF, Gray MW. Multiple sequence rearrangements accompanying the duplication of a tRNA(Pro) gene in wheat mitochondrial DNA. Plant Mol Biol. 1988;11(6):833-43.
[14] McCutchan T, Singer M, Rosenberg M. Structure of simian virus 40 recombinants that contain both host and viral DNA sequences. II. The structure of variant 1103 and its comparison to variant CVPS/1P2 (EcoRI res). J Biol Chem. 1979;254(9):3592-7.
[15] Leon P, Walbot V, Bedinger P. Molecular analysis of the linear 2.3 kb plasmid of maize mitochondria: apparent capture of tRNA genes. Nucleic Acids Res. 1989;17(11):4089-99.
[16] Ichikawa H, Ikeda K, Amemura J, Ohtsubo E. Two domains in the terminal inverted-repeat sequence of transposon Tn3. Gene. 1990;86(1):11-7.
[17] Ticehurst JR, Racaniello VR, Baroudy BM, Baltimore D, Purcell RH, Feinstone SM. Molecular cloning and characterization of hepatitis A virus cDNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(19):5885-9.
[18] Misra TK, Grandgenett DP, Parsons JT. Avian retrovirus pp32 DNA-binding protein. I. Recognition of specific sequences on retrovirus DNA terminal repeats. J Virol. 1982;44(1):330-43.
[19] Ihara T, Akashi H, Bishop DH. Novel coding strategy (ambisense genomic RNA) revealed by sequence analyses of Punta Toro Phlebovirus S RNA. Virology. 1984;136(2):293-306.
[20] Schuster W, Brennicke A. Plastid, nuclear and reverse transcriptase sequences in the mitochondrial genome of Oenothera: is genetic information transferred between organelles via RNA? EMBO J. 1987;6(10):2857-63.