Biopolym. Cell. 1991; 7(1):14-22.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000049
Новий метод множинного вирівнювання послідовностей біополімерів (програма H-Align пакету GenBee)
1Бродський Л. І., 2Драчев О. Л., 2Леонтович А. М.
  1. Науково-виробничий кооператив «Комбі»
    Радянсько-франко-італійське підприємство «Інтерквадро»
    Москва, СРСР
  2. Міжфакультетська науково-дослідна лабораторія ім. А. Н. Білозерського,
    Московський державний університет
    Москва, СРСР

Abstract

У роботі запропоновано новий алгоритм множинного вирівнювання біологічних послідовностей. В ньому спочатку на основі методу DotHelix будуються консенсусні ділянки в даному наборі послідовностей різної товщини і ступеня схожості, а потім із цих консенсусів складаються ланцюжки, погоджені з порядком букв в послідовностях, і такі ланцюжки є каркасами вирівнювання. На основі алгоритму на мові Ci написана програма H-Align з пакету GenBee. Розглянутий модельний приклад ілюструє ефективність запропонованого алгоритму.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Needleman SB, Wunsch CD. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol. 1970;48(3):443-53.
[2] Gotoh O. Alignment of three biological sequences with an efficient traceback procedure. J Theor Biol. 1986;121(3):327-37.
[3] Sobel E, Martinez HM. A multiple sequence alignment program. Nucleic Acids Res. 1986;14(1):363-74.
[4] Bacon DJ, Anderson WF. Multiple sequence alignment. J Mol Biol. 1986;191(2):153-61.
[5] Leontovich AM, Brodsky LI, Gorbalenya AE. Compile of a complete map of local similarity for two biopolymers (DotHelix PROGRAM of the GenBee package). Biopolym Cell. 1990; 6(6):14-21.
[6] Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.