Biopolym. Cell. 1990; 6(6):36-42.
Метод пошуку функціонально важливих областей білків і пептидів за амінокислотною послідовністю
1Жилкін П. А., 1Єрошкін А. М.
  1. ВНДІ молекулярної біології
    сел. Кольцово Новосибірська обл., СРСР

Abstract

Пропонується емпіричний метод передбачення функціонально важливих областей білків і пептидів. Розглядаються лише такі функціонально важливі ділянки, залишки яких розташовані близько в послідовності (лінійні або безперервні функціонально важливі ділянки). В основі методу лежить раніше виявлена кореляція між локалізацією відомих безперервних функціонально важливих областей в послідовностях білків і низькими значеннями профілів подібності цих послідовностей з послідовностями білків людини [7]. Застосування запропонованого методу до великого набору білків дозволяє правильно передбачити більше половини з відомих безперервних функціональних центрів.

References

[1] Eroshkin AM, Zhilkin PA, Popkov IK, Kulichkov VA. Structural and physico-chemical properties of amino acids of functionally important regions of proteins. Biofizika. 1987;32(6):972-81.
[2] Werner GH. Natural and synthetic peptides (other than neuropeptides) endowed with immunomodulating activities. Immunol Lett. 1987;16(3-4):363-70. Review.
[3] Schiller PW, Maziak L, Nguyen TM, Godin J, Garcia R, De L?an A, Cantin M. Synthesis and biological activity of a linear fragment of the atrial natriuretic factor (ANF). Biochem Biophys Res Commun. 1985;131(3):1056-62.
[4] Milton SC, Millar RP, Milton RC. LH-releasing activity and receptor binding of pHGnRH 14-26 analogues. Biochem Biophys Res Commun. 1987;143(3):872-9.
[5] Okusada S, Kawasaki K, Sugiyama N. Amino acids and peptides. VI. Synthesis of the N-terminal pentapeptide of alpha 2-plasmin inhibitor and its analogue. Chem Pharm Bull (Tokyo). 1985;33(8):3484-7.
[6] Sugiyama N, Sasaki T, Iwamoto M, Abiko Y. Binding site of alpha 2-plasmin inhibitor to plasminogen. Biochim Biophys Acta. 1988;952(1):1-7.
[7] Antoni G, Presentini R, Perin F, Tagliabue A, Ghiara P, Censini S, Volpini G, Villa L, Boraschi D. A short synthetic peptide fragment of human interleukin 1 with immunostimulatory but not inflammatory activity. J Immunol. 1986;137(10):3201-4.
[8] Denes L, Rill A, Nyeki O. et a l In vitro effects of thymopoietin fragments on active E-rosette forming cells. Ann Immunol Hung. 1985; 25:177-87.
[9] Murata M, Sugahara Y, Takahashi S, Ohnishi S. pH-dependent membrane fusion activity of a synthetic twenty amino acid peptide with the same sequence as that of the hydrophobic segment of influenza virus hemagglutinin. J Biochem. 1987;102(4):957-62.
[10] Rose GD, Gierasch LM, Smith JA. Turns in peptides and proteins. Adv Protein Chem. 1985;37:1-109.
[11] Rehfeld JF. Neuronal cholecystokinin: one or multiple transmitters? J Neurochem. 1985;44(1):1-10.
[12] Hsieh KH, Marshall GR. Role of the C-terminal carboxylate in angiotensin II activity: alcohol, ketone, and ester analogues of angiotensin II. J Med Chem. 1986;29(10):1968-71.
[13] Zachary I, Woll PJ, Rozengurt E. A role for neuropeptides in the control of cell proliferation. Dev Biol. 1987;124(2):295-308.
[14] Frelinger AL 3rd, Zull JE. The role of the methionine residues in the structure and function of parathyroid hormone. Arch Biochem Biophys. 1986;244(2):641-9.
[15] Sures I, Crippa M. Xenopsin: the neurotensin-like octapeptide from Xenopus skin at the carboxyl terminus of its precursor. Proc Natl Acad Sci U S A. 1984;81(2):380-4.
[16] Burt DS, Stanworth DR. Inhibition of binding of rat IgE to rat mast cells by synthetic IgE peptides. Eur J Immunol. 1987;17(3):437-40.
[17] Cardin AD, Hirose N, Blankenship DT, Jackson RL, Harmony JA, Sparrow DA, Sparrow JT. Binding of a high reactive heparin to human apolipoprotein E: identification of two heparin-binding domains. Biochem Biophys Res Commun. 1986;134(2):783-9.
[18] Scott JD, Fischer EH, Demaille JG, Krebs EG. Identification of an inhibitory region of the heat-stable protein inhibitor of the cAMP-dependent protein kinase. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(13):4379-83.
[19] Neurath AR, Kent SB, Strick N, Parker K. Identification and chemical synthesis of a host cell receptor binding site on hepatitis B virus. Cell. 1986;46(3):429-36.
[20] Lambris JD, Ganu VS, Hirani S, M?ller-Eberhard HJ. Mapping of the C3d receptor (CR2)-binding site and a neoantigenic site in the C3d domain of the third component of complement. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(12):4235-9.
[21] Yakubko H-D, Eshkayt H. Amino acids. Peptides. Proteins. Moscow, Mir, 1985; 455 p.
[22] Dayhoff MO. Atlas of protein sequence and structure. Washington : Nat. Biomed. Res. Found, 1978. V. 5. 414 p.
[23] Eppstein DA, Marsh YV, Schreiber AB, Newman SR, Todaro GJ, Nestor JJ Jr. Epidermal growth factor receptor occupancy inhibits vaccinia virus infection. Nature. 1985 Dec 19-1986;318(6047):663-5.
[24] Meng M, Hogenkamp HP. Purification, characterization, and amino acid sequence of thioredoxin from Corynebacterium nephridii. J Biol Chem. 1981;256(17):9174-82.
[25] Jacobs JW, Goodman RH, Chin WW, Dee PC, Habener JF, Bell NH, Potts JT Jr. Calcitonin messenger RNA encodes multiple polypeptides in a single precursor. Science. 1981;213(4506):457-9.
[26] Pierschbacher MD, Ruoslahti E. Cell attachment activity of fibronectin can be duplicated by small synthetic fragments of the molecule. Nature. 1984 May 3-9;309(5963):30-3.
[27] Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ, Meyer EF Jr, Brice MD, Rodgers JR, Kennard O, Shimanouchi T, Tasumi M. The Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures. J Mol Biol. 1977;112(3):535-42.
[28] Janin J, Chothia C. Stability and specificity of protein-protein interactions: the case of the trypsin-trypsin inhibitor complexes. J Mol Biol. 1976;100(2):197-211.
[29] Fox BS, Walsh CT. Mercuric reductase: homology to glutathione reductase and lipoamide dehydrogenase. Iodoacetamide alkylation and sequence of the active site peptide. Biochemistry. 1983;22(17):4082-8.
[30] Schlegel R, Wade M. Biologically active peptides of the vesicular stomatitis virus glycoprotein. J Virol. 1985;53(1):319-23.
[31] Griffith MJ, Noyes CM, Church FC. Reactive site peptide structural similarity between heparin cofactor II and antithrombin III. J Biol Chem. 1985;260(4):2218-25.
[32] Traut TW. Do exons code for structural or functional units in proteins? Proc Natl Acad Sci U S A. 1988;85(9):2944-8.
[33] Hantgan RR. Localization of the domains of fibrin involved in binding to platelets. Biochim Biophys Acta. 1988;968(1):36-44.