Biopolym. Cell. 1990; 6(3):15-24.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000266
Структура та функції біополімерів
Роль локальної щільної упаковки гідрофобних груп у ?-структурних білках
1Втюрін Н. Н.
  1. Інститут молекулярної генетики АН СРСР
    Москва, СРСР

Abstract

Показано, що прагнення гідрофобних груп до локальної щільної упаковки на поверхні β-структурного листа є, очевидно, основною причиною твісту β-структурних листів. Цей факт дозволяє, на думку автора, по-новому подивитися на архітектуру майже всіх доменів, що містять ?-структуру. Показано, що більшість доменів, які містять β-структуру, підрозділяються на декілька чітко окреслених груп, особливості архітектури яких залежать від числа і взаємного розташування вздовж ланцюга елементів вторинної структури (β-стрендів і α-спіралей), що утворюють домен.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Pauling L, Corey RB. Configurations of Polypeptide Chains With Favored Orientations Around Single Bonds: Two New Pleated Sheets. Proc Natl Acad Sci U S A. 1951;37(11):729-40.
[2] Dickcrson R. E. X-ray analysis and protein structure. The proteins . Ed. H. Neuralh. New York: Acad, press, 1964. V. 2:603-778.
[3] Chou PY, Fasman GD. Conformational parameters for amino acids in helical, beta-sheet, and random coil regions calculated from proteins. Biochemistry. 1974;13(2):211-22.
[4] Schulz GE, Schirmer RH, Sachsenheimer W, Pai EF. The structure of the flavoenzyme glutathione reductase. Nature. 1978;273(5658):120-4.
[5] Quiocho FA, Lipscomb WN. Carboxypeptidase A: a protein and an enzyme. Adv Protein Chem. 1971;25:1-78.
[6] Chothia C. Conformation of twisted beta-pleated sheets in proteins. J Mol Biol. 1973;75(2):295-302.
[7] Zimmerman SS, Scheraga HA. Influence of local interactions on protein structure. I. Conformational energy studies of N-acetyl-N'-methylamides of Pro-X and X-Pro dipeptides. Biopolymers. 1977;16(4):811-43.
[8] Salemme FR, Weatherford DW. Conformational and geometrical properties of beta-sheets in proteins. I. Parallel beta-sheets. J Mol Biol. 1981;146(1):101-17.
[9] Salemme FR, Weatherford DW. Conformational and geometrical properties of beta-sheets in proteins. II. Antiparallel and mixed beta-sheets. J Mol Biol. 1981;146(1):119-41.
[10] Salemme FR. Conformational and geometrical properties of beta-sheets in proteins. III. Isotropically stressed configurations. J Mol Biol. 1981;146(1):143-56.
[11] Salemme FR. Structural properties of protein beta-sheets. Prog Biophys Mol Biol. 1983;42(2-3):95-133.
[12] Richardson JS. Handedness of crossover connections in beta sheets. Proc Natl Acad Sci U S A. 1976;73(8):2619-23.
[13] Creighton TE. Proteins. Structure and molecular principles. New York: Y. H. Freeman and Co., 1983. 515 p.
[14] Richardson JS. The anatomy and taxonomy of protein structure. Adv Protein Chem. 1981;34:167-339.
[15] Cohen FE, Sternberg MJ, Taylor WR. Analysis and prediction of the packing of alpha-helices against a beta-sheet in the tertiary structure of globular proteins. J Mol Biol. 1982;156(4):821-62.
[16] Chou KC, Pottle M, Némethy G, Ueda Y, Scheraga HA. Structure of beta-sheets. Origin of the right-handed twist and of the increased stability of antiparallel over parallel sheets. J Mol Biol. 1982;162(1):89-112.
[17] Chothia C. Coiling of beta-pleated sheets. J Mol Biol. 1983;163(1):107-17.
[18] Chothia C. Principles that determine the structure of proteins. Annu Rev Biochem. 1984;53:537-72.
[19] Novotný J, Bruccoleri RE, Newell J. Twisted hyperboloid (Strophoid) as a model of beta-barrels in proteins. J Mol Biol. 1984;177(3):567-73.
[20] Efimov AV. Stereochemistry of the packing of alpha-spirals and beta-structure into a compact globule. Dokl Akad Nauk SSSR. 1977;235(3):699-702. Russian.
[21] Levitt M, Greer J. Automatic identification of secondary structure in globular proteins. J Mol Biol. 1977;114(2):181-239.
[22] Shulz GE, Schirmer RH. Principles of protein structure. New York : Springer, 1979. 354 p.
[23] Cohen FE, Sternberg MJ, Taylor WR. Analysis and prediction of protein beta-sheet structures by a combinatorial approach. Nature. 1980;285(5764):378-82.
[24] von Heijne G, Blomberg C. The beta structure: inter-strand correlations. J Mol Biol. 1977;117(3):821-4.
[25] Venkatachalam CM. Stereochemical criteria for polypeptides and proteins. VI. Non-bonded energy of polyglycine and poly-L-alanine in the crystalline beta-form. Biochim Biophys Acta. 1968;168(3):411-6.