Biopolym. Cell. 1989; 5(4):66-70.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000D6
Структура та функції біополімерів
Стерична доступність ДНК для молекул води та іонів при В–D-переході
1Бєглов Д. Б., 1Ліпанов А. А., 2Чуприна В. П.
  1. Інститут молекулярної генетики АН СРСР
    Москва, СРСР
  2. Науково-дослідний обчислювальний центр АН СРСР
    Пущино, Московська обл., СРСР

Abstract

Методом Лі і Річардса розраховано стеричну доступність атомів ДНК у В- і D-формах для молекул води. Показано, що зменшення доступності нуклеотидів у D-формі, що відображає економнішу гідратацію D-конформації порівняно з В-конфрмацією ДНК, відбувається головним чином за рахунок звуження глікозидного жолобка подвійної спіралі. Оцінено також доступність D-форми для іонів натрію. За результатами розрахунків обговорено механізм В?D-переходу в AT-багатих ДНК.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Saenger W. Principles of nucleic acid structure. New York: Springer, 1984; 556 p.
[2] Saenger W, Hunter WN, Kennard O. DNA conformation is determined by economics in the hydration of phosphate groups. Nature. 1986 Nov 27-Dec 3;324(6095):385-8.
[3] Lee B, Richards FM. The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility. J Mol Biol. 1971;55(3):379-400.
[4] Arnott S, Chandrasekaran R, Hall IH, Puigjaner LC. Heteronomous DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(12):4141-55.
[5] Arnott S, Chandrasekaran R, Puigjaner LC, Walker JK, Hall IH, Birdsall DL, Ratliff RL. Wrinkled DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(5):1457-74.
[6] Arnott S, Chandrasekaran R, Hukins DW, Smith PJ, Watts L. Structural details of double-helix observed for DNAs containing alternating purine and pyrimidine sequences. J Mol Biol. 1974;88(2):523-33.
[7] Arnott S, Hukins DW. Optimised parameters for A-DNA and B-DNA. Biochem Biophys Res Commun. 1972;47(6):1504-9.
[8] Alden CJ, Kim SH. Solvent-accessible surfaces of nucleic acids. J Mol Biol. 1979;132(3):411-34.
[9] Bartenev VN, Golovamov EuI, Kapitonova KA, Mokulskii MA, Volkova LI, Skuratovskii IYa. Structure of the B DNA cationic shell as revealed by an X-ray diffraction study of CsDNA. Sequence-specific cationic stabilization of B form DNA. J Mol Biol. 1983;169(1):217-34.
[10] Chuprina V. P., Khutorsky V. E., Poltev V. Theoretical refinement of A- and B-conformation models of regular polynucleotides. Stud biophys. 1981; 85(2):81-8.
[11] Suzuki E, Pattabiraman N, Zon G, James TL. Solution structure of [d(A-T)5]2 via complete relaxation matrix analysis of two-dimensional nuclear Overhauser effect spectra and molecular mechanics calculations: evidence for a hydration tunnel. Biochemistry. 1986;25(22):6854-65.
[12] Mahendrasingam A, Forsyth VT, Hussain R, Greenall RJ, Pigram WJ, Fuller W. Time-resolved X-ray diffraction studies of the B in equilibrium D structural transition in the DNA double helix. Science. 1986;233(4760):195-7.
[13] Drew HR, Dickerson RE. Structure of a B-DNA dodecamer. III. Geometry of hydration. J Mol Biol. 1981;151(3):535-56.
[14] Alexeev DG, Lipanov AA, Skuratovskii IYa. Poly(dA).poly(dT) is a B-type double helix with a distinctively narrow minor groove. Nature. 1987 Feb 26-Mar 4;325(6107):821-3.
[15] Chuprina VP. Anomalous structure and properties of poly (dA).poly(dT). Computer simulation of the polynucleotide structure with the spine of hydration in the minor groove. Nucleic Acids Res. 1987;15(1):293-311.
[16] Lipanov AA, Beglov DB, Alexeev DG, Skuratovsky IYa. Buckle of the A-T Pair in the Bh-form of poly(dA):poly(dT). Biopolym Cell. 1989; 5(1):16-22.