Biopolym. Cell. 1989; 5(2):62-69.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0000A8
Структура та функції біополімерів
Зв’язування фрагмента фенілаланінової тРНК дріжджів, що містить антикодонову петлю, з 30S субчастинками і 70S рибосомами Escherichia coli
1Нехай С. А., 1Самінський Е. М.
  1. Ленінградський інститут ядерної фізики ім. Б. П. Константинова АН СРСР
    Гатчина, Ленінградська обл., СРСР

Abstract

Кількісно вивчали полі (U)-залежне зв’язування 15-нуклеотидного фрагмента аналога антикодонової гілки дріжджової тРНКPhe з 30S субчастинками і 70S рибосомами E. coli. Показано, що зв’язування з субчастинками оборотне, пригнічується едеїном і частково тетрацикліном і відбувається на двох сайтах субчастинки. Сайт з великою спорідненістю до фрагмента охарактеризовано константами швидкості асоціації і дисоціації (2,3·104 М –1с–1 відповідно за температури 20 °С) і константою рівноваги (0,8·107 М–1 при 37°С, 4 ·107 М?1 при 20 °С і приблизно 3·108 М–1 при 0 °С). Другий сайт зв’язує фрагмент значно слабкіше (константа рівноваги 0,4 ·107 М–1 при 20 ° С). 70S рибосоми взаємодіють з фрагментом якісно і кількісно майже так само, як 30S субчастинки. Описана полі (U)-залежна асоціація фрагмента з 30S субчастинками загалом дуже подібна з такою для Phe-тРНКPhe. За аналогією з останньою можна припустити, що сайт, який зв’язує сильніше є частиною Р-сайта, а слабше – частиною А-сайта рибосоми.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Dube SK, Rudland PS, Clark BFC, Marcher KA. A structural requirements for codon-anticodon interaction on the ribosome. Cold Spring Harbor Symp. Quant Biol. 1969. 34:161-166.
[2] Rudland PS, Dube SK. Specific interaction of an initiator tRNA fragment with 30 s ribosomal subunits. J Mol Biol. 1969;43(2):273-80.
[3] Rose SJ 3rd, Lowary PT, Uhlenbeck OC. Binding of yeast tRNAPhe anticodon arm to Escherichia coli 30 S ribosomes. J Mol Biol. 1983;167(1):103-17.
[4] Kirillov SV, Makhno VI, Semenkov YP. Mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Direct functional evidence that isolated 30S subunits contain two codon-specific binding sites for transfer RNA. Nucleic Acids Res. 1980;8(1):183-96.
[5] Katunin VI, Semenkov YP, Makhno VI, Kirillov SV. Comparative study of the interaction of polyuridylic acid with 30S subunits and 70S ribosomes of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1980;8(2):403-21.
[6] Aoyagi S, Inoue Y. Oligonucleotide studies. I. Isolation of dinucleotides and seven trinucleotides from ribonuclease T-1 digests of nucleic acids and their ultraviolet spectral characterizations. J Biol Chem. 1968;243(3):514-20.
[7] Litt M. A simple procedure for the purification of yeast phenylalanine transfer RNA. Biochem Biophys Res Commun. 1968;32(3):507-11.
[8] Bochner BR, Ames BN. Complete analysis of cellular nucleotides by two-dimensional thin layer chromatography. J Biol Chem. 1982;257(16):9759-69.
[9] Riggs AD, Bourgeois S, Cohn M. The lac repressor-operator interaction. 3. Kinetic studies. J Mol Biol. 1970;53(3):401-17.
[10] Pingoud A, Riesner D, Boehme D, Maass G. Kinetic studies on the interaction of seryl-tRNA synthetase with tRNA(Ser) and ser-tRNA(ser) from yeast. FEBS Lett. 1973;30(1):1-5.
[11] Weder HG, Schildknecht J, Lutz RA, Kesselring P. Determination of binding parameters from Scatchard plots. Theoretical and practical considerations. Eur J Biochem. 1974;42(2):475-81.
[12] Katunin VI, Kirillov SV. Binding of the yeast phenylalanine tRNA with Escherichia coli ribosomes. Effect of the removal of a modified base from the 3'-end of the anticodon on codon-anticodon interaction. Mol Biol (Mosk). 1984;18(6):1486-96.
[13] Edsa J. T., Wijman J. Biophysical chemistry. New York: Acad, press, 1958. 800 p.
[14] Kirillov SV, Makarov EM, Semenkov YuP. Quantitative study of interaction of deacylated tRNA with Escherichia coli ribosomes. Role of 50 S subunits in formation of the E site. FEBS Lett. 1983;157(1):91-4.
[15] Grosjean H, Soll DG, Crothers DM. Studies of the complex between transfer RNAs with complementary anticodons. I. Origins of enhanced affinity between complementary triplets. J Mol Biol. 1976;103(3):499-519.
[16] Potapov AP. Mechanism of the stereospecific stabilization of codon-anticodon complexes in ribosomes during translation. Zh Obshch Biol. 1985;46(1):63-77.
[17] Potapov AP. A stereospecific mechanism for the aminoacyl-tRNA selection at the ribosome. FEBS Lett. 1982;146(1):5-8.