Biopolym. Cell. 1989; 5(1):16-22.
Структура та функції біополімерів
Злам А–Т-пари основ у Вh-формі полі(dА):полі(dТ)
- Інститут молекулярної генетики АН СРСР
Москва, СРСР
Abstract
З використанням двопараметричного гнучкого цукру, а в разі Nа-солі полі(dА): полі(dТ) також і з урахуванням можливого зламу А–Т-пари проведено уточнення структур кальцієвої і натрієвої солей полі(dА): полі(dТ) за даними рентгенівської дифракції від волокон. У структурі Nа-полі(dА): полі(dТ) основи одного ланцюга, скоріш за все, тиміни, нахилені приблизно на –13 °. Нахил основ іншого ланцюга незначний. Завдяки своїм унікальним особливостям, структура полі(dА): полі(dТ) заслуговує спеціального позначення Вh, щоб бути вирізненою з-поміж інших структур В-типу. Параметри уточненої структури можуть бути значущими за інтерпретації даних щодо вигинів ДНК, які містять досить протяжні dАn-dТn-ділянки.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[1]
Arnott S, Selsing E. Structures for the polynucleotide complexes poly(dA) with poly (dT) and poly(dT) with poly(dA) with poly (dT). J Mol Biol. 1974;88(2):509-21.
[2]
Arnott S, Chandrasekaran R, Hall IH, Puigjaner LC. Heteronomous DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(12):4141-55.
[3]
Alexeev D. G., Lipanov A. A., Skuratovsky I. Ya. Structure of the calcium salt of poly(dA) : poly(dT) as revealed by the X-ray diffraction analysis in fibres. Biopolym Cell. 1986; 2(4):189-195.
[4]
Alexeev DG, Lipanov AA, Skuratovskii IYa. Poly(dA).poly(dT) is a B-type double helix with a distinctively narrow minor groove. Nature. 1987 Feb 26-Mar 4;325(6107):821-3.
[5]
Alexeev DG, Lipanov AA, Skuratovskii IYa. The structure of poly(dA).poly(dT) as revealed by an X-ray fibre diffraction. J Biomol Struct Dyn. 1987;4(6):989-1012.
[6]
Park HS, Arnott S, Chandrasekaran R, Millane RP, Campagnari F. Structure of the alpha-form of poly[d(A)].poly[d(T)] and related polynucleotide duplexes. J Mol Biol. 1987;197(3):513-23.
[7]
Chuprina VP. Regularities in formation of the spine of hydration in the DNA minor groove and its influence on the DNA structure. FEBS Lett. 1985;186(1):98-102.
[8]
Chuprina VP. Anomalous structure and properties of poly (dA).poly(dT). Computer simulation of the polynucleotide structure with the spine of hydration in the minor groove. Nucleic Acids Res. 1987;15(1):293-311.
[9]
Drew HR, Dickerson RE. Structure of a B-DNA dodecamer. III. Geometry of hydration. J Mol Biol. 1981;151(3):535-56.
[10]
Koo HS, Wu HM, Crothers DM. DNA bending at adenine . thymine tracts. Nature. 1986 Apr 10-16;320(6062):501-6.
[11]
Drew HR, Travers AA. DNA structural variations in the E. coli tyrT promoter. Cell. 1984;37(2):491-502.
[12]
Peck LJ, Wang JC. Sequence dependence of the helical repeat of DNA in solution. Nature. 1981;292(5821):375-8.
[13]
Rhodes D, Klug A. Sequence-dependent helical periodicity of DNA. Nature. 1981;292(5821):378-80.
[14]
Lipanov AA, Chuprina VP. The structure of poly(dA):poly(dT) in a condensed state and in solution. Nucleic Acids Res. 1987;15(14):5833-44.
[15]
Edmondson SP, Johnson WC Jr. Base tilt of poly[d(A)]-poly[d(T)] and poly[d(AT)]-poly[d(AT)] in solution determined by linear dichroism. Biopolymers. 1985;24(5):825-41.
[16]
Bartenev VN, Kameneva NG, Lipanova AA. A statistical stereochemical model of the flexible furanose ring. Acta Cryst B. 1987;43(3):275–80.
[17]
Beglov DB, Kameneva NG, Lipanov AA. Two-parametric statistical model of the flexible furanose. Abstr. 2nd All-Union Seminar on the Application of mat. methods in biology. Pushchino, 1987; 62-63.
[18]
Altona C, Sundaralingam M. Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation. J Am Chem Soc. 1972;94(23):8205-12.
[19]
Dickerson R.E, Kopka ML, Pjura P. Biological macromolecules and assemblies. Eds F. Jurnac, A. McPherson. New York : Wiley, 1985. Vol. 2. 365 p.
[20]
Cruse WB, Salisbury SA, Brown T, Cosstick R, Eckstein F, Kennard O. Chiral phosphorothioate analogues of B-DNA. The crystal structure of Rp-d[Gp(S)CpGp(S)CpGp(S)C]. J Mol Biol. 1986;192(4):891-905.
[21]
Prive GG, Heinemann U, Chandrasegaran S, Kan LS, Kopka ML, Dickerson RE. Helix geometry, hydration, and G.A mismatch in a B-DNA decamer. Science. 1987;238(4826):498-504.
[22]
Hamilton WC. Significance tests on the crystallographic R factor. Acta Cryst. 1965;18(3):502–10.
[23]
Baret JF, Carbone GP, Penon P. Infrared dichroism of polynucleotides of repeated sequence. I. Poly(dA)-poly(dT) and poly[d(A-T)]-poly[d(A-T)]. Biopolymers. 1978;17(10):2319–39.
[24]
Semenov MA, Bol’bukh TV. Resonant oscillations in reacting carbonyl spiral polynucleotides. Kharkiv, 1982; 27 p. (Preprint. UkSSR. Inst Radio Physics and Electronics, 190).
[25]
Lipanov AA. Spatial structure of DNA complexes with alkali metal ions and water molecules: Author. dis. ... kand biol nauk. Moscow, 1986; 21 p.
[26]
Skuratovskii IYa, Hasnain SS, Alexeev DG, Diakun GP, Volkova LI. EXAFS studies of the calcium salts of natural DNA and polydA:polydT. J Inorg Biochem. 1987;29(4):249-57.
[27]
Bartenev VN, Golovamov EuI, Kapitonova KA, Mokulskii MA, Volkova LI, Skuratovskii IYa. Structure of the B DNA cationic shell as revealed by an X-ray diffraction study of CsDNA. Sequence-specific cationic stabilization of B form DNA. J Mol Biol. 1983;169(1):217-34.
[28]
Lipanov AA, Alekseev DG, Bartenev VN, Volkova LI, Kapitonova KA, Skuratovsky IYa. Position of Cs2+ ions in the structure of DNA A-form. Biofizika. 1986; 31(2):336-8.
[29]
Arnott S, Selsing E. Letter: The structure of polydeoxyguanylic acid with polydeoxycytidylic acid. J Mol Biol. 1974;88(2):551-2.
[30]
Nelson HC, Finch JT, Luisi BF, Klug A. The structure of an oligo(dA).oligo(dT) tract and its biological implications. Nature. 1987 Nov 19-25;330(6145):221-6.
[31]
Coll M, Frederick CA, Wang AH, Rich A. A bifurcated hydrogen-bonded conformation in the d(A.T) base pairs of the DNA dodecamer d(CGCAAATTTGCG) and its complex with distamycin. Proc Natl Acad Sci U S A. 1987;84(23):8385-9.
