Biopolym. Cell. 2024; 40(3):218-218.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000AFC
Хроніка та інформація
Комплексне порівняльне дослідження вирівнювачів даних секвенування репертуару адаптивних імунних рецепторів
1Іордачі Ф., 2Адамян А., 3Бостан С., 4Кректун У., 5Калужак Л., 5Думітреску К.
  1. ВОШ Стенфордського університету
    Бродвей, 415, Редвуд-Сіті, Каліфорнія 94063, США
  2. Завен і Соня Акян Коледж науки та інженерії, Американський університет Вірменії
    Просп. Маршала Баграмяна, 40, Єреван, Вірменія, 0019
  3. Нова школа Міжнародна школа Грузії
    Шосе Цкнеті, 35, Тбілісі, Грузія, 0162
  4. Національний технічний університет України "Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського"
    Просп. Берестейський, 37, Київ, Україна, 03056
  5. Стефан чел Маре Університет Сучави
    Університетська вулиця, 13, Сучава, Румунія, 720229

Abstract

Мета. Надійність аналізу даних секвенування адаптивного імунного рецептора (AIRR–Seq) залежить від продуктивності інструментів вирівнювання, але через часту неузгодженість вихідних форматів та користувацького досвіду все ще відсутнє об'єктивне порівняння вирівнювачів даних AIRR. Таким чином, тут ми прагнули провести порівняльний аналіз найбільш широко використовуваних інструментів аналізу даних AIRR–Seq – HighV–Quest, IgBlast і MiXCR – і оцінити їх точність вирівнювання [1, 2]. Висновки. Наше дослідження показує, що на основі виклику перекриття V–регіону, IgBlast досягає найкращої продуктивності, за якими слідують HighV–Quest та MiXCR відповідно. Ми також демонструємо, що розподіл генів V–регіону у зчитуванні не має статистично значущого впливу на результат картування кожного зчитування.
Keywords: репертуар адаптивних імунних рецепторів, Т клітини, вузлове різноманіття
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Bolotin DA, Poslavsky S, Mitrophanov I, Shugay M, Mamedov IZ, Putintseva EV, Chudakov DM. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nat Methods. 2015; 12(5):380-1.
[2] Ye J, Ma N, Madden TL, Ostell JM. IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool. Nucleic Acids Res. 2013;41(Web Server issue):W34-40.