Biopolym. Cell. 2024; 40(3):206-206.
Хроніка та інформація
Оцінка продуктивності одного і того ж аналізу на різних мовах програмування
- Стефан чел Маре Університет Сучави
13, Вул. Університетська, Сучава, Румунія, 720229 - Кампус Університету прикладних наук у Відні
Австрія 226, Фаворитенштрассе, Відень, Австрія, 1100 - Конструкторський університет Бремен
gGmbH 1, Кампус Рінг, Бремен, Німеччина, 28759
Abstract
Мета. Це дослідження оцінює продуктивність алгоритму Нідлмана-Вунша в Python, C++ і C#, зосереджуючись на часі виконання та використанні пам'яті. Алгоритм, заснований на динамічному програмуванні з часовою складністю O(mn), забезпечує оптимальне глобальне вирівнювання послідовностей, що робить його важливим у біоінформатиці. Для реалізації використовувався існуючий репозиторій, і, незважаючи на його вік, основна логіка залишається актуальною для порівняння продуктивності. У той час як нові алгоритми, такі як Сміта-Уотермана та BLAST, пропонують різні переваги, алгоритм Нідлмана-Вунша все ще залишається золотим стандартом для глобального вирівнювання завдяки своїй простоті та точності. Висновки. Це дослідження висвітлює компроміси між простотою використання, швидкістю та споживанням ресурсів. C++ ідеально підходить для критично важливих для продуктивності програм, тоді як Python пропонує доступність для швидкої розробки, незважаючи на вищі потреби в ресурсах.
Keywords: оцінка ефективності, алгоритм Нідлмана–Вунша, Python, C++, C#
Повний текст: (PDF, англійською)