Biopolym. Cell. 1988; 4(1):3-7.
Структура та функції біополімерів
Термодинаміка взаємодії деацильованої ініціаторної тРНК і аміноацил-тРНК з Р- і А-сайтами 30S субчастинок рибосом Escherichia coli на матриці AUG(U)n
1Гобштіс Н. А., 1Одинцов В. Б., 1Кириллов С. В.
- Ленінградський інститут ядерної фізики ім. Б. П. Константинова АН СРСР
Гатчина, Ленінградська обл., СРСР
Abstract
У модельній системі ініціації біосинтезу білка показано, що деаці-лированной инициаторного тРНК (TPHKfMet або fMet-tPHKfMet-в разі утворення дипептида) зв'язується на Р-сайт 30S субчастіци комплексу [30S + AUG (U) "]. Далі цей потрійний комплекс здатний зв'язувати другий молекулу тРНК-Рhе-тРНКPhe на А-сайт, і при додаванні 50S субчастиц утворюється дипептид fMet-Phe. Таким чином, на 30S субчастиц є два сайта зв'язування тРНК, які реалізуються як функціональні Р-і А-сайти 70S рибосоми не тільки в полі (U)-залежної системі, а й у дослідженій системі з матрицею, несучої инициаторного кодон AUG. Виміряні константи асоціації TPHKfMet з комплексом [30S + AUG (U) n] і Phe-тPHKPhe з комплексом [30S + AUG (U) n + тPHKfMet] при різних температурах і концентраціях іонів магнію, розраховані термодинамічні параметри цих взаємодій.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[1]
Adams JM, Capecchi MR. N-formylmethionyl-sRNA as the initiator of protein synthesis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1966;55(1):147-55.
[2]
Bretscher MS, Marcker KA. Polypeptidyl-sigma-ribonucleic acid and amino-acyl-sigma-ribonucleic acid binding sites on ribosomes. Nature. 1966;211(5047):380-4.
[3]
Lucas-Lenard J, Lipmann F. Initiation of polyphenylalanine synthesis by N-acetylphenylalanyl-SRNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1967;57(4):1050-7.
[4]
Shine J, Dalgarno L. Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes. Nature. 1975;254(5495):34-8.
[5]
Stormo GD, Schneider TD, Gold LM. Characterization of translational initiation sites in E. coli. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2971-96.
[6]
Katunin VI, Semenkov YP, Makhno VI, Kirillov SV. Comparative study of the interaction of polyuridylic acid with 30S subunits and 70S ribosomes of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1980;8(2):403-21.
[7]
Clark B. F. C. Structure of tRNA during protein biosynthesis. Ribosomes: structure, function and genetics . Eds G. Chambliss et al. Baltimore: Univ. Park press, 1980:413-443.
[8]
Ofengand J. The topography of tRNA binding sites on the ribosomes. Eds G. Chambliss et al. Baltimore: Univ. Park press, 1980:497-529.
[9]
Semenkov YuP, Makarov EM, Kirillov SV. Quantitative study of interaction of deacylated tRNA with the P, A and E sites of Escherichia coli ribosomes. Biopolym Cell. 1985; 1(4):183-93.
[10]
Walker RT, RajBhandary UL. Studies on polynucleotides. CI. Escherichia coli tyrosine and formylmethionine transfer ribonucleic acids: effect of chemical modification of 4-thiouridine to uridine on their biological properties. J Biol Chem. 1972;247(15):4879-92.
[11]
Aoyagi S, Inoue Y. Oligonucleotide studies. I. Isolation of dinucleotides and seven trinucleotides from ribonuclease T-1 digests of nucleic acids and their ultraviolet spectral characterizations. J Biol Chem. 1968;243(3):514-20.
[12]
Szer W, Kurylo-Borowska Z. Effect of edeine on aminoacyl-tRNA binding to ribosomes and its relationship to ribosomal binding sites. Biochim Biophys Acta. 1970;224(2):477-86.
[13]
Semenkov YuP, Makarov EM, Makhno VI, Kirillov SV. Kinetic aspects of tetracycline action on the acceptor (A) site of Escherichia coli ribosomes. FEBS Lett. 1982;144(1):125-9.
[14]
Schmitt M, Neugebauer U, Bergmann C, Gassen HG, Riesner D. Binding of tRNA in different functional states to Escherichia coli ribosomes as measured by velocity sedimentation. Eur J Biochem. 1982;127(3):525-9.
[15]
Kirillov SV. Codon-anticodon mechanism of interaction in ribosomes. Results of science and technology. Moscow, VINITI, 1983; 5-98 (Biol. Chemistry, Vol. 18).
[16]
Ganoza MC, Sullivan P, Cunningham C, Hader P, Kofoid EC, Neilson T. Effect of bases contiguous to AUG on translation initiation. J Biol Chem. 1982;257(14):8228-32.
