Biopolym. Cell. 2021; 37(6):469-474.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000A6B
Біоінформатика
Розробка рецепторно-орієнтованої фармакофорної моделі протеїнкінази С бета (PKCβ) для пошуку інгібіторів з потенційною активністю проти гострого респіраторного дистрес синдрому
1, 2Старосила С. А., 1, 3Волинець Г. П., 1Протопопов М. В., 2, 4Колєєв І. М., 1Бджола В. Г., 1Ярмолюк С. М.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. RECEPTOR.AI
    Бостон, США
  3. Фірма “Otava”
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  4. Навчально-науковий центр «Інститут біології і медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Розробити рецепторно-орієнтовану фармакофорну модель протеїнкінази С бета (PKCβ). Методи. Фармакофорне моделювання здійснювали за допомогою програм Discovery Studio Visualizer 4.0 і PharmDeveloper. Результати. Розроблено та валідовано фармакофорну модель, що складалася з п’яти фармакофорних точок – двох ароматичних точок без векторів, двох акцепторів водневих зв’язків та одного донора водневого зв’язку. Висновки. Одержана фармакофорна модель буде використана для віртуального скринінгу колекції сполук з метою пошуку інгібіторів PKCβ.
Keywords: протеїнкіназа C бета, PKCβ, фармакофорна модель, фармакофорні точки
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Li H, Zhou X, Tan H, Hu Y, Zhang L, Liu S, Dai M, Li Y, Li Q, Mao Z, Pan P, Su X, Hu C. Neutrophil extracellular traps contribute to the pathogenesis of acid-aspiration-induced ALI/ARDS. Oncotarget. 2017; 9(2):1772-84.
[2] Bellani G, Laffey JG, Pham T, Fan E, Brochard L, Esteban A, Gattinoni L, van Haren F, Larsson A, McAuley DF, Ranieri M, Rubenfeld G, Taylor Thompson B, Wrigge H, Slusky AS, Pesenti A. Epidemio-lo-gy, patterns of care, and mortality for patients with acute respiratory distress syndrome in intensive care units in 50 countries. JAMA. 2016; 315(8):788-800.
[3] Lefrançais E, Mallavia B, Zhuo H, Calfee CS, Looney MR. Maladaptive role of neutrophil extracellular traps in pathogen-induced lung injury. JCI Insight. 2018; 3(3):e98178.
[4] Chun CD, Liles WC, Frevert CW, Glenny RW, Altemeier WA. Mechanical ventilation modulates Toll-like receptor-3-induced lung inflammation via a MyD88-dependent, TLR4-independent pathway: a controlled animal study. BMC Pulm. Med. 2010; 10:57.
[5] Gray RD, Lucas CD, MacKellar A, Li F, Hiersemenzel K, Haslett C, Davidson DJ, Rossi AG. Activation of conventional protein kinase C (PKC) is critical in the generation of human neutrophil extracellular traps. J Inflamm (Lond).2013; 10(1):12.
[6] De Souza-Vieira T, Guimarães-Costa A, Rochael NC, Lira MN, Nascimento MT, de Souza Lima-Gomez P, Ma-riante RM, Persechini PM, Saraiva EM. Neutrophil extracellular traps release induced by Leishmania: role of PI3Kγ, ERK, PI3Kσ, PKC, and [Ca2+]. J Leukoc Biol. 2016; 100(4):801-10.
[7] Bertram A, Ley K. Protein kinase C isoforms in neutrophil adhesion and activation. Arch Immunol Ther Exp (Warsz). 2011; 59(2):79-87.
[8] Accelrys Discovery Studio Visualizer 4.0; Accelrys: SanDiego, CA, USA, 2012;
[9] Grodsky N, Li Y, Bouzida D, Love R, Jensen J, Nodes B, Nonomiya J, Grant S. Structure of the catalytic domain of human protein kinase C beta II complexed with a bisindolylmaleimide inhibitor. Biochemistry. 2006; 45(47):13970-81.
[10] Leonard TA, Rozycki B, Saidi LF, Hummer G, Hurley JH. Crystal structure and allosteric activation of protein kinase C beta II. Cell. 2011; 144(1):55-66.
[11] Starosyla SA, Volynets GP, Bdzhola VG, Yarmoluk SM. Ukrainian certificate of registration of copyright for software "PharmDeveloper" N 70098.
[12] Starosyla SA, Volynets GP, Bdzhola VG, Yarmoluk SM. The development of algorithm for pharmacophore model optimization and rescoring of pharmacophore screening results. Ukr Bioorg Acta. 2016; 1:24-34.