Biopolym. Cell. 2021; 37(2):117-124.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000A52
Віруси та клітина
Ідентифікація та характеристика штаму B.1.1.7 SARS-CoV-2 при новому спалаху у лютому 2021 COVID-19 в Україні
1Кашуба В. І., 1Грищенко Н. В., 1Геращенко Г. В., 1Мельничук Н. С., 1Марчишак Т. В., 1Чернушин С. Ю., 2Черненко Л. М., 3Ляшко В. К., 1Ткачук З. Ю., 1Тукало М. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. Центр громадського здоров'я МОЗ України
    вул. Ярославська, 41, Київ, Україна, 04071
  3. Міністерство охорони здоров’я України
    вул. Грушевського, 7, Київ, Україна 01601

Abstract

Мета. Виявити та охарактеризувати штами SARS-CoV-2, зібрані під час нової хвилі спалаху COVID-19 в Івано-Франківській області України, використовуючи повногеномне генотипування вірусу. Методи. Секвенування нового покоління вірусного геному проводили на тотальній РНК, виділеній з мазків носоглотки 19 пацієнтів, за допомогою системи IonGeneStudioS5Plus. Результати. Всі ідентифіковані генотипи SARS-CoV-2 були віднесені до класу 20I/501Y.V1, варіант VUI202012/01GRY (штам В.1.1.7). В аналізованих варіантах вірусу було виявлено сорок сім різних мутацій. Окрім місенс-мутацій, характерних для засновника 20I/501Y.V1, було виявлено кілька унікальних змін, у тому числі в S- та N-білках SARS-CoV-2, які можуть мати клінічну та епідеміологічну значимість. Висновки. Сучасна хвиля спалаху COVID-19 в Україні пов’язана не тільки із сезонними коливаннями передачі вірусу, але і з появою більш агресивних вірулентних варіантів, таких як B.1.1.7, який в основному витіснив попередні штами і здатен уражувати більш молоде населення.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Awadasseid A, Wu Y, Tanaka Y, Zhang W. SARS-CoV-2 variants evolved during the early stage of the pandemic and effects of mutations on adaptation in Wuhan populations. Int J Biol Sci. 2021;17(1):97-106.
[2] Giovanetti M, Benedetti F, Campisi G, Ciccozzi A, Fabris S, Ceccarelli G, Tambone V, Caruso A, Angeletti S, Zella D, Ciccozzi M. Evolution patterns of SARS-CoV-2: Snapshot on its genome variants. Biochem Biophys Res Commun. 2021;538:88-91.
[3] Danchin A, Timmis K. SARS-CoV-2 variants: Relevance for symptom granularity, epidemiology, immunity (herd, vaccines), virus origin and containment? Environ Microbiol. 2020;22(6):2001-2006.
[4] Dos Santos WG. Impact of virus genetic variability and host immunity for the success of COVID-19 vaccines. Biomed Pharmacother. 2021;136:111272.
[5] Amanat F, Krammer F. SARS-CoV-2 Vaccines: Status Report. Immunity. 2020;52(4):583-589.
[6] Liu Y, Liu J, Plante KS, Plante JA, Xie X, Zhang X, Ku Z, An Z, Scharton D, Schindewolf C, Menachery VD, Shi PY, Weaver SC. The N501Y spike substitution enhances SARS-CoV-2 transmission. bioRxiv [Preprint]. 2021 Mar 9:2021.03.08.434499. 33758836;