Biopolym. Cell. 2020; 36(1):14-22.
Геноміка, транскриптоміка та протеоміка
Надзвичайна різноманітність сімейств коротких ретропозонів (SINE) у ланцетника Branchiostoma belcheri
- Інститут молекулярної біології ім. В. А. Енгельгардта РАН
вул. Вавилова, 32, Москва, Російська Федерація, 119991
Abstract
Короткі ретропозони (SINE)– важливі компоненти геному вищих еукаріот. Зазвичай в геномах є одне або кілька сімейств коротких ретропозонів. Мета. Пошук і аналіз SINE в геномі азіатського ланцетника (Branchistoma belcheri). Методи. Власні і стандартні методи комп'ютерного аналізу послідовностей. Результати. Було виявлено та проаналізовано 18 сімейств SINE B. belcheri. Висновки. Аналіз генома B. belcheri продемонстрував їх надзвичайна різноманітність. Обговорюється зв'язок великого числа сімейств коротких і довгих ретротранспозонов (LINE) ланцетників в зв'язку з особливостями геномів хордових.
Keywords: Короткі ретропозони, Branchistoma belcheri, ретротранспозони
Повний текст: (PDF, англійською)
References
[1]
Huang S, Chen Z, Yan X, Yu T, Huang G, Yan Q, Pontarotti PA, Zhao H, Li J, Yang P, Wang R, Li R, Tao X, Deng T, Wang Y, Li G, Zhang Q, Zhou S, You L, Yuan S, Fu Y, Wu F, Dong M, Chen S, Xu A. Decelerated genome evolution in modern vertebrates revealed by analysis of multiple lancelet genomes. Nat Commun. 2014;5:5896.
[2]
Vassetzky NS, Kramerov DA. SINEBase: a database and tool for SINE analysis. Nucleic Acids Res. 2013;41(Database issue):D83-9.
[3]
Kramerov DA, Vassetzky NS. Origin and evolution of SINEs in eukaryotic genomes. Heredity (Edinb). 2011;107(6):487-95.
[4]
Nishihara H, Smit AF, Okada N. Functional noncoding sequences derived from SINEs in the mammalian genome. Genome Res. 2006;16(7):864-74.
[5]
Bao W, Kojima KK, Kohany O. Repbase Update, a database of repetitive elements in eukaryotic genomes. Mob DNA. 2015;6:11.
[6]
Cañestro C, Albalat R. Transposon diversity is higher in amphioxus than in vertebrates: functional and evolutionary inferences. Brief Funct Genomics. 2012;11(2):131-41.
[7]
Holland LZ. A SINE in the genome of the cephalochordate amphioxus is an Alu element. Int J Biol Sci. 2006;2(2):61-5.
[8]
Putnam NH, Butts T, Ferrier DE, Furlong RF, Hellsten U, Kawashima T, Robinson-Rechavi M, Shoguchi E, Terry A, Yu JK, Benito-Gutiérrez EL, Dubchak I, Garcia-Fernàndez J, Gibson-Brown JJ, Grigoriev IV, Horton AC, de Jong PJ, Jurka J, Kapitonov VV, Kohara Y, Kuroki Y, Lindquist E, Lucas S, Osoegawa K, Pennacchio LA, Salamov AA, Satou Y, Sauka-Spengler T, Schmutz J, Shin-I T, Toyoda A, Bronner-Fraser M, Fujiyama A, Holland LZ, Holland PW, Satoh N, Rokhsar DS. The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype. Nature. 2008;453(7198):1064-71.
[9]
Li ZB, Huang YS, Shangguan JB, Ning YF, Yi Y, Dai G. Isolation and characterization of microsatellite loci in Branchiostoma belcheri Gray (Amphioxus). Genet Mol Res. 2015;14(3):10224-7.
[10]
You L, Chi J, Huang S, Yu T, Huang G, Feng Y, Sang X, Gao X, Li T, Yue Z, Liu A, Chen S, Xu A. LanceletDB: an integrated genome database for lancelet, comparing domain types and combination in orthologues among lancelet and other species. Database (Oxford). 2019;2019. pii: baz056.
[11]
Yamada KD, Tomii K, Katoh K. Application of the MAFFT sequence alignment program to large data-reexamination of the usefulness of chained guide trees. Bioinformatics. 2016;32(21):3246-3251.
[12]
Nicholas KB, Nicholas HBJ. GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence alignment. 1997
[13]
Eddy SR. SQUID-C function library for sequence analysis. 2008
[14]
Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite. Trends Genet. 2000;16(6):276-7.
[15]
Kramerov DA, Vassetzky NS. Short retroposons in eukaryotic genomes. Int Rev Cytol. 2005;247:165-221.
[17]
Albalat R, Martí-Solans J, Cañestro C. DNA methylation in amphioxus: from ancestral functions to new roles in vertebrates. Brief Funct Genomics. 2012;11(2):142-55.
