Biopolym. Cell. 2019; 35(6):486-494.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000A1B
Віруси та клітина
Молекулярна характеристика штамів вірусу епідемічної діареї свиней, ізольованиху різних регіонах України
1Масюк Д. М., 1Глебенюк В. В., 1Кокарєв А. В., 1Василенко Т. О.
  1. Дніпровський державний аграрно-економічний університет
    Вул. Сергія Єфремова, 25, Дніпро, Україна, 49600

Abstract

Мета. Вивчення молекулярних характеристик штамів вірусу ЕДС, ізольованих у різних регіонах України. Методи. Виявлення та диференціацію вірусу ЕДС у біологічному матеріалі здійснювали методом ПЛР за допомогою тест-системи EZ-RED/TGE/PDCoV MPX 1.0 Realtime RT-PCR фірми Tetracore (США). Для порівняльного генотипування штамів вірусу ЕДС проведено повне секвенування гену S. Результати. Було підтверджено діагноз на ЕДС у досліджених свинарських господарствах. У результаті секвенування встановлено, що штами ЕДС, ізольовані в різних регіонах України мають високу(99 %) ідентичність зі штамами з Північної Америки 2013-2014 рр. та Китаю 2011-2012 рр. і низьку (90 %) – зі штамами, циркулюючими в Європі до 1995 г. Штам PEDv_Cherkasy_UA_17 кластеризовано до групи 2 (спорідненої китайському штаму BJ-2011-1) у північноамериканській кладі II вірусу ЕДС. Показано, що український штам вірусу ЕДС філогенетично кластеризовано разом з високо вірулентними північноамериканськими штамами ЕДС, однак відрізнявся від штамів, що циркулюють у різних країнах Європи. Висновки. Штами вірусу ЕДС, виділені у різних регіонах України мають високий (>99,5 %) ступінь гомологічності та філогенетично кластеризуються разом з високовірулентними північноамериканськими штамами вірусу ЕДС.
Keywords: діагностика, ПЛР, S ген, філогенетичний аналіз, вірулентність
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 1990;215(3):403-10.
[2] Brnić D, Šimić I, Lojkić I, Krešić N, Jungić A, Balić D, Lolić M, Knežević D, Hengl B. The emergence of porcine epidemic diarrhoea in Croatia: molecular characterization and serology. BMC Vet Res. 2019; 15:249
[3] Dastjerdi A, Carr J, Ellis RJ, Steinbach F, Williamson S. Porcine Epidemic Diarrhea Virus among Farmed Pigs, Ukraine. Emerg Infect Dis. 2015;21(12):2235-7.
[4] Hanke D, Jenckel M, Petrov A, Ritzmann M, Stadler J, Akimkin V, Blome S, Pohlmann A, Schirrmeier H, Beer M, Höper D. Comparison of porcine epidemic diarrhea viruses from Germany and the United States, 2014. Emerg Infect Dis. 2015;21(3):493-6.
[5] Huang YW, Dickerman AW, Piñeyro P, Li L, Fang L, Kiehne R, Opriessnig T, Meng XJ. Origin, evolution, and genotyping of emergent porcine epidemic diarrhea virus strains in the United States. MBio. 2013;4(5):e00737-13.
[6] Lee DK, Park CK, Kim SH, Lee C. Heterogeneity in spike protein genes of porcine epidemic diarrhea viruses isolated in Korea. Virus Res. 2010;149(2):175-82.
[7] Li W, Li H, Liu Y, Pan Y, Deng F, Song Y, Tang X, He Q. New variants of porcine epidemic diarrhea virus, China, 2011. Emerg Infect Dis. 2012;18(8):1350-3.
[8] Masiuk DM, Sosnitsky OI, Nedzvetsky VS, Kokarev AV, Koliada SG. Epidemiology, etiology and gene analysis of spike S protein of porcine epidemic diarrhea virus infection in Ukraine during 2016–2017. Reg Mech Biosyst. 2017; 8(4): 602–10.
[9] Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M; UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012;28(8):1166-7.
[10] Paarlberg P. Updated estimated economic welfare impacts of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). Dept. Of Agricultural Economics. 2014;10(14):2038.
[11] Park SJ, Song DS, Ha GW, Park BK. Cloning and further sequence analysis of the spike gene of attenuated porcine epidemic diarrhea virus DR13. Virus Genes. 2007;35(1):55-64.
[12] Puranaveja S, Poolperm P, Lertwatcharasarakul P, Kesdaengsakonwut S, Boonsoongnern A, Urairong K, Kitikoon P, Choojai P, Kedkovid R, Teankum K, Thanawongnuwech R. Chinese-like strain of porcine epidemic diarrhea virus, Thailand. Emerg Infect Dis. 2009;15(7):1112-5.
[13] Edgar RC. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004;32(5):1792-7.
[14] Steinrigl A, Fernández SR, Stoiber F, Pikalo J, Sattler T, Schmoll F. First detection, clinical presentation and phylogenetic characterization of Porcine epidemic diarrhea virus in Austria. BMC Vet Res. 2015;11:310.
[15] Stevenson GW, Hoang H, Schwartz KJ, Burrough ER, Sun D, Madson D, Cooper VL, Pillatzki A, Gauger P, Schmitt BJ, Koster LG, Killian ML, Yoon KJ. Emergence of Porcine epidemic diarrhea virus in the United States: clinical signs, lesions, and viral genomic sequences. J Vet Diagn Invest. 2013;25(5):649-54.
[16] Valkó A, Biksi I, Cságola A, Tuboly T, Kiss K, Ursu K, Dán Á. Porcine epidemic diarrhoea virus with a recombinant S gene detected in Hungary, 2016. Acta Vet Hung. 2017;65(2):253-261.