Biopolym. Cell. 2019; 35(5):333-339.
Молекулярна Біомедицина
Панель STR-маркерів для аналізу зчеплення та CNV хромосомної ділянки 6p21.31
1Грищенко Н. В., 2Кіріченкова О. П., 1Гордіюк В. В., 1Кравченко С. А., 1, 3Кашуба В. І.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
  3. Каролінський інститут
    Стокгольм SE-171 77, Швеція
Мета. Створення панелі інформативних STR-маркерів локусу HLA для аналізу геномних перебудов при різних типах злоякісних пухлин, а також для вибору HLA-сумісного спорідненого донора для алогенних трансплантацій. Методи. Попередній скринінг шести передбачуваних STR-маркерів, розташованих в проксимальному, центральному та дистальному відділах хромосомної області HLA (6p21.31), проводили за допомогою електрофорезу ПЛР-фрагментів в агарозному гелі. Точне генотипування найбільш перспективних STR-маркерів проводилося шляхом електрофоретичного фракціонування ПЛР-фрагментів в поліакриламідному гелі на автоматичному лазерному аналізаторі. Результати. На підставі отриманих результатів відібрано три STR-локуса з найвищими індексами гетерозиготности (ІГ): D6S2678 – HLA класу I (ІГ = 91,4 %), DQIV – класу II (ІГ = 62,8 %) і D6S2925 – класуIII ( ІГ = 74,3 %) в якості потенційних маркерів для дослідження внутрісімейного зчеплення і аналізу CNV. Висновки. Продемонстровано, що обрана панель маркерів дозволяє ефективно вирішувати обидва завдання: виявлення соматичних реорганізацій в різних ділянках локусу HLA в зразках пухлин і визначення HLA-гаплотипу для вибору підходящого родинного донора для трансплантації.