Biopolym. Cell. 2018; 34(5):400-408.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000986
Віруси та клітина
Молекулярно-генетичний та філогенетичний аналіз гену гемаглютиніну вірусів грипу
1, 2Смутько О. Ю., 2Радченко Л. В., 2Фесенко А. Ю., 2Голубка О. С., 1Будзанівська І. Г., 2Міроненко А. П.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
  2. ДУ «Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського НАМН України»
    вул. Амосова, 5, Київ, Україна, 03038

Abstract

Мета. провести філогенетичний та молекулярно-генетичний аналіз генів НА вірусів грипу, що циркулювали на території України протягом епідемічного сезону 2016–2017 років та порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Зразки (назофаригіальні змиви від паціентів) були проаналізовані методом полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі (ЗТ-ПЛР). Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA7. 3D структури будували в програмі Chimera 1.11.2rc. Результати. Українські ізоляти мали заміни в антигенних сайтах, що виникли в попердніх сезонах та епідемічному сезоні 2016–2017 років і не виявлялись раніше, які можуть мати вплив на антигенні властивості вірусу. Не дивлячись на це, віруси грипу A(H3N2) та B/Victoria зберегли подібність до вакцинних штамів. Для вірусів грипу A(H1N1)pdm09 була показана вища подібність до вакцинного штаму, рекомендованого на епідемічний сезон 2017–2018 років. Висновки. В епідемічному сезоні 2016-2017 років всі віруси грипу – A(H3N2), A(H1N1)pdm09 та B/Victoria набули значну кількість унікальних амінокислотних заміщень в гені гемаглютиніну. Результати цього дослідження підтверджують постійну генетичну мінливість циркулюючих вірусів сезонного грипу та необхідність постійного систематичного антигенного та молекулярного нагляду.
Keywords: віруси грипу, гемаглютинін, антигенний сайт, мутації.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] ECDC working group on influenza A(H1N1)v. Preliminary analysis of influenza A(H1N1)v individual and aggregated case reports from EU and EFTA countries. Euro Surveill. 2009;14(23):19238.
[2] Antón A, Pozo F, Niubó J, Casas I, Pumarola T. Influenza A(H1N1)pdm09 virus: viral characteristics and genetic evolution. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012;30 Suppl 4:10-7.
[3] Igarashi M, Ito K, Yoshida R, Tomabechi D, Kida H, Takada A. Predicting the antigenic structure of the pandemic (H1N1) 2009 influenza virus hemagglutinin. PLoS One. 2010;5(1):e8553.
[4] Ann J, Papenburg J, Bouhy X, Rhéaume C, Hamelin MÈ, Boivin G. Molecular and antigenic evolution of human influenza A/H3N2 viruses in Quebec, Canada, 2009-2011. J Clin Virol. 2012;53(1):88-92.
[5] Korsun N, Angelova S, Gregory V, Daniels R, Georgieva I, McCauley J. Antigenic and genetic characterization of influenza viruses circulating in Bulgaria during the 2015/2016 season. Infect Genet Evol. 2017;49:241-250.
[6] Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol. 2016;33(7):1870-4.
[7] Mironenko AP, Holubka OS, Smutro OY, Radchenko LV, Fesenko AY. The Results of the Influenza Epidemic Season in Ukraine in 2016-2017 and forecast for the next season 2017-2018. Klin Immunol Allergol Infectol. 2017; 5(102):5-8.
[8] Lee HK, Tang JW, Kong DH, Loh TP, Chiang DK, Lam TT, Koay ES. Comparison of mutation patterns in full-genome A/H3N2 influenza sequences obtained directly from clinical samples and the same samples after a single MDCK passage. PLoS One. 2013;8(11):e79252.
[9] World Health Organization. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2016 southern hemisphere influenza season. Weekly Epidemiological Record. 2015; 90,(41):545-60.
[10] Koel BF, Mögling R, Chutinimitkul S, Fraaij PL, Burke DF, van der Vliet S, de Wit E, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, Smith DJ, Fouchier RA, de Graaf M. Identification of amino acid substitutions supporting antigenic change of influenza A(H1N1)pdm09 viruses. J Virol. 2015;89(7):3763-75.
[11] Ramadhany R, Yasugi M, Nakamura S, Daidoji T, Watanabe Y, Takahashi K, Ikuta K, Nakaya T. Tropism of Pandemic 2009 H1N1 Influenza a Virus. Front Microbiol. 2012;3:128.