Biopolym. Cell. 2018; 34(1):41-48.
Віруси та клітина
Генетична характеристика ізолятів цирковірусу свиней 2 типу (ЦВС-2), детектованих від диких кабанів з різних регіонів України
- Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
Київського національного університету імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
Abstract
Цирковірус свиней 2 типу є надзвичайно розповсюдженим у всьому світі вірусом серед свиней в умовах промислового вирощування. Ураження вірусом призводить до імуносупресивного стану тварин та високої смертності. З огляду на велику різноманітність штамів ЦВС-2 у світі, та відмінність між штамами, розповсюдженими в дикій природі та на фермах, необхідною є характеристика польових ізолятів, виявлених в Україні серед диких кабанів. Мета. Охарактеризувати та диференціювати ізоляти ЦВС-2, виділені від диких кабанів з різних регіонів України. Методи. Філогенентичний аналіз. Результати. Показано, що ізоляти з Чернігівської, Запорізької, Черкаської та Харківської областей належать до різних субгруп ЦВС-2 та мають різне походження. Крім того, встановлено досить високий рівень їхньої подібності з ізолятами з Хорватії та Бразилії. Водночас, показано подібність ізолятів, виділених від диких кабанів із Запорізької та Чернігівської областей з такими, що були виділені від свиней з промислових господарств. Висновки.
Keywords: цирковірус свиней 2 типу, дикі кабани, філогенетичний аналіз, генетичне різноманіття.
Повний текст: (PDF, англійською)
References
[1]
Meng XJ. Porcine circovirus type 2 (PCV2): pathogenesis and interaction with the immune system. Annu Rev Anim Biosci. 2013;1:43-64.
[2]
Segalés J, Allan GM, Domingo M. Porcine circovirus diseases. Anim Health Res Rev. 2005;6(2):119-42.
[3]
Opriessnig T, Meng XJ, Halbur PG. Porcine circovirus type 2 associated disease: update on current terminology, clinical manifestations, pathogenesis, diagnosis, and intervention strategies. J Vet Diagn Invest. 2007;19(6):591-615.
[4]
Cheung AK. Porcine circovirus: transcription and DNA replication. Virus Res. 2012;164(1-2):46-53.
[5]
Timmusk S, Wallgren P, Brunborg IM, Wikström FH, Allan G, Meehan B, McMenamy M, McNeilly F, Fuxler L, Belák K, Põdersoo D, Saar T, Berg M, Fossum C. Phylogenetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) pre- and post-epizootic postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS). Virus Genes. 2008;36(3):509-20. PubMed PMID: 18343985.
[6]
Guo LJ, Lu YH, Wei YW, Huang LP, Liu CM. Porcine circovirus type 2 (PCV2): genetic variation and newly emerging genotypes in China. Virol J. 2010;7:273.
[7]
Kim HK, Luo Y, Moon HJ, Park SJ, Keum HO, Rho S, Park BK. Phylogenetic and recombination analysis of genomic sequences of PCV2 isolated in Korea. Virus Genes. 2009;39(3):352-8.
[8]
Franzo G, Tucciarone CM, Cecchinato M, Drigo M. Porcine circovirus type 2 (PCV2) evolution before and after the vaccination introduction: A large scale epidemiological study. Sci Rep. 2016;6:39458.
[9]
Jones DT, Taylor WR, Thornton JM. The rapid generation of mutation data matrices from protein sequences. Comput Appl Biosci. 1992;8(3):275-82.
[10]
Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-9.
[11]
KKimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol. 1980;16(2):111-20.
[12]
Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 1987;4(4):406-25.
[13]
Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution. 1985;39(4):783-791.
[14]
Grau-Roma L, Crisci E, Sibila M, López-Soria S, Nofrarias M, Cortey M, Fraile L, Olvera A, Segalés J. A proposal on porcine circovirus type 2 (PCV2) genotype definition and their relation with postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) occurrence. Vet Microbiol. 2008;128(1-2):23-35.
[15]
Olvera A, Cortey M, Segalés J. Molecular evolution of porcine circovirus type 2 genomes: phylogeny and clonality. Virology. 2007;357(2):175-85.
[16]
Cheung AK, Lager KM, Kohutyuk OI, Vincent AL, Henry SC, Baker RB, Rowland RR, Dunham AG. Detection of two porcine circovirus type 2 genotypic groups in United States swine herds. Arch Virol. 2007;152(5):1035-44.
[17]
Li W, Wang X, Ma T, Feng Z, Li Y, Jiang P. Genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains isolated between 2001 and 2009: genotype PCV2b predominate in postweaning multisystemic wasting syndrome occurrences in eastern China. Virus Genes. 2010;40(2):244-51.
[18]
Trible BR, Rowland RR. Genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) and its relevance to vaccination, pathogenesis and diagnosis. Virus Res. 2012;164(1-2):68-77.
