Biopolym. Cell. 2017; 33(6):442-452.
Біоінформатика
Розробка бази даних генної експресії плаценти людини в умовах прееклампсії
1Лихенко А., 1Фролова А., 1Оболенська М. Ю.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
Публікація «сирих» результатів у відкритих репозиторіях надає можливість поєднати дані декількох експе-риментів для інтегративного аналізу, який сприятиме підвищенню статистичної значущості висновків, а відтак і кращому розумінню біологічних явищ. Однак, оскільки дані у відкритих репозиторіях були завантажені незалеж-ними дослідниками за відсутності єдиних стандартів, то назви характеристик зразків (атрибути) виявилися не уні-фікованими, часто неповними та потребують додаткової обробки, перш ніж інтеграція стане можливою. Мета. Розробити спеціалізовану базу даних генної експресії в плаценті людини в умовах прееклампсії як причини високої захворюваності та смертності по всьому світу за невідомої етіології захворювання та його патогенезу. Методи. Метадані експериментів та біологічних зразків були автоматично завантажені з ArrayExpress за допомо-гою Bioservices. Відсутні дані були отримані з бази NCBI, а також із текстів відповідних статей та внаслідок спіл-кування з авторами статей. Метадані були стандартизовані за допомогою словника MeSH та Experimental Factor Ontology. Результати. База даних з більш як 1000 зразків плаценти в нормі та за умов прееклампсії була розроблена і доповнена метаданими, які включають характеристику біологічних зразків, клінічний діагноз, вік жінки, стать плоду, характеристику пологів та інші допоміжні ознаки зразків. Висновки. Біологічні зразки розробленої бази даних охарактеризовані максимально можливою кількістю метаданих, що дозволяє створювати різні групи порів-няння профілів генної експресії. Об’єднання профілів генної експресії (інтеграція) різних зразків на підставі ідентичності метаданих з наступним аналізом об’єднаних даних підвищить статистичну значущість висновків в порівнянні з аналізом результатів окремо взятих дослідів.
Keywords: генетичні бази даних, плацента, прееклампсія, мікромасив олігонуклеотидів, аналіз послідовностей, дані мікоромасивів.