Biopolym. Cell. 2017; 33(3):214-220.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000954
Молекулярна та клітинна біотехнології
Отримання рекомбінантного аналога Y-бокс-зв’язуючого білка 1 і його взаємодію з полі (АДФ-рибозою), РНК, одно- і дволанцюговою ДНК
1Алемасова Є. Є., 1, 2Науменко К. Н., 1Пестряков П. Є., 1, 2Лаврик О. І.
  1. Інститут хімичної біології і фундаментальної медицини СО РАН
    пр. ак. Лаврентьєва, 8, Новосибірськ, Російська Федерація, 630090
  2. Новосибірський державний університет
    вул. Пирогова, 2, Новосибірськ, Російська Федерація, 630090

Abstract

Мета. Отримання рекомбінантного гістидин-міченого Y-бокс-зв’язуючий білрк 1 і дослідження його взаємодії з ДНК, РНК та полі (АДФ-рибозою). Методи. Безлігазне клонування, ПЛР, секвенування по Сенгеру, хроматогра-фія, електрофорез в поліакриламідному гелі та метод затримки в гелі. Результати. кДНК YB-1 містить дві раніше недокументовані поодинокі нуклеотидні заміни. Сконструйовано вектор для експресії гистидин-міченого білка YB-1 і розроблена відповідна методика очищення білка. Методом затримки в гелі показано, що полі (АДФ-рибоза) конкурує з одно- і дволанцюговою ДНК, а також РНК, за зв›язування ре-комбінантного гістидин-міченого білка YB-1. Висновки. У цій роботі ми розробили та оптимізували процедуру отримання рекомбінантного білка YB-1 з бактеріальних клітин. Ми встановили, що полі (АДФ-рибоза) у високій концентрації здатна витісняти білок YB-1 з його комплексів з ДНК і РНК, що вказує на можливість участі YB-1 в репарації ДНК.
Keywords: YB-1, отримання рекомбінантного білка, поли (АДФ-рибоза) (PAR), репарація ДНК
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Lyabin DN, Eliseeva IA, Ovchinnikov LP. YB-1 protein: functions and regulation. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2014; 5(1): 95–110.
[2] D'Amours D, Desnoyers S, D'Silva I, Poirier GG. Poly(ADP-ribosylation reactions in the regulation of nuclear functions. Biochem J. 1999; 342(Pt 2): 249–68.
[3] Muthurajan UM, Hepler MR, Hieb AR, Clark NJ, Kramer M, Yao T, Luger K. Automodification switches PARP-1 function from chromatin architectural protein to histone chaperone. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014; 111(35):12752–57.
[4] Rulten SL, Rotheray A, Green RL, Grundy GJ, Moore DA, Gómez-Herreros F, Hafezparast M, Caldecott KW. PARP-1 dependent recruitment of the amyotrophic lateral sclerosis-associated protein FUS/TLS to sites of oxida-tive DNA damage. Nucleic Acids Res. 2014; 42(1): 307–14.
[5] Teloni F, Altmeyer M. Readers of poly(ADP-ribose): designed to be fit for purpose. Nucleic Acids Res. 2016; 44(3): 993–1006.
[6] Kretov DA, Curmi PA, Hamon L, Abrakhi S, Desforges B, Ovchinnikov LP, Pastré D. mRNA and DNA selection via protein multimerization: YB-1 as a case study. Nucleic Acids Res. 2015; 43(19):9457–73.
[7] Studier FW. Stable expression clones and auto-induction for protein production in E. coli. Methods Mol Biol. 2014; 1091:17–32.
[8] Alemasova EE, Moor NA, Naumenko KN, Kutuzov MM, Sukhanova MV, Pestryakov PE, Lavrik OI. Y-box-binding protein 1 as a non-canonical factor of base excision repair. Biochim Biophys Acta. 2016; 1864(12):1631–40.