Biopolym. Cell. 2015; 31(3):226-232.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008E4
Віруси та клітина
Філогенетичний аналіз вірусів грипу А(H3N2), що циркулювали в Житомирській області протягом епідемічного сезону 2013–2014рр.
1, 2Бояльська О. Г., 3Киричук І. М., 1Будзанівська І. Г., 4Міроненко А. П., 4Радченко Л. В., 1Смутько О. Ю.
  1. Навчально-науковий центр «Інститут біології»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
  2. ДУ «Житомирський обласний лабораторний центр Держсанепідслужби України»
    вул. Велика Бердичівська, 64, Житомир, Україна, 10002
  3. Головне управління Держсанепідслужби України в Житомирській області
    вул. Велика Бердичівська, 64, Житомир, Україна, 10002
  4. ДУ "Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського НАМН України"
    вул. М. Амосова, 5, Київ, Україна, 03680

Abstract

Мета. Зробити філогенетичний аналіз генів гемаглютиніну (HA) і нейрамінідази (NA) вірусів грипу А(H3N2), що були поширені в Житомирській області під час епідемічного сезону 2013–2014рр. і порівняти їх з тими, що циркулювали в світі. Методи. Лабораторну діагностику здійснювали за допомогою ПЛР у реальному часі (real-time RT-PCR). Було проведено секвенування та філогенетичний аналіз. Результати. В епідемічному сезоні 2013–2014 рр. вперше було зроблено секвенування генів НА та NA вірусів грипу А(H3N2), виділених з клінічного матеріалу хворих з Житомирської області та в подальшому увійшли до бази даних вірусів грипу з усього світу (GISAID). Висновки. Житомирські ізоляти розташувались поряд з українським ізолятом з Харкова, а серед світових поряд з ізолятами з Німеччини, Румунії, Італії. В послідовностях генів гемаглютиніну було виявлено заміщення I214T. Виділені нами ізоляти в епідемічному сезоні 2013–2014рр. мали високу генетичну спорідненість (99 %) до вірусів, що знаходяться в групі на філогенетичному дереві, тому що мають синонімічне заміщення. Житомирські ізоляти розташувались у домінуючій групі в світі 3С групи 3 генетичного кластеру A/Vic­toria/208 і були подібними до вакцинного штаму A/Texas/ 50/2012. В послідовностях генів нейрамінідази суттєвих заміщень виявлено не було. Житомирські ізоляти, як і багато українських та світових ізолятів виявились подібними до референс-штаму A/AthensGR/112/2012, ніж до більш нових референс-вірусів.
Keywords: віруси грипу A(H3N2), філогенетичний аналіз, епідемічний сезон, мутації.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Boyalska O, Kyrychuk I, Shpyta O, Boyko A. Dynamics of flue morbidity among the population of Zhytomyr region. Agroecologichnyy Zhurnal. 2014; 4:106–9.
[2] Campa A, Quattrocchi M, Guido M, Gabutti G, Germinario C, De Donno A, Group TI. Ten-year (1999-2009) epidemiological and virological surveillance of influenza in South Italy (Apulia). Influenza Res Treat. 2010;2010:642492.
[3] Zhang S, Chen JY, Rao J, Zhang S, Wai Chan DWT, Liu G, Xu Y, He M. Genetic variation analysis of hemagglutinin and neuraminidase of human influenza A(H3N2) virus in Hong Kong (1997–2006). Afr J Microbiol Res. 2014; 8(18): 1863–93.
[4] Rickert JD, Herpy TA, Zhong H, Lu G. Computational analysis of adaptive antigenic mutations of the human influenza hemagglutinin for vaccine strain selection. Int J Bioinform Res Appl. 2012;8(1-2):81-98.
[5] Stray SJ, Pittman LB. Subtype- and antigenic site-specific differences in biophysical influences on evolution of influenza virus hemagglutinin. Virol J. 2012;9:91.
[6] Escalera-Zamudio M, Nelson MI, Cobi?n G?emes AG, L?­pez-Mart?nez I, Cruz-Ortiz N, Iguala-Vidales M, Garc?a ER, Barrera-Badillo G, D?az-Qui?onez JA, L?pez S, Arias CF, Isa P; Members of Colegio de Pediatr?a del Estado de Ve­ra­cruz. Molecular epidemiology of influenza A. H3N2 viruses circulating in Mexico from 2003 to 2012. PLoS One. 2014; 9(7):e102453.
[7] Zhong J, Liang L, Huang P, Zhu X, Zou L, Yu S, Zhang X, Zhang Y, Ni H, Yan J. Genetic mutations in influenza H3N2 viruses from a 2012 epidemic in Southern China. Virol J. 2013;10:345.
[8] Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, McCauley JW, Russell CA, Smith DJ, Rambaut A. Integrating influenza antigenic dynamics with molecular evolution. Elife. 2014;3:e01914.
[9] DE Donno A, Idolo A, Quattrocchi M, Zizza A, Gabutti G, Romano A, Grima P, Donatelli I, Guido M. Surveillance of human influenza A(H3N2) virus from 1999 to 2009 in southern Italy. Epidemiol Infect. 2014;142(5):933-9.
[10] WHO Global Influenza Surveillance Network Manual for the laboratory diagnosis and virologic al surveillance of influenza. 2011; 153 p.
[11] Boyalska OG, Kyrychuk IM, Mironenko AP, Radchenko LV. Virological influenza and other ARVI surveillance in the Zhytomyr Region. Visnyk Problem Biologii ta Meditsyny. 2015; 3(120)(2):95–100.
[12] World Health Organization (WHO). CDC protocol of real­time RT-PCR for influenza H1N1. World Health Orga­ni­za­tion, Geneva, Switzerland. 30 April 2009.
[13] Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-9.
[14] Eshaghi A, Duvvuri VR, Li A, Patel SN, Bastien N, Li Y, Low DE, Gubbay JB. Genetic characterization of seasonal influenza A (H3N2) viruses in Ontario during 2010-2011 influenza season: high prevalence of mutations at antigenic sites. Influenza Other Respir Viruses. 2014;8(2):250-7.
[15] Report prepared for the WHO annual consultation on the composition of influenza vaccine for the Southern He­mis­p­here 2015 (22nd–24th September 2014). WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Influenza National Institute for Medical Research The Ridgeway Mill Hill London, NW7 1AA. 2014; 38–85.