Перше повідомлення про детекцію ізолятів підгрупи IB вірусу огіркової мозаїки в Україні

Шевченко, Т. П.; Тимчишин, О. В.; Аль Далаін, Е.; Бисов, А. С.; Будзанівська, І. Г.; Шевченко, О. В.; Поліщук, В. П.

doi:10.7124/bc.0008CD

Biopolym. Cell. 2015; 31(1):57-62.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.0008CD

Віруси та клітина

Перше повідомлення про детекцію ізолятів підгрупи IB вірусу огіркової мозаїки в Україні

1Шевченко Т. П., 1Тимчишин О. В., 1Аль Далаін Е., 1Бисов А. С., 1Будзанівська І. Г., 1Шевченко О. В., 1Поліщук В. П.

Навчально-науковий центр «Інститут біології»
Київського національного університету імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Встановлення штамової приналежності українських ізолятів вірусу огіркової мозаїки (ВОМ) на основі філогенетичного аналізу фрагмента послідовності гена капсидного білка. Методи. Імуноферментний аналіз (ІФА), полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією (ЗТ-ПЛР), сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. ВОМ є широко розповсюдженим патогеном сільськогосподарських культур в Україні. Були відібрані й проаналізовані зразки рослин з вірусоподібними симптомами представників родин Cucurbitaceae і Solanaceae. Виходячи з результатів візуальної та серологічної діагностики, два зразки Lycopersicon esculentum і Cucurbita pepo з Полтавської області були обрані для подальших молекулярних досліджень. Були ампліфіковані й сиквеновані часткові послідовності гена капсидного білка. Отримані послідовності кДНК гена капсидного білка цих ізолятів порівняли з опублікованими в Генбанку послідовностями штамів ВОМ різних підгруп. Найбільша гомологія українських ізолятів продемонстрована зі штамами ВОМ підгрупи ІВ. Найбільш спорідненими до українських ізолятів виявилися штам АВІ з Кореї та штам SD з Китаю. Висновки. Спираючись на результати філогенетичного аналізу, можна стверджувати, що детектовані українські ізоляти вірусу огіркової мозаїки належать до групи ІВ. Наші результати є першим повідомленням про наявність ізолятів ВОМ підгрупи ІВ на території України.

Keywords: Вірус огіркової мозаїки, ген капсидного білку, філогенетичний аналіз

Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Arafati N, Farzadfar S, Pourrahim R. Characterization of coat protein gene of Cucumber mosaic virus isolates in Iran. Iran J Biotech. 2013;11(2):109-14.

[2] Roossinck MJ. Evolutionary history of Cucumber mosaic virus deduced by phylogenetic analyses. J Virol. 2002;76(7):3382-7.

[3] Palukaitis P, Garc?a-Arenal F. Cucumoviruses. Adv Virus Res. 2003;62:241-323.

[4] Brigneti G, Voinnet O, Li WX, Ji LH, Ding SW, Baulcombe DC. Viral pathogenicity determinants are suppressors of transgene silencing in Nicotiana benthamiana. EMBO J. 1998;17(22):6739-46.

[5] Ng JC, Perry KL. Transmission of plant viruses by aphid vectors. Mol Plant Pathol. 2004;5(5):505-11.

[6] Suzuki M, Kuwata S, Masuta C, Takanami Y. Point mutations in the coat protein of cucumber mosaic virus affect symptom expression and virion accumulation in tobacco. J Gen Virol. 1995;76 ( Pt 7):1791-9.

[7] Palukaitis P, Roossinck MJ, Dietzgen RG, Francki RI. Cucumber mosaic virus. Adv Virus Res. 1992;41:281-348.

[8] Roossinck MJ, Zhang L, Hellwald KH. Rearrangements in the 5' nontranslated region and phylogenetic analyses of cucumber mosaic virus RNA 3 indicate radial evolution of three subgroups. J Virol. 1999;73(8):6752-8.

[9] Sclavounos AP, Voloudakis AE, Arabatzis Ch, Kyriakopoulou PE. A severe hellenic CMV tomato isolate: symptom variability in tobacco, characterization and discrimination of variants. Eur J Plant Pathol. 2006; 115(2): 163–72.

[10] Zitikait? I, Staniulis J, Urbanavi?ien? L, ?i?yt? M. Cucumber mosaic virus identification in pumpkin plants. ?emdirbyst?. 2011; 98(4):421-6.

[11] Crowther JR. ELISA. Theory and practice. Methods Mol Biol. 1995;42:1-218.

[12] Bariana HS, Shannon AL, Chu PW, Waterhouse PM. Detection of five seedborne legume viruses in one sensitive multiplex polymerase chain reaction test. Phytopathology. 1994; 84(10): 1201-5.

[13] Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol. 1980;16(2):111-20.

[14] Kumari R, Bhardwaj P, Singh L, Zaidi AA, Hallan V. Biological and Molecular Characterization of Cucumber mosaic virus Subgroup II Isolate Causing Severe Mosaic in Cucumber. Indian J Virol. 2013;24(1):27-34.

[15] Nematollahi S, Sokhandan-Bashir N, Rakhshandehroo F, Zamanizadeh HR. Phylogenetic analysis of new isolates of Cucumber mosaic virus from Iran on the basis of different genomic regions. Plant Pathol J. 2012; 28(4):381-9.