Biopolym. Cell. 2014; 30(1):42-46.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00087B
Структура та функції біополімерів
Взаємодія Ku80 з апуриновими/апіримідиновими сайтами залежить від структури ДНК
1, 2Косова А. А., 1, 2Ходирєва С. Н., 1, 2Лаврик О. І.
  1. Інститут хімичної біології і фундаментальної медицини СО РАН
    пр. ак. Лаврентьєва, 8, Новосибірськ, Російська Федерація, 630090
  2. Новосибірський державний університет
    вул. Пирогова, 2, Новосибірськ, Російська Федерація, 630090

Abstract

Мета. Ідентифікація білка з екстракту клітин людини, який специфічно взаємодіє з апуриновим/апіримідиновим (AP) сайтом у складі часткового дуплексу ДНК, що містить виступаючі 5'і 3'-кінці та імітує кластерне пошкодження ДНК. Методы. Зшивання білка з AP-ДНК, опосередковане утворенням основи Шиффа, MALDI-TOF мас-спектрометрія, хроматографія і гель-електрофорез. Результаты. Білок клітинних екстрактів людиниа, який формує мажорний ковалентний адукт з AP-ДНК, що містить виступаючі кінці, ідентифіковано як субодиниця Ku80 Ku-антигену методом пептидного картування, заснованого на даних MALDITOF мас-спектрометрії. Показано, що Ku-антиген, виділений з клітин HeLa, формує ковалентні адукти, електрофоретична рухливість яких відповідає рухливості адуктів, утворених білками з клітинних екстрактів. Висновки. Субодиниця Ku80 Ku-антигену може специфічно взаємодіяти з AP-ДНК, формуючи адукти, опосередковані утворенням основи Шиффа, електрофоретична рухливість яких залежить від структури кінців ДНК. Розбіжності в електрофоретичній рухливості можуть обумовлюватися зшиванням AP-ДНК з різними амінокислотними залишками білка, що в свою чергу може відображати різне розташування АP-ДНК у комплексі з Ku-антигеном.
Keywords: Ku-антиген, апуриновий/апіримідиновий сайт, зшивання білок–ДНК, кластерні пошкодження ДНК
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Atamna H, Cheung I, Ames BN. A method for detecting abasic sites in living cells: age-dependent changes in base excision repair. Proc Natl Acad Sci USA. 2000; 97(2):686–91.
[2] McCullough AK, Dodson ML, Lloyd RS. Initiation of base excision repair: glycosylase mechanisms and structures. Annu Rev Biochem. 1999; 68:255–85.
[3] Georgakilas AG, O'Neill P, Stewart RD. Induction and repair of clustered DNA lesions: what do we know so far? Radiat Res. 2013; 180(1):100–9.
[4] Ilina ES, Lavrik OI, Khodyreva SN. Ku antigen interacts with abasic sites. Biochim Biophys Acta. 2008; 1784(11):1777–85.
[5] Khodyreva SN, Prasad R, Ilina ES, Sukhanova MV, Kutuzov MM, Liu Y, Hou EW, Wilson SH, Lavrik OI. Apurinic/apyrimidinic (AP) site recognition by the 5'-dRP/AP lyase in poly(ADPribose) polymerase-1 (PARP-1). Proc Natl Acad Sci USA. 2010; 107(51):22090–5.
[6] Prasad R, Liu Y, Deterding LJ, Poltoratsky VP, Kedar PS, Horton JK, Kanno S, Asagoshi K, Hou EW, Khodyreva SN, Lavrik OI, Tomer KB, Yasui A, Wilson SH. HMGB1 is a cofactor in mammalian base excision repair. Mol Cell. 2007; 27(5):829–41.
[7] Gullo C, Au M, Feng G, Teoh G. The biology of Ku and its potential oncogenic role in cancer. Biochim Biophys Acta. 2006; 1765 (2):223–34.
[8] Biade S, Sobol RW, Wilson SH, Matsumoto Y. Impairment of proliferating cell nuclear antigen-dependent apurinic/apyrimidinic site repair on linear DNA. J Biol Chem. 1998; 273(2):898–902.
[9] Koike M, Yutoku Y, Koike A. KARP-1 works as a heterodimer with Ku70, but the function of KARP-1 cannot perfectly replace that of Ku80 in DSB repair. Exp Cell Res. 2011; 317(16): 2267–5.
[10] Fransson J, Borrebaeck CA. The nuclear DNA repair protein Ku70/80 is a tumor-associated antigen displaying rapid receptor mediated endocytosis. Int J Cancer. 2006; 119(10):2492–6.