Нова модифікація безмодельного підходу до аналізу даних щодо ядерної магнітної релаксації у білках

Федотов, В. Д.; Ківаєва, Л. С.

doi:10.7124/bc.0001EC

Biopolym. Cell. 1987; 3(4):171-178.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.0001EC

Структура та функції біополімерів

Нова модифікація безмодельного підходу до аналізу даних щодо ядерної магнітної релаксації у білках

1Федотов В. Д., 1Ківаєва Л. С.

Інститут біології Казанська філія АН СРСР
Казань, СРСР

Abstract

Розвинуто формальний підхід до аналізу релаксації ядер ¹³С у білках. Внутрішньомолекулярний рух протонованих вуглеводів описується узагальненими мікродинамічними параметрами: фактором анізотропії (мірою просторової обмеженості) і розподілом часів кореляції. Обговорюється зв’язок формальних параметрів з параметрами деяких моделей руху.

Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Jardetzky O, Roberts GCK. NMR in molecular biology. New York; London: Acad, press, 1981. 380 p.

[2] Debrunner PG, Frauenfelder H. Dynamics of proteins. Ann Rev Phys Chem. 1982; 33(1):283-299.

[3] Karplus M. Dynamics of proteins. Proc. 2th SUNYA conversation in the discipi. biomol. stereodynamics. New York: Adenine press, Vol. 2:211-228.

[4] Abaturov LV. Thermal movements of proteins: small-scale fluctuation and conformation substates. Mol Biol (Mosk). 1983;17(4):683-704.

[5] Abaturov LV, Lebedev IuO, Nosova NG. Dynamic structure of globular proteins: conformational rigidity and fluctuational motility. Mol Biol (Mosk). 1983;17(3):543-68.

[6] Grivtsov AG, Malenkov GG, Abaturov LV. Computer simulation of protein molecular dynamics. Mol Biol (Mosk). 1983;17(3):587-615.

[7] Abaturov LV, Burshtein EA, Ivanov VI. Equilibrium dynamics of biopolymers structure. Mol Biol (Mosk). 1983;17(3):451-454.

[8] Ribeiro AA, King K, Restivo Ch, Jardetzky O. An approach to the mapping of internal motions in proteins. Analysis of carbon-13 NMR relaxation in the bovine pancreatic trypsin inhibitor. J Amer Chem Soc. 1980; 102(12):4040-51.

[9] Lipari G, Szabo A. Model-free approach to the interpretation of nuclear magnetic resonance relaxation in macromolecules. 1. Theory and range of validity. J Amer Chem Soc. 1982; 104(17):4546-59.

[10] Lipari G, Szabo A. Model-free approach to the interpretation of nuclear magnetic resonance relaxation in macromolecules. 2. Analysis of experimental results. J Amer Chem Soc. 1982; 104(17)::4559-4570.

[11] Fedotov VD. Pulsed NMR in block polymers. Dis .... Doctor. Sci. Sciences: Kazan, 1981. p. 254-273.

[12] Fedotov VD, Kivaeva LS. Characteristics and mechanisms of intramolecular motion in globular proteins according to the magnetic relaxation of 13C nuclei. Phys-Chem. properties of biopolymers in solution and cells (23-26 Sept. 1985, Pushchino.) Pushchino, 1985:106.

[13] Fedotov V. D. NMR relaxation and molecular dynamics in polymers and biopolymers. Progress in polymer spectroscopy: Proc. 7th Eur. symp. on polymer spectroscopy (15-18 Oct. 1985, Leipzig). Leipzig, 1986:262-271.

[14] Fuoss R, Kirkwood JG. Electrical Properties of Solids. VIII. Dipole Moments in Polyvinyl Chloride-Diphenyl Systems. J Amer Chem Soc. 1941; 63(2):385-94.

[15] Chernov VM, Fedotov VD. Nuclear magnetic relaxation and nature of the distribution of the correlation time of segmental movement in rubbers. Polymer Science U.S.S.R. 1981; 23(4):1042-54.

[16] Kaplan JI, Garroway AN. Homogeneous and inhomogeneous distributions of correlation times. Lineshapes for chemical exchange. J Magn Reson. 1982; 49(3):464-75.

[17] Lipari G, Szabo A, Levy RM. Protein dynamics and NMR relaxation: comparison of simulations with experiment. Nature. 1982; 300(5880):197-198.

[18] Khazanovich T.N, Mironou VD. N.M.R. line shape and spin-locking in slowly tumbling methyl groups. Mol Phys. 1985; 55(1):145-59.

[19] Woessner DE. Spin Relaxation Processes in a Two-Proton System Undergoing Anisotropic Reorientation J. Chem. Phys. 1962; 36(1):1-4.

[20] Glarum SH. Dielectric Relaxation of Isoamyl Bromide. J. Chem. Phys. 1960; 33(3):639-43.

[21] Voigt G, Kimmich R. Chain fluctuations in the amorphous regions of polyethylene as indicated in proton relaxation spectroscopy. Polymers. 1980; 21(9):1001-8.

[22] Cole KS, Cole RH. Dispersion and Absorption in Dielectrics I. Alternating Current Characteristics. J Chem Phys. 1941; 9(4):341-351.

[23] Davidson VC, Cole RH. Dielectric Relaxation in Glycerol, Propylene Glycol, and n-Propanol. J Chem Phys. 1951; 19(12):1484-90.