Biopolym. Cell. 1987; 3(2):66-71.
Структура та функції біополімерів
Вплив різної стабільності пар основ на кінетику плавлення ДНК
- Інститут молекулярної генетики АН СРСР
Москва, СРСР
Abstract
Розглянуто кінетику кооперативного виплавлення ділянок ДНК, розташованих на кордоні спіральних областей. На підставі точних розрахунків, які враховують реальну послідовність пар основ у таких ділянках, показано, що внутрішня гетерогенність ділянок цього типу чинить радикальний вплив на кінетику розглянутого процесу. Врахування внутрішньої гетерогенності призводить до збільшення часу релаксації на кілька порядків у порівнянні з моделлю, де стабільність пар основ усередині ділянки вважається однаковою. Отримувані часи релаксації добре узгоджуються з експериментальними даними. На основі проведеного аналізу процесу вдалося виокремити прості характеристики послідовності, що визначають його швидкість.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[2]
Hoff AJ, Roos AL. Hysteresis of denaturation of DNA in the melting range. Biopolymers. 1972;11(6):1289-94.
[3]
Michel F. Hysteresis and partial irreversibility of denaturation of DNA as a means of investigating the topology of base distribution constraints: application to a yeast rho- (petite) mitochondrial DNA. J Mol Biol. 1974;89(2):305-26.
[4]
Yabuki S, Gotoh O, Wada A. Fine structures in denaturation curves of bacteriophage lambda DNA. Their relation to the intramolecular heterogeneity in base compositon. Biochim Biophys Acta. 1975;395(3):258-73.
[5]
Lyubchenko YL, Frank-Kamenetskii MD, Vologodskii AV, Lazurkin YS, Gause GG Jr. Fine structure of DNA melting curves. Biopolymers. 1976;15(6):1019-36.
[6]
Vizard DL, Ansevin AT. High resolution thermal denaturation of DNA: thermalites of bacteriophage DNA. Biochemistry. 1976;15(4):741-50.
[7]
Lyubchenko YL, Vologodskii AV, Frank-Kamenetskii MD. Direct comparison of theoretical and experimental melting profiles for RF II phiX174 DNA. Nature. 1978;271(5640):28-31.
[8]
Wada A, Yabuki S, Husimi Y. Fine structure in the thermal denaturation of DNA: high temperature-resolution spectrophotometric studies. CRC Crit Rev Biochem. 1980;9(2):87-144.
[9]
Gotoh O. Prediction of melting profiles and local helix stability for sequenced DNA. Adv Biophys. 1983;16:1-52.
[10]
Vologodskii AV, Amirikyan BR, Lyubchenko YL, Frank-Kamenetskii MD. Allowance for heterogeneous stacking in the DNA helix-coil transition theory. J Biomol Struct Dyn. 1984;2(1):131-48.
[11]
Perelroyzen MP, Lyamichev VI, Kalambet YuA, Lyubchenko YuL, Vologodskii AV. A study of the reversibility of helix-coil transition in DNA. Nucleic Acids Res. 1981;9(16):4043-59.
[12]
Anshelevich VV, Vologodskii AV, Lukashin AV, Frank-Kamenetskii MD. Slow relaxational processes in the melting of linear biopolymers: a theory and its application to nucleic acids. Biopolymers. 1984;23(1):39-58.
[13]
Schwarz M, Poland D. Random walk with two interacting walkers. J Chem Phys. 1975; 63(1):557-568.
[14]
Schwarz M, Poland D. Relaxation in biological macromolecules: Properties of some exact solutions. J Chem Phys. 1976; 65(7):2620-33.
[15]
Kozyavkin SA, Lyubchenko YL. The nonequilibrium character of DNA melting: effects of the heating rate on the fine structure of melting curves. Nucleic Acids Res. 1984;12(10):4339-49.
[16]
Suyama A, Wada A. Unwinding kinetics of cooperatively melting regions in DNA. Biopolymers. 1984;23(3):409-33.
[17]
Porschke D, Eigen M. Co-operative non-enzymic base recognition. 3. Kinetics of the helix-coil transition of the oligoribouridylic--oligoriboadenylic acid system and of oligoriboadenylic acid alone at acidic pH. J Mol Biol. 1971;62(2):361-81.
[18]
Craig ME, Crothers DM, Doty P. Relaxation kinetics of dimer formation by self complementary oligonucleotides. J Mol Biol. 1971;62(2):383-401.
[19]
Oka A, Nomura N, Morita M, Sugisaki H, Sugimoto K, Takanami M. Nucleotide sequence of small ColE1 derivatives: structure of the regions essential for autonomous replication and colicin E1 immunity. Mol Gen Genet. 1979;172(2):151-9.
[20]
Lifshits IM. Contribution to the statistical thermodynamics of fusion of long heteropolymer chains. Journal of Experimental and Theoretical Physics. 1974; 65(3):1100-1110.
[21]
Azbel MY. DNA sequencing and helix-coil transition. I. Theory of DNA melting. Biopolymers. 1980;19(1):61-80.