Biopolym. Cell. 2013; 29(3):215-220.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00081B
Огляди
Нові епігенетичні маркери ранньої детекції пухлин епітеліального походження та їх прогнозування
1Гордіюк В. В., 1Кондратов О. Г., 1Геращенко Г. В., 1Кашуба В. І.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

В огляді розглянуто генетичні та епігенетичних зміни, які відбуваються при утворенні пухлин, та пошук перспективних наборів нових біомаркерів. Представлено дані NotI-мікрочіпів для 3-ї хромосоми людини щодо змін у пухлинах нирок, шийки матки, товстого кишечника, яєчників і легень. Знайдено локуси/гени з істотними змінами метилювання у зразках пухлин, які супроводжуються зниженням експресії відповідних генів. Результати мікрочіпів використано для розробки панелей епігенетичних маркерів ранньої детекції різних типів пухлин (яєчників і легенів), а також для розрізнення ступенів прогресії пухлин і виявлення метастазів. Створення подібних панелей маркерів є перспективним для засто- сування в клінічній медицині.
Keywords: пухлини епітеліального походження, епігенетичні маркери, NotI-мікрочіпи, рання детекція раку, прогнозування раку, гени – супресори росту пухлин
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Li J., Protopopov A., Wang F. et al. NotI subtraction and NotIspecific microarrays to detect copy number and methylation changes in whole genomes Proc. Natl Acad. Sci. USA 2002 99, N 16:10724–10729.
[2] Kutsenko A. S., Gizatullin R. Z., Al-Amin A. N. et al. NotI flanking sequences: a tool for gene discovery and verification of the human genome Nucleic Acids Res 2002 30, N 14 P. 3163–3170.
[3] Zabarovsky E. R., Lerman M. I., Minna J. D. Tumor suppressor genes on chromosome 3p involved in the pathogenesis of lung and other cancers Oncogene 2002 21, N 45:6915–6935.
[4] Protopopov A., Kashuba V. I., Zabarovska V. I. et al. An integrated physical and gene map of the 3.5-Mb chromosome 3p21.3 (AP20) region implicated in major human epithelial malignancies Cancer Res 2003 63, N 2:404–412.
[5] Sentchenko V., Liu J., Braga E. et al. Deletion mapping using quantitative real-time PCR identifies two distinct 3p21.3 regionsaffected in most cervical carcinomas Oncogene 2003 22, N 19:2984–2992.
[6] E. A. Braga, V. I. Kashuba, A. V. Malyukova, V. I. Loginov, V. N. Senchenko, I. V. Bazov, L. L. Kisselev, E. R. Zabarovsky New tumor suppressor genes in hot spots of human chromosome 3: new methods of identification Mol. Biol. 2003 37, N 2 P. 170–185.
[7] Senchenko V. N., Liu J., Loginov W. et al. Discovery of frequent homozygous deletions in chromosome 3p21.3 LUCA and AP20 regions in renal, lung and breast carcinomas Oncogene 2004 23, N 34:5719–5728.
[8] Pavlova T. V., Kashuba V. I., Muravenko O. V. et al. Technology of analysis of epigenetic and structural changes of epithelial tumors genome with NotI-microarrays by the example of human chromosome 3 Mol. Biol (Mosk.) 2009 43, N 2 P. 339–347.
[9] Anedchenko E. A., Dmitriev A. A., Krasnov G. S. et al. Downregulation of RBSP3/CTDSPL, NPRL2/G21, RASSF1A, ITGA9, HYAL1 and HYAL2 in non-small cell lung cancer Mol. Biol. (Mosk.) 2008 42, N 6:965–976.
[10] Senchenko V. N., Anedchenko E. A., Kondratieva T. T. et al. Simultaneous down-regulation of tumor suppressor genes RBSP3/ CTDSPL, NPRL2/G21 and RASSF1A in primary non-small cell lung cancer BMC Cancer 2010 10:75.
[11] Dmitriev A. A., Kashuba V. I., Haraldson K. et al. Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with NotI microarrays Epigenetics 2012 7, N 5:502–513.
[12] Kondratov A. G., Stoliar L. A., Kvasha S. M. et al. Methylation pattern of the putative tumor-suppressor gene LRRC3B promoter in clear cell renal cell carcinomas Mol. Med. Rep 2012 5, N 2:509–512.
[13] Kondratov A. G., Kvasha S. M., Stoliar L. A. et al. Alterations of the WNT7A Gene in clear cell renal cell carcinomas PLoS One 2012 7, N 10 e47012.
[14] Gerashchenko G. V., Gordiyuk V. V., Skrypkina I. Y. et al. Screening of epigenetic and genetic disturbences alterations of human chromosome 3 genes in colorectal cancer Ukr. Biokhim. Zh 2009 81, N 4:81–87.
[15] Kashuba V. I., Li J., Wang F., Senchenko V. N. et al. RBSP3 (HYA22) is a tumor suppressor gene implicated in major epithelial malignancies Proc. Natl Acad. Sci. USA 2004 101, N 14:4906–4911.
[16] Kashuba V., Dmitriev A. A., Krasnov G. S. et al. NotI microarrays: novel epigenetic markers for early Detection and prognosis of high grade serous ovarian cancer Int. J. Mol. Sci 2012 13, N 10:13352–13377.
[17] Gerashchenko G. V., Bogatyrova O. O., Rudenko E. E. et al. Genetic and epigenetic changes of NKIRAS1 gene in human renal cell carcinomas Exp. Oncol 2010 32, N 2:71–75.
[18] Li J., Wang F., Haraldson K. et al. Functional characterization of the candidate tumor suppressor gene NPRL2/G21 located in 3p21.3C Cancer Res 2004 64, N 18:6438–6443.
[19] Kashuba V. I., Skrypkina I. Ia., Saraev D. V. et al. Identification of changes in gene loci potentially associated with cervical cancer using NotI microarrays Ukr Biokhim Zh 2006 78, N 2:113–120.
[20] Skrypkina IYa, Kashuba VI, Gordiyuk VV, Saraev DV, Zubko VI, Zgonnik YuM, Tsyba LA, Blinov VM, Ugrin DD, Mikhailik AA, Yatsula BA, Zabarovsky ER, Ryndytch AV, Vozianov OF. Identification of changes in gene loci potentially associated with renal cancer by novel technique of NotI microarrays. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 2006; (11):188–92.
[21] Gordiyuk V. V., Gerashchenko G. V., Skrypkina I. Ya. et al. Identification of chromosome 3 epigenetic and genetic abnormalities and gene expression changes in ovarian cancer Biopolym. Cell 2008 24, N 4:323–332.
[22] Tian X. Q., Zhang Y., Sun D. et al. Epigenetic silencing of LRRC3B in colorectal cancer Scand. J. Gastroenterol 2009 44, N 1 P. 79–84.
[23] Haraldson K., Kashuba V. I., Dmitriev A. A. et al. LRRC3B gene is frequently epigenetically inactivated in several epithelial malignancies and inhibits cell growth and replication Biochimie 2012 94, N 5:1151–1157.
[24] Cairns P. Detection of promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in urine from kidney cancer patients Ann. N. Y. Acad. Sci 2004 1022:40–43.
[25] Pack S. C., Kim H. R., Lim S. W. et al. Usefulness of plasma epigenetic changes of five major genes involved in the pathogenesis of colorectal cancer Int. J. Colorectal Dis 2013 28, N 1– P.139–147.
[26] Kvasha S., Gordiyuk V., Kondratov A. et al. Hypermethylation of the 5'CpG island of the FHIT gene in clear cell renal carcinomas Cancer Lett 2008 265, N 2:250–257.
[27] Skrypkina IYa, Kondratov OG, Tsyba LO, Panasenko GV, Nikolaienko OV, Romanenko AM, Kolesnyk OO, Morderer DYe, Nekrasov KA, Kashuba VI, Vozianov SO, Shchepotin IB, Rynditch AV. Detection of cell-free DNA and gene-specific methylation in blood plasma of patients with renal and colon cancer. Nauka ta innovacii. 2012; 8(6):60–6.