Біоінформатичний аналіз вторинної структури тринскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи

Сліщук, Г. І.; Волкова, Н. Е.; Сиволап, Ю. М.

doi:10.7124/bc.000043

Biopolym. Cell. 2012; 28(2):156-160 .

http://dx.doi.org/10.7124/bc.000043

Біоінформатика

Біоінформатичний аналіз вторинної структури тринскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи

1Сліщук Г. І., 1Волкова Н. Е., 1Сиволап Ю. М.

Південний біотехнологічний центр в рослинництві
Овідіопольська дорога, 3, Одеса, Україна, 65036

Abstract

Мета. Аналіз вторинної структури транскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи. Методи. Вирівнювання, фолдинг in silico. Результати. Знайдено складні мікросателіти. Досліджено вторинну структуру 74 транскриптів інтрона 1 гена whp1. Висновки. Зроблено припущення щодо впливу транскриптів інтрона 1 гена whp1 на відновлення фертильності кукурудзи з S-типом цитоплазматичної чоловічої стерильності.

Keywords: біоінформатика, ген whp1, ЦЧС, кукурудза, інтрон, вторинна структура

Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Zabala G., Gabay-Laughnan S., Laughnan J. R. The nuclear gene Rf3 affects the expression of the mitochondrial chimeric sequence R implicated in S-type male sterility in maize. Genetics 1997 147, N 2:847–860.

[2] Gabay-Laughnan S., Chase C. D., Ortega V. M., Zhao L. Molecular-genetic characterization of CMS-S restorer-of-fertility alleles. Genetics 2004 166, N 2:959–970.

[3] Schaeffer M. L., Harper L. C., Gardiner J. M., Andorf C. M., Campbell D. A., Cannon E. K. S., Sen T. Z., Lawrence C. J. MaizeGDB: curation and outreach go hand-in-hand. J. Biol. Databases and Curation 2011.

[4] Franken P., Niesbach-Klosgen U., Weydemann U., MarechalDrouard L., Saedler H., Wienand U. The duplicated chalcone synthase genes C2 and Whp (white pollen) of Zea mays are independently regulated; evidence for translational control of Whp expression by the anthocyanin intensifying gene in. EMBO J 1991 10, N 2605–2612.

[5] Mount S. M., Gotea V., Lin C.-F., Hernandez K., Makalowski W. Spliceosomal small nuclear RNA genes in 11 insect genomes. RNA 2007 13, N 1:5–14.

[6] Zheng Q., Ryvkin P., Li F., Dragomir I., Valladares O., Yang J., Cao K., Wang L.-S., Gregory B. D. Genome-wide double-stranded RNA sequencing reveals the functional significance of base-paired RNAs in Arabidopsis. PLoS Genet 2010 6, N 9 e1001141.

[7] Needleman S. B., Wunsch C. D. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J. Mol. Biol 1970 48, N 3:443–453.

[8] Sneath P. H. A., Sokal R. R. Numerical taxonomy: The principles and practices of numerical classification San-Francisco: Freeman, 1973 573 p.

[9] Zuker M., Stiegler P. Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information. Nucleic Acids Res 1981 9, N 1:133–148.

[10] SantaLucia J., Jr. A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. Proc. Natl Acad. Sci. USA 1998 95, N 4:1460–1465.

[11] Reuter J. S., Mathews D. H. RNAstructure: software for RNA secondary structure prediction and analysis. BMC Bioinformatics 2010 N 11:129.

[12] Nguyen V. T., Kiss T., Michels A. A., Bensaude O. 7SK small nuclear RNA binds to and inhibits the activity of CDK9/cyclin T complexes. Nature 2001 414, N 6861:322–325.

[13] Alexander M. R., Wheatley A. K., Center R. J., Purcell D. F. J. Efficient transcription through an intron requires the binding of an Sm-type U1 snRNP with intact stem loop II to the splice donor. Nucleic Acids Res 2010 38, N 9:3041–3053.