Biopolym. Cell. 2011; 27(6):499-505.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00011C
Дискусії
Локалізація сайтів 5'-CG-3', 5'-CNG-3', 5'-GC-3' та 5'-GNC-3' у послідовностях мікроРНК
1Галицький В. А., 1Комісаренко С. В.
  1. Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України
    вул. Леонтовича, 9, Київ, Україна, 01601

Abstract

Мета. Встановлення закономірностей у локалізації динуклеотидів 5'-CG-3' та тринуклеотидів 5'- CNG-3' у послідовностях мікроРНК (miRNA). Методи. Біоінформатичний та статистичний аналіз по- слідовностей зрілих miRNA. Результати. Один із найвищих піків концентрації сайта 5'-CG-3' локалізується у місці розташування нуклеотиду 10 з 5'-кінця miRNA. Рівень концентрації сайта 5'-CG-3' у даному піку більш ніж учетверо перевищує середню концентрацію даного динуклеотиду у геномі. Інші еволюційно консервативні піки у послідовності miRNA локалізуються в районі нуклеотидів 16 та 21. Піки концентрації сайта 5'-CNG-3 відповідають нуклеотидам 4 і 8. Приблизно половина послідовностей miRNA містить два чи більше сайтів 5'-CG-3' та 5'- CNG-3', відстань між якими становить у більшості випадків 1 або 3–9 нуклеотидів. Висновки. Піки концентрації сайтів 5'-CG-3' і 5'-CNG-3' не зосереджені в межах seed-ділянки, а розподілені уздовж усієї послідовності miRNA. Однак в одній і тій же молекулі miRNA дані сайти розташовані в межах одного витка подвійної спіралі. Така картина розподілу зазначених сайтів може вказувати на участь у miRNA-залежному метилюванні ДНК усієї послідовності miRNA.
Keywords: мікроРНК, динуклеотид 5'-CG-3', тринуклеотид 5'-CNG-3', розподіл сайтів
Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Rodriguez A., Griffiths-Jones S., Ashurst J. L., Bradley A. Identification of mammalian microRNA host genes and transcription units Genome Res 2004 14, N 10A P. 1902–1910.
[2] Lee Y., Ahn C., Han J., Choi H., Kim J., Yim J., Lee J., Provost P., Radmark O., Kim S., Kim V. N. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing Nature 2003 425, N 6956 P. 415–419.
[3] Lund E., Guttinger S., Calado A., Dahlberg J. E., Kutay U. Nuclear export of microRNA precursors Science 2004 303, N 5654 P. 95–98.
[4] Khvorova A., Reynolds A., Jayasena S. D. Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias Cell 2003 115, N 2 P. 209–216.
[5] Schwarz D. S., Hutvagner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore P. D. Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex Cell 2003 115, N 2 P. 199–208.
[6] Ma J. B., Ye K., Patel D. J. Structural basis for overhang-specific small interfering RNA recognition by the PAZ domain Nature 2004 429, N 6989 P. 318–322.
[7] Rhoades M. W., Reinhart B. J., Lim L. P., Burge C. B., Bartel B., Bartel D. P. Prediction of plant microRNA targets Cell 2002 110, N 4 P. 513–520.
[8] Lai E. C. miRNAs: whys and wherefores of miRNA-mediated regulation Curr. Biol 2005 15, N 12 P. R458–R460.
[9] Lewis B. P., Burge C. B., Bartel D. P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets Cell 2005 120, N 1 P. 15–20.
[10] Kim J., Krichevsky A., Grad Y., Hayes G. D., Kosik K. S., Church G. M., Ruvkun G. Identification of many microRNAs that copurify with polyribosomes in mammalian neurons Proc. Natl Acad. Sci. USA 2004 101, N 1 P. 360–365.
[11] Grimson A., Farh K. K., Johnston W. K., Garrett-Engele P., Lim L. P., Bartel D. P. MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing Mol. Cell 2007 27, N 1 P. 91–105.
[12] Halytskiy V. A. Mechanism of the initiation of DNA methylation de novo by small RNA Eur. J. Cancer Suppl 2007 5, N 4 P. 75.
[13] Halytskiy V. A. Hypothesis of initiation of DNA methylation de novo and allelic exclusion by small RNAs Cell Tissue Biol 2008 2, N 2 P. 97–106.
[14] Griffiths-Jones S., Grocock R. J., van Dongen S., Bateman A., Enright A. J. miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature Nucleic Acids Res 2006 34, Database issue P. D140–D144.
[15] Jabbari K., Bernardi G. Cytosine methylation and CpG, TpG (CpA) and TpA frequencies Gene 2004 333 P. 143–149.
[16] Scarano E., Iaccarino M., Grippo P., Parisi E. The heterogeneity of thymine methyl group origin in DNA pyrimidine isostichs of developing sea urchin embryos Proc. Natl Acad. Sci. USA 1967 57, N 5 P. 1394–1400.