Biopolym. Cell. 2010; 26(5):378-383.
Молекулярна Біомедицина
Розробка тестів на основі алель-специфічної ПЛР для детекції розповсюджених мутацій у гені трансмебранного регуляторного білка муковісцидозу
1Соловйов О. О., 1Пампуха В. М., 1Лівшиць Л. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Мета. Мета дослідження полягала у розробці діагностичних методик, основаних на принципі алель-специфічної ПЛР для аналізу розповсюджених мутацій в гені ТРБМ з використанням двох підходів: традиційної ПЛР з подальшим розділенням продуктів у гель-електрофорезі та з використанням ПЛР у реальному часі. Методи. Для дослідження обрано такі мутації – dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT з частотою зустрічальності в Україні: dF508 – 43,3 %; 2143delT – 1,38 %; W1282X – 1,1 %; R117H і 621 + 1G > T – < 0,6 %. Використано контрольні зразки ДНК з відповідними мутаціями, ідентифіковані методами гетеродуплексного аналізу та ПДРФ. Результати. Проведено дизайн та оптимізовано умови алель-специфічної ампліфікації для вивчення мутацій dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT. Розроблені методики аналізу підтверджено перевіркою контрольних зразків ДНК з мутаціями W1282X (n = 3), R117H (n = 2), 621 + 1G > T (n = 1), 2143delT (n = 1). Щоб перевірити тест на dF508 нами проаналізовано 100 носіїв даної мутації в гетерозиготному стані та 50 – в гомозиготному. За допомогою створеної методики детекції 2143delT проаналізовано також 48 пацієнтів, хворих на муковісцидоз, у яких первинно виявлено лише по одній мутації разом з невідомим мутантним варіантом. В результаті аналізу серед них визначено ще чотири носії зазначеної делеції в гетерозиготному стані. При цьому не встановлено розбіжностей в даних, отриманих з використанням стандартних протоколів аналізу досліджених мутацій. Висновки. Показано, що метод алель-специфічної ПЛР є швидким та відносно недорогим, його можна застосовувати для детекції відомих мутацій у гені ТРБМ.
Keywords: алель-специфічна ПЛР, ПЛР у реальному часі, муковісцидоз, ген ТРБМ

References

[1] Kerem B.-S., Rommens J. M., Buchanan D. M., Cox T. K., Chakravarti A., Buchwald M., Tsui L.-C. Identification of the cystic fibrosis gene: genetic analysis Science 1989 245, N 4922:1073–1080.
[2] Tsui L. C. Cystic fibrosis mutation database: www.genet.sickkids.com.ca.
[3] Newton C. R., Graham A., Heptinstall L. E., Powell S. J., Summers C., Kalsheker N., Smith J. C., Markham A. F. Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS) Nucl. Acids Res 1989 17, N 7:2503–2516.
[4] Okayama H., Curiel D. T., Brantly M. L., Holmes M. D., Crystal R. D. Rapid nonradioactive detection of mutations in the human genome by allele-specific amplification. J. Lab. Clin. Med. 1989; 114, N 2:105–113.
[5] Sommer S. S., Groszbach A. R., Bottema C. D. PCR amplification of specific alleles (PASA) is a general method for rapidly detecting known singlt-base changes. Biotechniques. 1992; 12, N 1:82–87.
[6] Patrinos G. P., Ansorge W. Molecular diagnostics Amsterdam: Elsevier, 2005 461 p.
[7] Ferrie R. M., Schwarz M. J., Robertson N. H., Vaudin S., Super M., Malone G., Little S. Development, multiplexing and application of ARMS tests for common mutations in the CFTR gene. Amer. J. Hum. Genet. 1992; 51, N 2:251–262.
[8] Livshits L. A., Kravchenko S. A., Mikhaylets L. P., Sopko N. I. Mutation screening results. Eur. Com. Concer. Act. Cystic Fibrosis Newsletter. 1996; 3, N 2:3–4.
[9] Maniatis T., Fritsch E. F., Sambrook J. Molecular cloning: A laboratory manual New York: Cold Spring Harbor Lab. publ., 1982 545 p.
[10] Livshyts' LA. A molecular genetic analysis of the mutations in the exons of the CFTR gene in cystic fibrosis patients in Ukraine. Tsitol Genet. 2000;34(4):6-9.
[11] Ivaschenko T. E., Baranov V. S. Biochemical and moleculargenetic basics of cystic fibrosis pathogenesis St.-Petersburg: Intermedika, 2002 256 p.
[12] Petrova N. V., Kapranov N. I., Ginter E. K. Detection of frequent mutations of the CFTR gene in cystic fibrosis patients from Central Russia. Genetika. 1997; 33, N 1:106–109.