Biopolym. Cell. 2010; 26(4):322-326.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000167
Короткі повідомлення
Порівняльний аналіз генів ортологічних білків цитохрому Р450 2Е1 людини і ссавців
1Дуплій Д. Р., 1Максимчук О. В., 2Дуплій В. П., 1Чащин М. О.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
  2. Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України
    вул. Академіка Заболотного, 148, Київ, Україна, 03680

Abstract

Мета. Провести порівняльний аналіз нуклеотидних послідовностей генів ортологічних білків цитохрому Р450 2Е1 і встановити зв’язок еволюції гена з нуклеотидним складом. Методи. In silico: BLAST, ClustalW, MEGA4, PHP. Результати. Описано особливості загальної філогенії генів CYP2E1. Найбільшу спорідненість трансльованої послідовності гена CYP2E1 Homo sapiеns виявлено з Pan troglodytes. Визначено, що транзиція С Т зустрічається в інтронах у 2,6 разу частіше, ніж в экзонах. Встановлено зв’язок між кето-аміновою асиметрією генів CYP2E1 і еволюційним віком виду. Висновки. На прикладі CYP2E1 показано, що впродовж еволюції нуклеотидний склад інтронів змінюється у напрямку збільшення кількості гуаніну і тиміну. Таким чином, величину кето-аміновой асиметрії можна використовувати як додатковий критерій еволюційного аналізу.
Keywords: цитохром Р450 2Е1, CYP2E1, транзиції, філогенія, асиметрії нуклеотидного складу
Повний текст: (PDF, російською) (PDF, англійською)

References

[1] Chen Q., Galleano M., Cederbaum A. I. Cytotoxicity and apoptosis produced by arachidonic acid in HepG2 cell overexpressing human cytochrome P4502E1 J. Biol. Chem 1997 272, N 23:14532–14541.
[2] Wu D., Cederbaum A. I. Oxidative stress mediated toxicity exerted by ethanol-inducible CYP2E1 Toxicol. Appl. Pharmacol 2005 207, N 2 (suppl.):70–76.
[3] Botto F., Seree E., el Khyari S., de Sousa G., Massacrier A., Placidi M., Cau P., Pellet W., Rahmani R., Barra Y. Tissue specific expression and methylation of the human CYP2E1 gene Biochem. Pharmacol 1994 48, N 6:1095–1103.
[4] Danko I. M., Chaschin N. A. Association of CYP2E1 gene polymorphism with predisposition to cancer development. Exp. Oncol. 2005; 27, N 4:248–256.
[5] Sidorik L, Kyyamova R., Bobyk V., Kapustjan L., Rozhko O., Vigontina O., Ryabenko D., Danko I., Maksymchuk O., Kovalenko L., Chaschin N. Molecular chaperon, HSP60, and cytochrome P450 2E1 co-expression in dilated cardiomyopathy Cell Biol. Int 2005 29, N 1:51–55.
[6] Maksymchuk O. V., Bobyk V. I., Sydoryk L. L., Chashchyn M. O. Influence of long-term combined gamma-radiation and ethanol on cytochrome P450 2E1 expression in the mice liver. Ukr. Biokhim. Zh. 2008; 80, N 5:105–111.
[7] Danko I. M., Odynets K. A., Kitam V. O., Chaschin N. A. Computer modeling of cytochrome P450 2E1 three-dimensional structure. Ukr. Biokhim. Zh. 2006; 78, N 2 P. 154–162.
[8] Nelso D. R. Strobel H. W. Evolution of cytochrome P450 proteins. Mol. Biol. Evol. 1987; 4, N 6:572–593.
[9] Web-resource: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/
[10] Altschul S. F., Gish W., Miller W., Myers E. W., Lipman D. J. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 1990; 215, N3:403–410.
[11] Larkin M. A, Blackshields G., Brown N. P., Chenna R., McGettigan P. A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I. M., Wilm A., Lopez R., Thompson J. D., Gibson T. J., Higgins D. G. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 2007; 23, N 21:2947–2948.
[12] Koterov D. V., Kostarev A. F. PHP 5 v podlinnike SanktPetersburg: BHV, 2006 1120 p.
[13] Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 Mol. Biol. Evol 2007 24, N 8:1596–1599.