Biopolym. Cell. 2010; 26(2):115-120.
Структура та функції біополімерів
Ідентифікація та функціональний аналіз альтернативного промотору гена інтерсектину 1 людини
- Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
Abstract
Ген інтерсектину 1 (ITSN1) кодує еволюційно консервативний адаптерний білок, причетний до клатрин-опосередкованого ендоцитозу, внутрішньоклітинної передачі сигналу, апоптозу та реорганізації цитоскелету. Його експресія пов‘язана з багатьмя подіями альтернативного сплайсингу. Додатковим способом досягнення різноманіття і тонкої регуляції експресії генів є пошук альтернативних промоторів. Мета роботи полягала у виявленні можливих альтернативних промоторів гена ITSN1. Методи. Застосоваано комп’ютерне передбачення, 5' RACE, RT-РCR і тест, оснований на аналізі експресії репортерного гена. Результати. Виявлено альтернативний промотор гена ITSN1 людини, локалізований у 5-му інтроні, внаслідок використання якого утворюються транскрипти з відкритою рамкою зчитування та консенсусною послідовністю Козак, здатні кодувати ITSN1-ізоформи без першого EH-домену. Визначено, що ділянка, розташована за 246–190 п. н. до початку 6-го екзона, необхідна для функціонування альтернативного промотору. Транскрипти ITSN1, що утворюються в результаті використання альтернативного промотору, знайдено в тканинах нирок, печінки, легень і мозку людини, проте рівень їхньої експресії значно нижчий порівняно з основними ізоформами ITSN1. Висновки. Отримані дані свідчать про те, що альтернативний промотор, локалізований у 5-му інтроні гена ITSN1 людини, функціонує як слабкий промотор. Подальші дослідження необхідні для з’ясування функції транскриптів ITSN1 з альтернативним 5'-кінцем.
Keywords: інтерсектин 1, альтернативний промотор, альтернативний сплайсинг, 5' UTR, адаптерні білки
Повний текст: (PDF, англійською)
References
[1]
Pechstein A., Shupliakov O., Haucke V. Intersectin 1: a versatile actor in the synaptic vesicle cycle Biochem. Soc. Trans 010 38, Pt 1 P. 181–186.
[2]
Tsyba L. O., Skrypkina I. Ya., Nikolaienko O. V., Ferenent G. O., Gordiyuk V. V., Gardiner K., Rynditch A. V. Alternative splicing of intersectin 1 gene pre-mRNA: expression of transcriptional isoforms Biopolym. Cell 2004 20, N 6 P. 515–523.
[3]
Pucharcos C., Casas C., Nadal M., Estivill X., de la Luna S. The human intersectin genes and their spliced variants are differentially expressed Biochim. Biophys. Acta 2001 1521, N 1–3 P. 1–11.
[4]
Tsyba L., Gryaznova T., Dergai O., Dergai M., Skrypkina I., Kropyvko S., Boldyryev O., Nikolaienko O., Novokhatska O., Rynditch A. Alternative splicing affecting the SH3A domain controls the binding properties of intersectin 1 in neurons Biochem. Biophys. Res. Communs 2008 372, N 4 P. 929–934.
[5]
Kropyvko S., Gerasymchuk D., Skrypkina I., Dergai M., Dergai O., Nikolaienko O., Rynditch A., Tsyba L. Structural diversity and differential expression of novel human intersectin 1 isoforms Mol. Biol. Rep 2009 37, 6, pp 2789-2796
[6]
Singer G. A. C., Wu J., Yan P., Plass C., Huang T. H. M., Davuluri R. V. Genome-wide analysis of alternative promoters of human genes using a custom promoter tiling array BMC Genomics 2008 9, N 349 P. 1–15.
[7]
Yamashita R., Suzuki Y., Wakaguri H., Tsuritani K., Nakai K., Sugano S. DBTSS: DataBase of Human Transcription Start Sites, progress report 2006 Nucl. Acids Res 2006 34 P. 86–89.
[8]
Yamabhai M., Hoffman N. G., Hardison N. L., McPherson P. S., Castagnoli L., Cesareni G., Kay B. K. Intersectin, a novel adaptor protein with two Eps15 homology and five Src homology 3 domains J. Biol. Chem 1998 273, N 47 P. 31401–31407.
[9]
Tong X. K., Hussain N. K., de Heuvel E., Kurakin A., AbiJaoude E., Quinn C. C., Olson M. F., Marais R., Baranes D., Kay B. K., McPherson P. S. The endocytic protein intersectin is a major binding partner for the Ras exchange factor mSos1 in rat brain EMBO J 2000 19, N 6 P. 1263–1271.
[10]
He G., Wang H., Huang S., Huang C. Intersectin links WNK kinases to endocytosis of ROMK1 J. Clin. Invest 2007 117, N 4 P. 1078–1087.
