Biopolym. Cell. 2009; 25(5):398-402.
Біоінформатика
Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3
1Токовенко Б. Т., 1Драгущенко О. О., 1Куклін А. В., 1Оболенська М. Ю.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтивних регуляторних ділянок у промоторах генів еукаріотів, що пропонує три методи позиційно-вагових матриць (ПВМ), гібридний метод на основі прихованих моделей Маркова (ПВМ-ПММ) та філогенетичний футпринтинг. Результати. Показано, що ме тод ПВМ-ПММ має вищу специфічність пошуку. Метод застосовано для виявлення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3. Із за стосуванням філогенетичного футпринтингу сформовано групу зі 162 генів імовірної первинної відповіді на ІФНα. Розроблено та застосовано показник надійності виявлених генів-мішеней. Висновки. На основі результатів пошуку сайту звязування ISGF-3, статистичного аналізу з використанням Онтології Генів та обчислених показників надійності генів-мішеней 24 білок-кодуючих гени щура визначено як перспективні для вивчення первинної відповіді на ІФНα.
Keywords: інтерферон, ISGF-3, COTRASIF, ІФНα