Biopolym. Cell. 2009; 25(5):398-402.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0007F2
Біоінформатика
Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3
1Токовенко Б. Т., 1Драгущенко О. О., 1Куклін А. В., 1Оболенська М. Ю.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтивних регуляторних ділянок у промоторах генів еукаріотів, що пропонує три методи позиційно-вагових матриць (ПВМ), гібридний метод на основі прихованих моделей Маркова (ПВМ-ПММ) та філогенетичний футпринтинг. Результати. Показано, що ме тод ПВМ-ПММ має вищу специфічність пошуку. Метод застосовано для виявлення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3. Із за стосуванням філогенетичного футпринтингу сформовано групу зі 162 генів імовірної первинної відповіді на ІФНα. Розроблено та застосовано показник надійності виявлених генів-мішеней. Висновки. На основі результатів пошуку сайту звязування ISGF-3, статистичного аналізу з використанням Онтології Генів та обчислених показників надійності генів-мішеней 24 білок-кодуючих гени щура визначено як перспективні для вивчення первинної відповіді на ІФНα.
Keywords: інтерферон, ISGF-3, COTRASIF, ІФНα
Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Tokovenko B., Golda R., Protas O., Obolenskaya M., El'skaya A. COTRASIF: conservation-aided transcription-factorbinding site finder Nucl. Acids Res 2009 37, N 7 P. e49.
[2] Cartharius K., Frech K., Grote K., Klocke B., Haltmeier M., Klingenhoff A., Frisch M., Bayerlein M., Werner T. MatInspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites Bioinformatics 2005 21, N 13 P. 2933–2942.
[3] Horvath C. M. The Jak-STAT pathway stimulated by interferon alpha or interferon beta Sigtrans 2004 2004 260 P. tr10.
[4] Kel A. E., Gossling E., Reuter I., Cheremushkin E., Kel-Margoulis O. V., Wingender E. MATCH: a tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences Nucl. Acids Res 2003 31, N 13:3576–3579.
[5] Al-Shahrour F., Minguez P., Tarraga J., Montaner D., Alloza E., Vaquerizas J. M., Conde L., Blaschke C., Vera J., Dopazo J. BABELOMICS: a systems biology perspective in the functional annotation of genome-scale experiments Nucl. Acids Res 2006 34, suppl. 2:W472–W476.
[6] Wheeler D. L., Church D. M., Federhen S., Lash A. E., Madden T. L., Pontius J. U., Schuler G. D., Schriml L. M., Sequeira E., Tatusova T. A., Wagner L. Database resources of the national center for biotechnology Nucl. Acids Res 2003 31, N 1:28–33.
[7] Hoffmann R., Valencia A. A gene network for navigating the literature Nat. Genet 2004 36, N 7:664.
[8] Li X., Leung S., Burns C., Stark G. R. Cooperative binding of Stat1-2 heterodimers and ISGF3 to tandem DNA elements Biochimie 1998 80, N 8–9:703–710.
[9] Hannenhalli S., Levy S. Predicting transcription factor synergism Nucl. Acids Res 2002 30, N 19:4278–4284.
[10] Bluyssen H. A., Vlietstra R. J., van der Mada A., Trapman J. The interferon-stimulated gene 54 K promoter contains two adjacent functional interferon-stimulated response elements of different strength, which act synergistically for maximal interferon-alpha inducibility Eur. J. Biochem 1994 220, N 2:395–402.