Biopolym. Cell. 2008; 24(2):112-122.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000798
Структура та функції біополімерів
Структурний аналіз групи можливих ДНК-мішеней білків RAG1/2, виявлених у геномі миші in silico, та їхня ідентифікація у відомих типах повторюваних елементів
1Губський А. Ю., 2Зіньковський В. Г.
  1. Одеський національний університету імені І. І. Мечникова
    вул. Дворянська, 2,Одеса, Україна, 65082
  2. Опольській Університет
    пл. Коперника, 11а, Ополє, Польща, 45-040

Abstract

З використанням математичних методів аналізу, а також спеціально розроблених алгоритмів встановлено, що кількість виявлених у геномі миші можливих сайтів – мішеней білків RAG1/2 в 5,4 разу перевищує теоретично очікуване число. У 71 % випадків cRSS є структурними елементами 390 типів повторів. У структурі близько 5 % мотивів виявлено нуклеотиди, типові для більшості сигнальних послідовностей рекомбінації функціональних V, D, J-сегментів Ig- і Tcr-генів миші (fRSS). Існування 25 % з них у ДНК досліджуваного виду потрібно розглядати як наслідок випадкових комбінацій нуклеотидів. Структури спейсерних ділянок аналізованих 12cRSS і 23cRSS, як правило, мають 58–67 і 30–47 % гомології з аналогічними структурами fRSS відповідно.
Keywords: cRSS, V(D)J-рекомбінація, RAG1, RAG2
Повний текст: (PDF, російською) (PDF, англійською)

References

[1] Tonegawa S. Somatic generation of antibody diversity. Nature. 1983;302(5909):575-81.
[2] Tonegawa S, Brack C, Hozumi N, Pirrotta V. Organization of immunoglobulin genes. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1978;42 Pt 2:921-31.
[3] Oettinger MA, Schatz DG, Gorka C, Baltimore D. RAG-1 and RAG-2, adjacent genes that synergistically activate V(D)J recombination. Science. 1990;248(4962):1517-23.
[4] Aplan PD, Lombardi DP, Ginsberg AM, Cossman J, Bertness VL, Kirsch IR. Disruption of the human SCL locus by "illegitimate" V-(D)-J recombinase activity. Science. 1990;250(4986):1426-9.
[5] Tsuji H, Ishii-Ohba H, Katsube T, Ukai H, Aizawa S, Doi M, Hioki K, Ogiu T. Involvement of illegitimate V(D)J recombination or microhomology-mediated nonhomologous end-joining in the formation of intragenic deletions of the Notch1 gene in mouse thymic lymphomas. Cancer Res. 2004;64(24):8882-90.
[6] Scheerer JB, Xi L, Knapp GW, Setzer RW, Bigbee WL, Fuscoe JC. Quantification of illegitimate V(D)J recombinase-mediated mutations in lymphocytes of newborns and adults. Mutat Res. 1999;431(2):291-303.
[7] Gubskiy AY. Structural analysis of recombination signal sequences of the three types of V-, D-, J-gene segments of immunoglobulin and T-cell receptors person. Odessa. Med. Zh. 2005; 5:10-12.
[8] Matsuda F, Ishii K, Bourvagnet P, Kuma Ki, Hayashida H, Miyata T, Honjo T. The complete nucleotide sequence of the human immunoglobulin heavy chain variable region locus. J Exp Med. 1998;188(11):2151-62.
[9] Lewis SM, Agard E, Suh S, Czyzyk L. Cryptic signals and the fidelity of V(D)J joining. Mol Cell Biol. 1997;17(6):3125-36.
[10] Cowell LG, Davila M, Yang K, Kepler TB, Kelsoe G. Prospective estimation of recombination signal efficiency and identification of functional cryptic signals in the genome by statistical modeling. J Exp Med. 2003;197(2):207-20.
[11] Gubskiy AY, Zynkovskyy VG. Finding and identifying areas of localization in the mouse genome sequence cRSS, whose structure suggests a high recombination potential. Odessa Med zhurn. 2006;98(6):11-14.
[12] Hawley DK, McClure WR. Compilation and analysis of Escherichia coli promoter DNA sequences. Nucleic Acids Res. 1983;11(8):2237-55.
[13] Stormo GD. DNA binding sites: representation and discovery. Bioinformatics. 2000;16(1):16-23.
[14] Harr R, Haggstrom M, Gustafsson P. Search algorithm for pattern match analysis of nucleic acid sequences. Nucleic Acids Res. 1983;11(9):2943-57.
[15] Altschul SF, Madden TL, Sch?ffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 1997;25(17):3389-402.
[16] Jurka J. Repbase update: a database and an electronic journal of repetitive elements. Trends Genet. 2000;16(9):418-20.
[17] Fanning L, Connor A, Baetz K, Ramsden D, Wu GE. Mouse RSS spacer sequences affect the rate of V(D)J recombination. Immunogenetics. 1996;44(2):146-50.
[18] Akamatsu Y, Tsurushita N, Nagawa F, Matsuoka M, Okazaki K, Imai M, Sakano H. Essential residues in V(D)J recombination signals. J Immunol. 1994;153(10):4520-9.