Biopolym. Cell. 2008; 24(2):105-111.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000797
Структура та функції біополімерів
Оборотність виходу петель ДНК при кометному електрофорезі ізольованих клітин
1Афанасьєва К. С., 1Шувалова Т. О., 1Зажицька М. О., 1Сиволоб А. В.
  1. Київський національний університет імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська 64, Київ, Україна, 01601

Abstract

Досліджено кінетику виходу ДНК при кометному електрофорезі ізольованих лімфоцитів людини. Електрофорез проводили за нейтральних рН у відсутності чи присутності різних концентрацій бромистого етидію. Продемонстрована залежність ефективності виходу ДНК від концентрації останнього свідчить про те, що хвіст комети являє собою розтягнуті в електричному полі петельні домени. За умови релаксації петель вихід ДНК суттєво полегшується, а за збереження певного рівня торсійних напружень у витягнутій петлі спостерігається зникнення комет після вимкнення електричного поля. Обговорюються можливості викори- стання виявлених ефектів для вдосконалення методики кометного електрофорезу.
Keywords: кометний електрофорез, петельні домени, бромистий етидій, торсійні напруження в ДНК
Повний текст: (PDF, російською) (PDF, англійською)

References

[1] Olive PL. The comet assay. An overview of techniques. Methods Mol Biol. 2002;203:179-94.
[2] Collins AR. The comet assay for DNA damage and repair: principles, applications, and limitations. Mol Biotechnol. 2004;26(3):249-61.
[3] Moller P. The alkaline comet assay: towards validation in biomonitoring of DNA damaging exposures. Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2006;98(4):336-45.
[4] Cook PR, Brazell IA, Jost E. Characterization of nuclear structures containing superhelical DNA. J Cell Sci. 1976;22(2):303-24.
[5] Hartmann A, Agurell E, Beevers C, Brendler-Schwaab S, Burlinson B, Clay P, Collins A, Smith A, Speit G, Thybaud V, Tice RR; 4th International Comet Assay Workshop. Recommendations for conducting the in vivo alkaline Comet assay. 4th International Comet Assay Workshop. Mutagenesis. 2003;18(1):45-51.
[6] Horvathova E1, Dusinska M, Shaposhnikov S, Collins AR. DNA damage and repair measured in different genomic regions using the comet assay with fluorescent in situ hybridization. Mutagenesis. 2004;19(4):269-76.
[7] Collins AR, Dobson VL, Dusinska M, Kennedy G, Stetina R. The comet assay: what can it really tell us? Mutat Res. 1997;375(2):183-93.
[8] Simpson RT, Thoma F, Brubaker JM. Chromatin reconstituted from tandemly repeated cloned DNA fragments and core histones: a model system for study of higher order structure. Cell. 1985;42(3):799-808.
[9] Bauer W, Vinograd J. Interaction of closed circular DNA with intercalative dyes. II. The free energy of superhelix formation in SV40 DNA. J Mol Biol. 1970;47(3):419-35.
[10] Sivolob A, De Lucia F, Revet B, Prunell A. Nucleosome dynamics. II. High flexibility of nucleosome entering and exiting DNAs to positive crossing. An ethidium bromide fluorescence study of mononucleosomes on DNA minicircles. J Mol Biol. 1999;285(3):1081-99.
[11] Benham CJ. Energetics of the strand separation transition in superhelical DNA. J Mol Biol. 1992;225(3):835-47.
[12] Sivolob A, Prunell A. Nucleosome dynamics V. Ethidium bromide versus histone tails in modulating ethidium bromide-driven tetrasome chiral transition. A fluorescence study of tetrasomes on DNA minicircles. J Mol Biol. 2000;295(1):41-53.
[13] Moller P. Assessment of reference values for DNA damage detected by the comet assay in human blood cell DNA. Mutat Res. 2006;612(2):84-104.