Biopolym. Cell. 2007; 23(5):379-385.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000776
Структура та функції біополімерів
Використання методу Far Western гібридизації для визначення рибосомних білків, які взаємодіють з фактором елонгації трансляції 1А
1Будкевич Т. В., 1Негруцький Б. С., 1Єльська Г. В.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Методом Far Western гібридизації визначено білки 60S рибосомної субчастинки з печінки кроля, які взаємодіють з гомологічним фактором елонгації трансляції eEF1A. Це фосфобілки Р0.Р1/Р2, розташовані неподалік А сайта 80S рибосоми. Показано, що eEF1A взаємодіє також з декількома білками малої субчастинки 80S рибосом. Цей факт є дуже важливим, оскільки жоден з білків малої субчастинки бактеріальних рибосом не взаємодіє з фактором елонгації EF-Tu. Точна ідентифікація вищезгаданих білків є метою подальших досліджень.
Keywords: рибосомні білки, фактор елонгації 1А, еукаріотна трансляція.
Повний текст: (PDF, російською) (PDF, англійською)

References

[1] Ogle JM, Brodersen DE, Clemons WM Jr, Tarry MJ, Carter AP, Ramakrishnan V. Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit. Science. 2001;292(5518):897-902.
[2] Schmeing TM, Huang KS, Kitchen DE, Strobel SA, Steitz TA. Structural insights into the roles of water and the 2' hydroxyl of the P site tRNA in the peptidyl transferase reaction. Mol Cell. 2005;20(3):437-48.
[3] Trobro S, Aqvist J. Mechanism of peptide bond synthesis on the ribosome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(35):12395-400.
[4] Erlacher MD, Lang K, Wotzel B, Rieder R, Micura R, Polacek N. Efficient ribosomal peptidyl transfer critically relies on the presence of the ribose 2'-OH at A2451 of 23S rRNA. J Am Chem Soc. 2006;128(13):4453-9.
[5] Hausner TP, Geigenm?ller U, Nierhaus KH. The allosteric three-site model for the ribosomal elongation cycle. New insights into the inhibition mechanisms of aminoglycosides, thiostrepton, and viomycin. J Biol Chem. 1988;263(26):13103-11.
[6] Triana F, Nierhaus KH, Chakraburtty K. Transfer RNA binding to 80S ribosomes from yeast: evidence for three sites. Biochem Mol Biol Int. 1994;33(5):909-15.
[7] El'skaya AV, Ovcharenko GV, Palchevskii SS, Petrushenko ZM, Triana-Alonso FJ, Nierhaus KH. Three tRNA binding sites in rabbit liver ribosomes and role of the intrinsic ATPase in 80S ribosomes from higher eukaryotes. Biochemistry. 1997;36(34):10492-7.
[8] Spahn CM, Gomez-Lorenzo MG, Grassucci RA, J?rgensen R, Andersen GR, Beckmann R, Penczek PA, Ballesta JP, Frank J. Domain movements of elongation factor eEF2 and the eukaryotic 80S ribosome facilitate tRNA translocation. EMBO J. 2004;23(5):1008-19.
[9] Graifer DM, Karpova GG, Knorre DG. Location of template on the human ribosome as revealed from data on cross-linking with reactive mRNA analogs. Biochemistry (Mosc). 2001;66(6):585-602.
[10] Ivanov AV, Malygin AA, Karpova GG. Eukaryotic ribosomal proteins: interaction with their own pre-mRNAs and involvement in the splicing regulation. Mol Biol (Mosk). 2006;40(4):640-9.
[11] Park HS, Himmelbach A, Browning KS, Hohn T, Ryabova LA. A plant viral "reinitiation" factor interacts with the host translational machinery. Cell. 2001;106(6):723-33.
[12] Vaarala MH, Porvari KS, Kyll?nen AP, Mustonen MV, Lukkarinen O, Vihko PT. Several genes encoding ribosomal proteins are over-expressed in prostate-cancer cell lines: confirmation of L7a and L37 over-expression in prostate-cancer tissue samples. Int J Cancer. 1998;78(1):27-32.
[13] Bourne HR, Sanders DA, McCormick F. The GTPase superfamily: conserved structure and molecular mechanism. Nature. 1991;349(6305):117-27.
[14] Hagiya A, Naganuma T, Maki Y, Ohta J, Tohkairin Y, Shimizu T, Nomura T, Hachimori A, Uchiumi T. A mode of assembly of P0, P1, and P2 proteins at the GTPase-associated center in animal ribosome: in vitro analyses with P0 truncation mutants. J Biol Chem. 2005;280(47):39193-9.
[15] Valle M, Zavialov A, Li W, Stagg SM, Sengupta J, Nielsen RC, Nissen P, Harvey SC, Ehrenberg M, Frank J. Incorporation of aminoacyl-tRNA into the ribosome as seen by cryo-electron microscopy. Nat Struct Biol. 2003;10(11):899-906.
[16] Negrutskii BS, El'skaya AV. Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha: structure, expression, functions, and possible role in aminoacyl-tRNA channeling. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol. 1998;60:47-78.
[17] Bommer U, Burkhardt N, Jnemann R, Spahn CT, Triano-Alonso FJ, Nierhaus KH. Ribosomes and polysomes. Subcellular Fractionation. A practical approach. Eds J. Graham, D. Rickwoods. Oxford: IRL Press at Oxford Univ, 1996: 271-301.
[18] Shalak VF, Budkevich TV, Negrutski? BS, El'skaia AV. A fast and effective method for purification of elongation factor 1 alpha from rabbit liver. Ukr Biokhim Zh. 1997;69(2):104-9.
[19] Bradford MM. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal Biochem. 1976;72:248-54.
[20] Hall RA. Studying protein-protein interactions via blot overlay or Far Western blot. Methods Mol Biol. 2004;261:167-74.
[21] Dunn SD. Effects of the modification of transfer buffer composition and the renaturation of proteins in gels on the recognition of proteins on Western blots by monoclonal antibodies. Anal Biochem. 1986;157(1):144-53.
[22] Uchiumi T, Honma S, Endo Y, Hachimori A. Ribosomal proteins at the stalk region modulate functional rRNA structures in the GTPase center. J Biol Chem. 2002;277(44):41401-9.
[23] Nag B, Johnson AE, Traut RR. Identification of the elongation factor Tu binding site on 70S E. coli ribosomes by chemical crosslinking. Indian J Biochem Biophys. 1995;32(6):343-50.
[24] Uchiumi T, Ogata K. Cross-linking study on localization of the binding site for elongation factor 1 alpha on rat liver ribosomes. J Biol Chem. 1986;261(21):9668-71.
[25] Herrera F, Correia H, Triana L, Fraile G. Association of ribosomal subunits. A new functional role for yeast EF-1 alpha in protein biosynthesis. Eur J Biochem. 1991;200(2):321-7.