Biopolym. Cell. 2007; 23(3):167-171.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000763
Чи дозволяє неемпірична квантова хімія зрозуміти природу пуриново-пуринових помилок, яких припускається реплікативна ДНК-полімераза?
1Кочіна О. С., 2, 3Юренко Є. П., 3Говорун Д. М.
  1. Київський національний університет імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська 64, Київ, Україна, 01033
  2. Університет П’єра і Марії Кюрі
    пл. Жес’уі75005 Париж, Франція
  3. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Запропоновано новий підхід щодо з’ясування молекулярних механізмів помилкового синтезу пуриново-пуринових пар високоточними ДНК-полімеразами, який реалізовано з використанням неемпіричної квантової хімії на рівні теорії MP2/6-311++G(d, p)//B3LYP/6-31G(d, p).
Keywords: реплікативна ДНК-полімераза, пуриново-пуринові помилки біосинтезу ДНК, неемпірична квантова хімія
Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Poltev VI, Shuliupina NV, Bruskov VI. [Molecular mechanisms of nucleic acid biosynthesis validity. Comparison of results of computer modeling with experimental data]. Mol Biol (Mosk). 1998;32(2):268-76. Russian.
[2] Beard WA, Wilson SH. Structure and mechanism of DNA polymerase beta. Chem Rev. 2006; 106(2):361–82.
[3] Kunkel TA, Bebenek K. DNA replication fidelity. Annu Rev Biochem. 2000;69:497-529.
[4] Beard WA, Wilson SH. Structural insights into DNA polymerase ? fidelity: hold tight if you want it right. Chem Biol. 1998;5(1):R7–R13.
[5] Tikhomirova A, Beletskaya IV, Chalikian TV. Stability of DNA duplexes containing GG, CC, AA, and TT mismatches. Biochemistry. 2006;45(35):10563-71.
[6] Topal MD, Fresco JR. Complementary base pairing and the origin of substitution mutations. Nature. 1976;263(5575):285-9.
[7] Ahn J, Werneburg BG, Tsai MD. DNA polymerase beta: structure-fidelity relationship from Pre-steady-state kinetic analyses of all possible correct and incorrect base pairs for wild type and R283A mutant. Biochemistry. 1997;36(5):1100-7.
[8] Kretulskie AM, Spratt TE. Structure of purine-purine mispairs during misincorporation and extension by Escherichia coli DNA polymerase I. Biochemistry. 2006;45(11):3740-6.