Biopolym. Cell. 2005; 21(6):559-561.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000714
Короткі повідомлення
Механізм взаємодії N1-глікозидів 6-азацитозину з каталітичним сайтом ДНК-залежної РНК-полімерази фага Т7: модельне квантово- хімічне дослідження
1Пальчиковська Л. Г., 1Платонов М. О., 1Алексєєва І. В., 1Швед А. Д.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Неемпіричним методом квантової хімії на рівні теорії HFl6-31G(d, р) вперше зафіксовано знание збільшення величини заряду атома N6 азануклеозидів у моделі каталітичного сайта ДНК-залежної РНК-полімерази фага 77. Блокування іона Mg2+ додатковою взаємодією з атомом азоту N6 в комплексі азануклеозид–метал–Туг639 знижує швидкість елонгації, що експериментально під­тверджено істотним зменшенням кількості синтезованої РНК за одиницю часу.
Keywords: ДНК-залежна РНК-полімераза фага Т7, азануклеозиди, N1-глікозиди 6-азацитозину.
Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Palchikovs'ka LG, Garmanchouk LV, Alexeeva IV, Usenko LS, Shestakova TS, Solyanik GI, Shved AD, Chekhun VF. The N1-glycosilic analogues of 6-azacytidine. Cytotoxic effect and influence on transcription in vitro. Biopolym Cell. 2005; 21(5):433-9.
[2] Alexeeva I, Dyachenko N, Nosach L, Zhovnovataya V, Rybalko S, Lozitskaya R, Fedchuk A, Lozitsky V, Gridina T, Shalamay A, Palchikovskaja L, Povnitsa O. 6-azacytidine--compound with wide spectrum of antiviral activity. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2001;20(4-7):1147-52.
[3] Platonov MO, Hovorun DM, Alexeeva IV, Sudakov OO, Boiko YuV, Pal'chykovs'ka LG. Nonempirical quantum-chemical conformational analysis of 6-azacytidine, a modified nucleoside with a wide spectrum of biological activities. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 2004;(3):163-9.
[4] Temiakov D, Patlan V, Anikin M, McAllister WT, Yokoyama S, Vassylyev DG. Structural basis for substrate selection by t7 RNA polymerase. Cell. 2004;116(3):381-91.
[5] Schmidt MW, Baldridge KK, Boatz JA, Elbert ST, Gordon MS, Jensen JH, et al. General atomic and molecular electronic structure system. J Comp hem. 1993;14(11):1347–63.