Biopolym. Cell. 2004; 20(3):207-214.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0006A7
Структура та функції біополімерів
Динаміка розщеплення поліедрів протеазою поліедрину вірусу ядерного поліедрозу тутового шовкопряду (Bombyx mori) та ідентифікація розщеплених зв'язків
1Бобровська М. Т., 1Ковальов В. О., 1Ширина Т. В., 1Руденко А. В., 1Козлов Е. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

У процесі розчинення поліедрів вірусу ядерного поліедрозу (ВЯП) В. mori при рН 11 С і кімнатній температурі за 2 год протеаза поліедрів розщеплює в поліпептидному ланцюгу полі­ едрину (244 залишки амінокислот) пептидні зв'язки Tyr-lle (208–209), Tyr-Thr (186—187), Ala-Asn (121–122) та Trp-Ser (88–89). Жоден зв'язок не розщеплюється остаточно (100 %), згідно з даними електрофорезу в поліакриламідному гелі (ПААГ) з додаванням додецилсульфату натрію, що при­ зводить до появи набору поліпептидних ланцюгів, які перекри­ваються, з м. м. 28000 (цілий поліпептидний ланцюг), 25000, 22000, 14500, 10500 та 8000 (його фрагменти). Цим фрагмен­там поліпептид ного ланцюга відповідають (за даними первин­ної структури) такі фрагменти: 1–208 (м. м. за первинною структурою 24715), 1–186 (21980), 1–121 (14362), 1–88 (10443) і 122–186 (7633). Першим при 15-хв розчиненні розщеплюється зв'язок 208–209, за ним (45 хв) – зв'язок 186–187 і два останніх розщеплюються за 2 год. Із збіль­шенням часу розчинення результати не змінюються. Але при 2-год розчиненні за температури 37 °С додатково розщеплю­ються зв'язки Tyr-Leu (118–119), Phe-Val (193–194) та Tyr-Lys (203-204), причому зв'язки 203–204, 208–209, 88–89 та 118–119 розщеплюються повністю, а решта – частково. Це спричинює появу цілого набору фрагментів: 118–186, 122–186, 118–193, 122–193, 118–203, 122–203, 1–88 з м. м. 7633, 7916, 8445, 8728, 9765, 10048, 10443 відповідно, вирахуваними на основі первинної структури, що корелює з дифузною смугою з м. м. 7000–10000 в ПААГ. Дискутується вплив протеази поліедрів на такі процеси, як дисоціація– асоціація поліедрину в розчинах та асоціація фрагментів поліедрину з мембранами віріонів.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Kozlov EA, Sidorova NM, Serebryani SB. Proteolytic cleavage of polyhedral protein during dissolution of inclusion bodies of the nuclear polyhedrosis viruses of Bombyx mori and Galleria mellonella under alkaline conditions. J Invertebr Pathol. 1975;25(1):97-101.
[2] Kozlov EA, Levitina TL, Gusak NM. The primary structure of baculovirus inclusion body proteins. Evolution and structure-function aspects. Curr Top Microbiol Immunol. 1986;131:135-64.
[3] Kozlov EA, Sarabryanyi SH. Virion polypeptides of the nuclear polyhedrosis virus of the silkworm. Biokhimiia. 1980;45(1):130-6.
[4] Payne CC, Kalmakoff J. Alkaline protease associated with virus particles of a nuclear polyhedrosis virus: assay, purification, and properties. J Virol. 1978;26(1):84-92.
[5] Kawanishi CY, Summers MD, Stoltz DB, Arnott HJ. Entry of an insect virus in vivo by fusion of viral envelope and microvillus membrane. J Invertebr Pathol. 1972;20(1):104-8.
[6] Kozlov EA, Sogulyayeva VM, Serebryanyy SB. Study of the primary structure of proteins nuclear polyhedrosis virus of the silkworm. Ukr khim Zh. 1966; 8:875-78.
[7] Cleland W.W. Dithiothreitol, a new protective reagent for SH groups. Biochemistry. 1964;3:480-2.
[8] Kozlov EA, Levitina TL, Radavskii IuL, Soguliaeva VM, Sidorova NM. Determination of the molecular weight of the protein of the inclusion bodies of the nuclear polyhedrosis virus of the silkworm Bombyx mori. Biokhimiia. 1973;38(5):1015-9.
[9] Palchikovskaya L. I., Levitina T. L, Bobrovskaya M. T., Ovander M. N., Katsman M. S., Kozlov E. A. Accelerated method of determination of the high-homologous proteins primary structures. Complete amino acid sequence of Mamestra brassicae nuclear polyhedrosis virus (NPV) polyhedrin. Biopolym. Cell. 1993; 9(4):44-49.
[10] Weber K, Osborn M. The reliability of molecular weight determinations by dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis. J Biol Chem. 1969;244(16):4406-12.
[11] Gusak NM, Ovander MN, Drobot LB, Serebryanyy SB. Determining the structure of peptides combined method Dansyl-Edman. Molecular methods. biology. Kiev, Naukova Dumka, 1979; 142-54.
[12] Easley CW. Combinations of specific color reactions useful in the peptide mapping technique. Biochim Biophys Acta. 1965;107(2):386-8.
[13] Eppstein DA, Thoma JA. Alkaline protease associated with the matrix protein of a virus infecting the cabbage looper. Biochem Biophys Res Commun. 1975;62(2):478-84.
[14] Kozlov E. A., Levittna T. L., Gusak N. M., Rodnin N. V., Atepalikhina S. A., Palchykovska L. H. Determination of complete amino acid sequence of Agrotis segetum nuclear polyhedrosis virus (NPV) polyhedrin and correction of the primary structure of NPV polyhedrons of Galleria mellonella, Porthetria dispar and Bombyx mori. Biopolym. Cell. 1991; 7(1):75-82
[15] Kozlov EA, Soguliaeva VM, Levitina TL, Vereshchak V, Serebrianyi SV. Purification of the polyhedral protein of nuclear polyhedrosis virus of mulberry silkworm and association of the protein in solution. Biokhimiia. 1969;34(4):679-85.
[16] Scharnhorst DW, Weaver RF. Structural analysis of the matrix protein from the nuclear polyhedrosis virus of Heliothis zea. Virology. 1980;102(2):468-72.
[17] Lylo V. V., Serebryani S. B. Hydrodynamic characteristics of the 12S-oligomer of the protein of inclusion bodies of a nuclear polyhedrosis virus of the silkworm (Bombyx mori). Biopolym Cell. 1988; 4(3):139-144.