Biopolym. Cell. 2004; 20(1-2):144-149.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00069F
Клонування, визначення та аналіз нуклеотидної послідовності гена тирозил-тРНК синтетази із Thermus thermophilic
1, 2Яремчук Г. Д., 1Коваленко О. П., 1Гудзера О. Й., 1, 2Тукало М. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
  2. ЄМБЛ
    вул. Жюлі Горовиць, 6, Гренобль, Франція

Abstract

Клоновано та визначено нуклеотидну послідовність гена, що кодує тирозил-тРНК синтетазу (TyrRS) із екстремальнотермофільної еубактеріХ Т. thermophilus НВ27 (TyrRSTT). Відкрита рамка зчитування кодує поліпептидний ланцюг до­вжиною 432 амінокислотних залишки (молекулярна маса 48717 Да). Порівняння амінокислотної послідовності TyrRSTT з відповідними послідовностями інших організмів виявило, що фермент із Т. thermophilus належить до тієї ж гілки філо­генетичного дерева еубактеріальних TyrRS, що й ферменти із Aquifex aeolicus, Deinococcus radiodurans, Haemophilus influenzae і Helicobacter pyroly (ідентичність 40–57 %), але не до тієї, до якої належать, наприклад, Escherichia coli, Chlamydia tracho­matis і Bacillus stearothermophilus (24–28 % ідентичності). Амінокислотна послідовність каталітичного домену висококонсервативна, тоді як тРНК-зв'язувальний С-кінцевий домен містить лише невелику кількість консервативних залишків. Але навіть в активному центрі існує важлива відмінність між двома групами еубактеріальних TyrRS: залишок Lys-41 в TyrRSTT (і в TyrRS із багатьох патогенних бактерій людини) представлений консервативним залишком тирозину в бак­теріальних TyrRS іншої групи, а також еукаріотичних TyrRS, включаючи людину. Ця відмінність може бути використана при створенні нових антибіотиків.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Eriani G, Delarue M, Poch O, Gangloff J, Moras D. Partition of tRNA synthetases into two classes based on mutually exclusive sets of sequence motifs. Nature. 1990;347(6289):203-6.
[2] Cusack S, Berthet-Colominas C, Hartlein M, Nassar N, Leberman R. A second class of synthetase structure revealed by X-ray analysis of Escherichia coli seryl-tRNA synthetase at 2.5 A. Nature. 1990;347(6290):249-55.
[3] Steinberg S, Misch A, Sprinzl M. Compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes. Nucleic Acids Res. 1993;21(13):3011-5.
[4] Quinn CL, Tao N, Schimmel P. Species-specific microhelix aminoacylation by a eukaryotic pathogen tRNA synthetase dependent on a single base pair. Biochemistry. 1995;34(39):12489-95.
[5] Iaremchuk AD, Tukalo MA, Egorova SP, Konovalenko AV, Matsuka GKh. Isolation of tyrosyl-tRNA-synthetase from Thermus thermophilus HB-27. Ukr Biokhim Zh. 1990;62(2):97-9.
[6] Marmur J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from micro-organisms J. Mol. Biol. 1961; 3(2)208-218.
[7] Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(12):5463-7.
[8] Yaremchuk A, Kriklivyi I, Tukalo M, Cusack S. Class I tyrosyl-tRNA synthetase has a class II mode of cognate tRNA recognition. EMBO J. 2002;21(14):3829-40.
[9] Qiu X, Janson CA, Smith WW, Green SM, McDevitt P, Johanson K, Carter P, Hibbs M, Lewis C, Chalker A, Fosberry A, Lalonde J, Berge J, Brown P, Houge-Frydrych CS, Jarvest RL. Crystal structure of Staphylococcus aureus tyrosyl-tRNA synthetase in complex with a class of potent and specific inhibitors. Protein Sci. 2001;10(10):2008-16.
[10] Kim S, Lee SW, Choi EC, Choi SY. Aminoacyl-tRNA synthetases and their inhibitors as a novel family of antibiotics. Appl Microbiol Biotechnol. 2003;61(4):278-88.