Biopolym. Cell. 2004; 20(1-2):51-60.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000690
Розподіл та експресія ендогенних ретровірусів курки у геномі хазяїна
1Борисенко Л. Г., 1Риндич А. В., 2Бернарді Дж.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
  2. Лабораторія молекулярної еволюції, Зоологічна станція Anton Dohrn
    Міська вілла, 80121 Неаполь, Італія

Abstract

Розподіл семи груп ендогенних ретровірусів (ALV-родинні, HERV-I-родинні, EAV-HP, EAV-0, E-33, E-51, ART-CH) у геномі курки досліджували у зв'язку з композиційним складом (варіюванням GC-вмісту) геному хазяїна, GC-багаті pempoвіруси (ALV-родинні, ART-CH ma EAV-0) локалізовані, голо­вним чином, в GC-найбагатших родинах ізохор Н2, НЗ і Н4, GC-бідні HERV-1-родинні провіруси, Е-51 та Е-33 локалізовані в GC-бідних родинах ізохор LJ, L2, а також в НІ (ізопікнічність). GC-багатий ретровірус EAV-HP, окрім очікуваної наявності в GC-багатих ізохорах, присутній також в GC-бідних ком пар тментах. Дослідження експресії шляхом RTPCR, а також аналіз баз даних EST свідчать, що експресія ендогенних ретровірусів курки може бути тканиноспецифічною. Це, в свою чергу, може впливати на картину провірусної локалізації внаслідок реінтеграції. Причиною ізопікнічної ло­калізації ендогенних ретровірусів є композиційна відповідність між інтегрованою послідовністю та хромосомною ділянкою хазяїна, що забезпечує стабільність інтеграції.
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Brown PO. Integration, Retroviruses. Eds JM Coffin, SH Hughes, HE Vannus. New York: Cold Spring Harbor Lab. press. 1997; 161-205 p.
[2] Weinberg RA. Integrated genomes of animal viruses. Annu Rev Biochem. 1980; 49:197-226.
[3] Corneo G, Ginelli E, Soave C, Bernardi G. Isolation and characterization of mouse and guinea pig satellite deoxyribonucleic acids. Biochemistry. 1968; 7 (12):4373-9.
[4] Bernardi G. Isochores and the evolutionary genomics of vertebrates. Gene. 2000; 241 (1):3-17.
[5] Rynditch AV, Zoubak S, Tsyba L, Tryapitsina-Guley N, Bernardi G. The regional integration of retroviral sequences into the mosaic genomes of mammals. Gene. 1998; 222 (1):1-16.
[6] Elleder D, Pavlicek A, Paces J, Hejnar J. Preferential integration of human immunodeficiency virus type 1 into genes, cytogenetic R bands and GC-rich DNA regions: Insight from the human genome sequence. FEBS Lett. 2002; 517 (1-3):285-6.
[7] Rynditch A, Kadi F, Geryk J, Zoubak S, Svoboda J, Bernardi G. The isopycnic, compartmentalized integration of Rous sarcoma virus sequences. Gene. 1991; 106 (2):165-72.
[8] Zoubak S, Richardson JH, Rynditch A, Hollsberg P, Hafler DA, Boeri E, Lever AML, (...), Bernardi G. Regional specificity of HTLV-I pro viral integration in the human genome. Gene. 1994; 143 (2):155-63.
[9] Andreozzi L, Federico C, Motta S, Saccone S, Sazanova AL, Sazanov AA, Smirnov AF, Galkina SA, Lukina NA, Rodionov AV, Carels N, Bernardi G. Compositional mapping of chicken chromosomes and identification of the gene-richest regions. Chromosome Res. 2001; 9 (7):521-32.
[10] Salinas J, Zerial M, Filipski J, Crepin M, Bernardi G. Nonrandom distribution of MMTV proviral sequences in the mouse genome. Nucleic Acids Res. 1987; 15 (7):3009-22.
[11] Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, et al. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001; 409 (6822):860-921.
[12] Borisenko LG, Rynditch AV. Avian endogenous retroviruses: structure, expression and evolution. Biopolym. Cell. 2002; 18(1):37-47.
[13] Borisenko L. Avian endogenous retroviruses. Folia Biol. 2003; 49 (5):177-82.
[14] Resnick RM, Boyce-Jacino MT, Fu Q, Faras AJ. Phylogenetic distribution of the novel avian endogenous provirus family EAV-0. J Virol. 1990; 64 (10):4640-53.
[15] Martin J, Herniou E, Cook J, O'Neill RW, Tristem M. Human endogenous retrovirus type I-related viruses have an apparently widespread distribution within vertebrates. J Virol. 1997; 71 (1):437-43.
[16] De Sario A, Geigl E-M, Bernardi G. A rapid procedure for the compositional analysis of yeast artificial chromosomes. Nucleic Acids Res. 1995; 23(19):4013-4.
[17] Zerial M, Salinas J, Filipski J, Bernardi G. Genomic localization of hepatitis B virus in a human hepatoma cell line. Nucleic Acids Res. 1986) 14 (21):8373-86.
[18] Katz RA, Omer CA, Weis JH. Restriction enconuclease and nucleotide sequence analyses of molecularly cloned unintegrated avian tumor virus DNA. Structure of large terminal repeats in circle junctions. J Virol. 1982; 42 (1):346-51.
[19] Nikiforov MA, Gudkov AV. ART-CH: A VL30 in chickensi. J Virol. 1994;68(2):846-53.
[20] Tristem M. Amplification of divergent retroelements by PCR. BioTechniques. 1996; 20 (4):608-12.
[21] Smith LM, Toye AA, Howes K, Bumstead N, Payne LN, Venugopal K. Novel endogenous retroviral sequences in the chicken genome closely related to HPRS-103 (subgroup J) avian leukosis virus. J Gen Virol. 1999; 80 (1):261-8.
[22] Johnson JA, Heneine W. Characterization of endogenous avian leukosis viruses in chicken embryonic fibroblast substrates used in production of measles and mumps vaccines. J Virol. 2001; 75 (8):3605-12.
[23] Abdrakhmanov I, Lodygin D, Geroth P, Arakawa H, Law A, Plachy J, Korn B, Buerstedde JM. A large database of chicken bursal ESTs as a resource for the analysis of vertebrate gene function. Genome Res. 2000; 10 (12):2062-69.
[24] Buerstedde J-M, Arakawa H, Watahiki A, Carninci PP, Hayashizaki YY, Korn B, Plachy J. The DT40 web site: Sampling and connecting the genes of a B cell line. Nucleic Acids Res. 2002; 30 (1):230-1.
[25] Boardman PE, Sanz-Ezquerro J, Overton IM, Burt DW, Bosch E, Fong WT, Tickle C, Brown WR, Wilson SA, Hubbard SJ. A comprehensive collection of chicken cDNAs. Curr Biol. 2002; 12 (22):1965-9.
[26] Tirunagaru VG, Sofer L, Cui J, Burnside J. An expressed sequence tag database of T-cell-enriched activated chicken splenocytes: Sequence analysis of 5251 clones. Genomics. 2000; 66 (2):144-51.
[27] Zoubak S, Rynditch A, Bernardi G. Compositional bimodality and evolution of retroviral genomes. Gene. 1992; 119 (2):207-13.
[28] Bernardi G. Structural and Evolutionary Genomics. Natural selection in genome evolution. Amsterdam: Elseivier. 2004.
[29] Borisenko LG, Rynditch AV. New endogenous retrovirus from the chicken genome. Biopolym. Cell. 2003; 19(3):270-3.
[30] Paces J, Pavlicek A, Paces V. HERVd: Database of human endogenous retroviruses. Nucleic Acids Res. 2002; 30 (1):205-6.
[31] Benkel BF. Locus-specific diagnostic tests for endogenous avian leukosis-type viral loci in chickens. Poult Sci. 1998;77(7):1027-35.
[32] Borisenko LG, Rynditch AV. Endogenous ALV-related retroviruses in chicken line CB. Biopolym. Cell. 2003; 19(1):71-5.
[33] Sacco MA, Flannery DMJ, Howes K, Venugopal K. Avian endogenous retrovirus EAV-HP shares regions of identity with avian leukosis virus subgroup J and the avian retrotransposon ART-CH. J Virol. 2000; 74 (3):1296-306.
[34] Weissmahr RN, Schopbach J, Beni J. Reverse transcriptase activity in chicken embryo fibroblast culture supernatants is associated with particles containing endogenous avian retrovirus EAV-0 RNA. J Virol. 1997; 71 (4):3005-12.
[35] Olofsson B, Bernardi G. The distribution of CR1, an Alu-like family of interspersed repeats, in the chicken genome. Biochim Biophys Acta - Gene Struct Expres. 1983; 740 (3):339-41.
[36] Griffiths DJ. Endogenous retroviruses in the human genome sequence. Genome Biol. 2001;2(6):REVIEWS1017.