Biopolym. Cell. 2002; 18(5):417-422.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000620
Геном та його регуляція
Клонування і аналіз гена пектатліази реІХ Klebsiella oxytoca VN13
1Лар О. В., 1Ковтунович Г. Л., 1Козировська Н. О.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Клоновано ген пектатліази реІХ K. oxytoca VN13 та визначено його нуклеотидну послідовність. Проведено порівняльний аналіз гомології кодованого ним поліпептиду з відповідними білками інших бактерій. Визначено потенційну промоторну ділянку нуклеотидної послідовності. На­ явність двох операторів для KdgR-репресора в межах промоторної області свідчить про індуцибельність згаданого оперону. Показано наявність сигнальної послідовності на N-кінці первинного транслянта даного ферменту.
Повний текст: (PDF, українською)

References

[1] Hirota Y, Fujii T, Sano Y, Iyama S. Nitrogen fixation in the rhizosphere of rice. Nature. 1978;276(5686):416–7.
[2] Kim YM, Ahn KJ, Beppu T, Uozumi T. Nucleotide sequence of the nifLA operon of Klebsiella oxytoca NG13 and characterization of the gene products. Mol Gen Genet. 1986;205(2):253-9.
[3] Nguyen TNH, Ton TNB, Tarasenko VA, Kozyrovskaja NA. Nitrogen-fixing bacteria colonize rice root xylema. Biopolym Cell. 1989; 5(2):97-9.
[4] Verma SC, Ladha JK, Tripathi AK. Evaluation of plant growth promoting and colonization ability of endophytic diazotrophs from deep water rice. J Biotechnol. 2001;91(2-3):127-41.
[5] Belyavskaya NO, Kozyrovskaya NO, Kucherenko LO, Kordyum EL, Kordyum VA. Interrelations of the Klebsiella genera with the plant. I. Electron microscopic analysis of endophytic microorganisms interrelationship with rice seedling roots. Biopolym Cell. 1995; 11(1):55-60.
[6] Petak AM, Kovtunovich GL, Kozyrovskaya NA, Turyanitsa AI, Kordyum VA. Interrelations of the Klebsiella genera with the plant. 2. Localization of K. oxytoca and K. terriaena into the tobacco and wheat tissues. Biopolym Cell. 1995; 11(6):75-80.
[7] Kozyrovska N, Kovtunovych G, Lar O, Kamalova S, Kordyum V, Kleiner D. Correlation between pectate lyase activity and ability to penetrate into plant tissues by diazotrophic Klebsiella oxytoca VN13. Plant and Soil. 1999; 260: 1-6.
[8] Hugouvieux-Cotte-Pattat N, Condemine G, Nasser W, Reverchon S. Regulation of pectinolysis in Erwinia chrysanthemi. Annu Rev Microbiol. 1996;50:213-57.
[9] VON RIESEN VL. Pectinolytic, Indole-Positive Strains of Klebsiella pneumoniae. Int J Syst Bacteriol. 1976;26(2):143–5.
[10] Starr MP, Chatterjee AK, Starr PB, Buchanan GE. Enzymatic degradation of polygalacturonic acid by Yersinia and Klebsiella species in relation to clinical laboratory procedures. J Clin Microbiol. 1977;6(4):379-86.
[11] Kovtunovich GV, Lar OV, Kozyrovska NO. Cloning and structural analysis of the Klebsiella oxytoca VN13 peh gene. Biopolym Cell. 2000; 16(5):356-62.
[12] Kovtunovych GL, Lar OV, Kozyrovska NO. Role of the exopolygalacturonase gene in interaction of Klebsiella oxytoca VN13 with wheat roots. Biopolym Cell. 2002; 18(4):319-23.
[13] Miller JH. Experiments in molecular genetics. New York: Cold Spring Harbor Lab. press, 1972: 431.
[14] Chatterjee AK, Buchanan GE, Behrens MK, Starr MP. Synthesis and excretion of polygalacturonic acid trans-eliminase in Erwinia, Yersinia, and Klebsiella species. Can J Microbiol. 1979;25(1):94-102.
[15] Moran F, Starr MP. Metabolic regulation of polygalacturonic acid trans-eliminase in Erwinia. Eur J Biochem. 1969;11(2):291-5.
[16] Evtushenkov AN, Fomichev YuK. Secretion of pectate lyases by cells of Erwinia chrysanthemi and Erwinia carotovora var. atroseptica. Mikrobiologiia. 1996; 65(3):333-8.
[17] Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbor Lab. press, 1989.
[18] Nishimura A, Morita M, Nishimura Y, Sugino Y. A rapid and highly efficient method for preparation of competent Escherichia coli cells. Nucleic Acids Res. 1990;18(20):6169.
[19] Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(12):5463-7.
[20] Nielsen H, Engelbrecht J, Brunak S, von Heijne G. Identification of prokaryotic and eukaryotic signal peptides and prediction of their cleavage sites. Protein Eng. 1997;10(1):1-6.